Molecular Mechanisms of the Dual Function of Insulator Proteins

绝缘体蛋白双重功能的分子机制

• 批准号: 22KJ2696
• 负责人: 竹内 力
• 金额: $ 1.09万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ2696/
• 关键词: ゲノム; インシュレーター; トランスポゾン; テロメア

2022年度は「インシュレータータンパク質の二重機能を担う分子機構の解明」として、Mod(mdg4)タンパク質がテロメア構成レトロトランスポゾンを制御する機構について明らかにし、論文を投稿し、Nucleic Acids research誌に受理された。具体的には、テロメアを構成するレトロランスポゾンの発現を制御するタンパク質を明らかにするため、公共データベースを用いてテロメアを構成するレトロトランスポゾンであるHeT-A上に結合するタンパク質のリストを作成した。その中でも機能的なタンパク質を探すためスクリーニングを行い、Mod(mdg4)のvariant N (Mod(mdg4)-N)が重要である事を明らかにした。また、Mod(mdg4)-Nの結合サイトをChIP-seqにより同定し、モチーフ解析と結合配列のアノテーションについて調べ、配列特異性がある事を明らかにした。しかしながら、遺伝子発現への影響はテロメア構成レトロトランスポゾン領域に限られ、特にテロメア/サブテロメア領域での制御に重要である事が分かった。その阻害の分子的なメカニズムとして、Mod(mdg4)-N結合サイト周辺のPol II制御が重要であることも明らかにした。さらに、Mod(mdg4)-Nのバリアント特異的欠損個体を作成すると、雌の不妊の表現型が見られる。これは、テロメア構成レトロトランスポゾンの制御が何らかのメカニズムを介して、個体の妊孕性を制御している事を示唆する。以上の結果をまとめ論文を投稿し、追加実験を行った上で、受理された。

2022年，我们阐明了Mod（mdg4）蛋白控制端粒配置逆转录转座子的机制，并提交了题为“Elucidation of the molecular机制负责绝缘体蛋白双重功能”的论文，该论文被Nucleic Acids研究杂志接收。 。具体来说，为了阐明控制构成端粒的逆转录转座子表达的蛋白质，我们使用公共数据库创建了与构成端粒的逆转录转座子结合的蛋白质列表。其中，我们进行了筛选以寻找功能蛋白，发现Mod(mdg4)的变体N（Mod(mdg4)-N）很重要。此外，通过ChIP-seq鉴定了Mod(mdg4)-N的结合位点，并对结合序列进行了基序分析和注释，揭示了其具有序列特异性。然而，对基因表达的影响仅限于构成端粒的逆转录转座子区域，并且发现对于端粒/亚端粒区域的调节特别重要。我们还揭示了 Mod(mdg4)-N 结合位点周围的 Pol II 调节作为其抑制的分子机制很重要。此外，当我们创建具有 Mod(mdg4)-N 变异特异性删除的个体时，观察到女性不孕表型。这表明端粒配置逆转录转座子的控制通过某种机制控制个体的生育能力。我总结了上述结果并提交了一篇论文，在进行了额外的实验后被接受。

项目成果

Mod(mdg4)はサブテロメアでのエンハンサー阻害によりテロメア構成レトロトランスポゾンであるHeT-Aを抑制する

Mod(mdg4) 通过抑制亚端粒处的增强子来抑制 HeT-A（一种端粒构成的逆转录转座子）。

• 发表时间: 2022
• 作者: 竹内力;塩見春彦;岩崎由香
• 通讯作者: 岩崎由香

Generation of Stable Drosophila Ovarian Somatic Cell Lines Using the piggyBac System

使用piggyBac系统生成稳定的果蝇卵巢体细胞系

• DOI: 10.1007/978-1-0716-2380-0_9
• 发表时间: 2022
• 期刊: Methods in Molecular Biology
• 作者: Takeuchi Chikara;Murano Kensaku;Ishikawa Mitsuru;Okano Hideyuki;Iwasaki Yuka W.
• 通讯作者: Iwasaki Yuka W.

Bioinformatics Pipelines for Identification of Super-Enhancers and 3D Chromatin Contacts.

用于识别超级增强子和 3D 染色质接触的生物信息学流程。

• DOI: 10.1007/978-1-0716-2724-2_9
• 发表时间: 2023
• 期刊: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
• 作者: Sakashita,Akihiko;Takeuchi,Chikara;Maezawa,So;Namekawa,SatoshiH
• 通讯作者: Namekawa,SatoshiH