蛋白質-蛋白質間相互作用面の二次構造に基づいた分類とデータベース公開

基于蛋白质-蛋白质相互作用表面二级结构的分类和数据库发布

基本信息

批准号：
19K12224
负责人：
藤原和夫
金额：
$ 0.75万
依托单位：
Soka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K12224/
关键词：
タンパク質-タンパク質相互作用相互作用面の分類二次構造タンパク質－タンパク質相互作用分類タンパク質間相互作用タンパク質間相互作用面 secondary structure 蛋白質-蛋白質相互作用

项目摘要

当該年度は、まず、第１階層であるインターフェイスクラスの分類条件の微調整を行なった。ランダム抽出した分類結果を確認し、意図しない分類になっていないか確認を行なった。当初は相互作用面の二次構造割合により、クラスを分けるようにしていたが、境界付近の複合体が多く存在し、類似しているにも関わらず異なるクラスに分けられるケースが多く観察された。そこで、割合は使用せず、含んでいるか否かというシンプルな基準のみで分けるようにすることで、境界付近の複合体を減らした。また、分子間βシートを形成しているものについては、新しいクラスとして扱うように修正を行なった。第２階層である、インターフェイスタイプのクラスタリング結果についても確認作業を行なった。クラスタリングに含める二次構造情報を調整し、確認作業をするという過程を何度か繰り返した。当初は、クラスタリングには、どのクラスの場合も同じ二次構造情報を用いていたが、クラスごとに二次構造情報の調整を行なった。ここまでは、ホモ二量体についての解析であったが、ヘテロ二量体についてもPDBエントリーのリストを作成し、同じプログラムで解析を行い問題点を調査した。その結果、それほど大きな修正点がないことが明らかとなったので、ヘテロ二量体についてもデータベースに情報を追加した。OLIGAMIホームページにもヘテロ二量体に関しては情報を追加できるように修正を行なった。

本财年，我们首先对接口类的分类条件进行了微调，这是第一层。我们检查了随机提取的分类结果，以确认不存在意外分类。最初，我们试图根据相互作用表面的二级结构比率来划分类别，但我们观察到边界附近有许多复合物，并且观察到许多情况，尽管它们很相似，但仍被分为不同的类别。因此，我们不使用百分比，而是根据是否包含在内的简单标准进行划分，从而减少了边界附近复合体的数量。此外，我们还修改了那些形成分子间β-折叠的物质，将其视为一个新类别。我们还检查了第二层界面类型的聚类结果。多次重复调整和确认聚类中包含的二级结构信息的过程。最初，相同的二级结构信息用于所有类别中的聚类，但是针对每个类别调整二级结构信息。到目前为止，我们已经分析了同二聚体，但我们还创建了异二聚体的 PDB 条目列表，使用相同的程序对其进行分析，并调查了问题。结果，很明显没有进行重大更正，因此我们将异二聚体的信息添加到数据库中。 OLIGAMI 主页也进行了修改，添加了有关异二聚体的信息。