蛋白質-蛋白質間相互作用面の二次構造に基づいた分類とデータベース公開

基于蛋白质-蛋白质相互作用表面二级结构的分类和数据库发布

基本信息

批准号：
19K12224
负责人：
藤原和夫
金额：
$ 0.75万
依托单位：
Soka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K12224/
关键词：
タンパク質-タンパク質相互作用相互作用面の分類二次構造タンパク質－タンパク質相互作用分類タンパク質間相互作用タンパク質間相互作用面 secondary structure 蛋白質-蛋白質相互作用

项目摘要

当該年度は、まず、第１階層であるインターフェイスクラスの分類条件の微調整を行なった。ランダム抽出した分類結果を確認し、意図しない分類になっていないか確認を行なった。当初は相互作用面の二次構造割合により、クラスを分けるようにしていたが、境界付近の複合体が多く存在し、類似しているにも関わらず異なるクラスに分けられるケースが多く観察された。そこで、割合は使用せず、含んでいるか否かというシンプルな基準のみで分けるようにすることで、境界付近の複合体を減らした。また、分子間βシートを形成しているものについては、新しいクラスとして扱うように修正を行なった。第２階層である、インターフェイスタイプのクラスタリング結果についても確認作業を行なった。クラスタリングに含める二次構造情報を調整し、確認作業をするという過程を何度か繰り返した。当初は、クラスタリングには、どのクラスの場合も同じ二次構造情報を用いていたが、クラスごとに二次構造情報の調整を行なった。ここまでは、ホモ二量体についての解析であったが、ヘテロ二量体についてもPDBエントリーのリストを作成し、同じプログラムで解析を行い問題点を調査した。その結果、それほど大きな修正点がないことが明らかとなったので、ヘテロ二量体についてもデータベースに情報を追加した。OLIGAMIホームページにもヘテロ二量体に関しては情報を追加できるように修正を行なった。

在今年，首先进行了精细的调整以对接口类进行分类，这是第一层。检查了随机提取的分类结果，并检查了分类是否是意外的。最初，根据相互作用表面的二级结构比分配了类，但是在边界附近的许多复合物的情况存在，尽管相似，但许多情况还是分为不同的类别。因此，通过不使用比例并根据简单的标准将其分配的复合物数量减少，以减少它们是否被包括在内。此外，已经对分子间的β表进行了修改，以将其视为新类别。我们还检查了接口类型的聚类结果，即第二层。多次重复调整聚类和执行确认工作中包含的二级结构信息的过程。最初，在所有类中使用相同的二级结构信息进行聚类，但是每个类都调整了二级结构信息。到目前为止，我们一直在分析同型二聚体，但是我们还为异二聚体创建了PDB条目列表，并使用相同的程序分析了它们来研究问题。结果，发现没有重大修改，并将信息添加到了异二聚体数据库中。寡木制首页也已进行了修改，以添加有关异二聚体的信息。