環境遡及ウイルス学の創出：海底堆積物に含まれる水圏ウイルスの進化履歴推定

创建环境回顾性病毒学：估计海底沉积物中水生病毒的进化历史

基本信息

批准号：
19J00346
负责人：
高橋迪子
金额：
$ 3.33万
依托单位：
Kochi University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-25 至 2022-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

令和3年度は、下記2項目の成果が得られた。① 渦鞭毛藻ウイルスHcRNAVの水圏環境中における多様性をDegenerate PCRおよびアンプリコンシークエンスを用いて明らかにした　②FLDS法を用いてRNAウイルスの配列解析を行い、当該手法の堅牢性を確認するとともにHcRNAVの末端配列を含めた全配列を決定することに成功した。①：昨年度は渦鞭毛藻ウイルスHcRNAVをMajor capsid protein（MCP）遺伝子に特異的なプライマーセットを用いて海底堆積物から増幅し、年代測定結果と合わせて「HcRNAVの水圏環境における過去の繁栄の履歴」を明らかにした。本年度は、HcRNAVとそれに近縁なウイルスも含め多様な配列を水圏環境から増幅するため、MCP領域を対象としたdegenerate primerを設計し、海底堆積物由来RNAに適用した。その結果、HcRNAVの属するAlvernaviridae由来のウイルス配列のみならず、近縁ウイルスの配列を含めた多様なウイルス配列が得られた。増幅されたHcRNAV由来配列に注目すると、保存的・可変的な配列に分けられ、それらはウイルスキャプシドの構造的な特徴とリンクしていることが見出された。本成果は国際誌に投稿し、受理された（Takahashi et al., Microbes and Environments, in press.）。②：dsRNAウイルスの探索手法であるFLDSを用いて、HcRNAVの全長配列を取得した。本手法のフィデリティーをラビリンチュラ感染性RNAウイルス（AuRNAV）を用いて確認し、HcRNAVについてはこれまでRACE法で見逃されてきた末端配列を決定することに成功した。本成果は現在国際誌への投稿準備中である。

2021财年取得了以下两项成果。 ① 我们使用简并 PCR 和扩增子测序阐明了甲藻病毒 HcRNAV 的多样性。 ② 我们使用 FLDS 方法对 RNA 病毒进行了序列分析，以确认该方法的稳健性并确认了 HcRNAV 的多样性。确定包括末端序列在内的整个序列。 ①：去年，我们使用主要衣壳蛋白（MCP）基因特异的引物组从海底沉积物中扩增了甲藻病毒 HcRNAV”。今年，为了扩增来自水生环境的包括HcRNAV和相关病毒在内的各种序列，我们设计了针对MCP区域的简并引物，并将其应用于源自海底沉积物的RNA。结果，获得了多种病毒序列，不仅包括HcRNAV所属的Alvernaviridae的病毒序列，还包括密切相关的病毒的序列。重点关注扩增的 HcRNAV 衍生序列，发现它们分为保守序列和可变序列，并且这些序列与病毒衣壳的结构特征有关。该结果已提交给国际期刊并被接受（Takahashi 等人，Microbes and Environments，in press.）。 ②：使用FLDS（一种寻找双链RNA病毒的方法）获得HcRNAV的全长序列。我们使用迷路感染性 RNA 病毒 (AuRNAV) 证实了该方法的保真度，并成功确定了 HcRNAV 的末端序列，这在之前被 RACE 方法忽略了。该结果目前正在准备提交给国际期刊。

项目成果

期刊论文数量（13）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

海底泥コアにおけるHeterocapsa circularisquama RNA virusの時系列分布の解析

海底泥芯中圆鳞异壳RNA病毒的时间序列分布分析

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
高橋迪子;和田啓;高野義人;増田雄一;新井和乃;村山雅史;外丸裕司;田中幸記;長﨑慶三
通讯作者：
長﨑慶三

縮重PCRを用いた渦鞭毛藻感染性ウイルスHcRNAVに近縁なウイルスの探索

使用简并 PCR 搜索与甲藻感染病毒 HcRNAV 密切相关的病毒

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
高橋迪子;増田雄一;高野義人;新井和乃;村山雅史;田中幸記;長﨑慶三;松野恭兵;和田啓
通讯作者：
和田啓

Retrospective analysis of dinoflagellate-infecting viruses in marine sediment

海洋沉积物中甲藻感染病毒的回顾性分析

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Takahashi M; Wada K; Urayama S; Masuda Y; Arai K; Murayama M; Tomaru Y; Nagasaki K
通讯作者：
Nagasaki K

Retrospective approach for analyzing past dynamics of a bloom-forming alga and its infectious virus

分析水华形成藻类及其传染性病毒过去动态的回顾性方法

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Keizo Nagasaki; Yoshihito Takano; Kouki Tanaka; Masafumi Murayama; Kazuno Arai; Michiko Takahashi; Yuichi Masuda; Yuji Tomaru; Kei Wada
通讯作者：
Kei Wada

Chronological distribution of dinoflagellate-infecting virus in marine sediment

海洋沉积物中甲藻感染病毒的时间分布