The role of fusion genes in multistep progression of cancer

融合基因在癌症多步进展中的作用

基本信息

批准号：
19K07430
负责人：
細田和貴
金额：
$ 2.83万
依托单位：
Aichi Cancer Center Research Institute
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

令和4年度には、令和3年度に同定した分子異常のvalidation studyを実施した。集積した29例のvalidation caseに対し、次世代シーケンサーを用いたターゲットRNAシーケンス、ターゲットDNAシーケンスを行った。現在そのゲノムデーターの解析を行っているところである。またdiscovery cohortで検出された代表的な分子に対して免疫染色、FISHを行いvalidation cohortでの追加解析実験を行った。現時点での特筆すべき結果として、過去にKRAS遺伝子異常のない膵癌ではNRG1融合遺伝子が一定数みられる、という報告があるが（Heining, Cancer Discovery 2018、Jones, Clin Cancer Res 2019), 本研究ではこの融合遺伝子が一例も検出されなかったということである。欧米で報告されたこの遺伝子異常は膵癌における新規治療の可能性を期待させる報告であったことから、本邦においては稀な事象であることを学会に投げかけることになるだろう。次世代シーケンサーでDNAシーケンスを行うにあたり、核酸の品質の検定を行う必要があるが、その検定方法を改良する必要が生じた。この研究の枠内で、精度の高い新しい技術を検討した。一般的にNGSのライブラリを作成する前に、PCRを使用して核酸の品質を検定する方法が用いられているが、PCRを使用せず電気泳動法で行う方法で、核酸品質の良悪をいいあてる、精度の高い方法を開発した。この結果は令和4年度内にまとめAmerican Journal of Clinical Pathology誌に投稿し、アクセプトされた。

2020 财年，我们对 2021 财年发现的分子异常进行了验证研究。使用新一代测序仪对收集的29个验证案例进行了靶向RNA测序和靶向DNA测序。我们目前正在分析基因组数据。此外，我们对发现队列中检测到的代表性分子进行了免疫染色和 FISH，并在验证队列中进行了额外的分析实验。在这一点上一个值得注意的结果是，过去有报道称，在没有 KRAS 基因异常的胰腺癌中观察到一定数量的 NRG1 融合基因（Heining, Cancer Discovery 2018, Jones, Clin Cancer Res 2019），但在本次研究中研究这意味着没有检测到这种融合基因的一例。这种在欧洲和美国报道的基因异常现象，让人们对胰腺癌新疗法的可能性充满希望，并且很可能向学术界证明，这在日本是罕见的事件。使用新一代测序仪进行DNA测序时，需要对核酸的质量进行检测，但也需要改进检测方法。在本研究的框架内，考虑了高精度的新技术。通常，在创建NGS文库之前，会使用PCR的方法来测试核酸的质量，但是使用电泳而不使用PCR的方法可以测试核酸的质量，我们开发了一种高度准确的方法。这些结果被总结并于2020财年提交给《美国临床病理学杂志》，并被接受。

项目成果

期刊论文数量（1）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Diagnostic utility of DNA integrity number (DIN) as an indicator for sufficient DNA quality in next-generation sequencing-based genomic profiling tests

DNA 完整性数 (DIN) 作为下一代基于测序的基因组分析测试中足够 DNA 质量的指标的诊断效用

DOI：
发表时间：
2023
期刊：
American Journal of Clinical Pathology
影响因子：
3.5
作者：
Kaho Hiramatsu;BSMT1);Chiaki Matsuda;BSMT1);Katsuhiro Masago;MD;PhD1);Kazuhiro Toriyama;MD1);Eiichi Sasaki;MD;PhD 1);Yasuko Fujita;MD;PhD 1);Masataka Haneda;MD;PhD 1);Hiromichi Ebi;MD;PhD 2);Noriko Shibata;BSMT1);and Waki Hosoda;MD
通讯作者：
MD