Characterizing the mechanism of chromatin remodeling by molecular dynamics simulations

通过分子动力学模拟表征染色质重塑机制

• 批准号: 20K06587
• 负责人: BRANDANI Giovanni
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K06587/
• 关键词: nucleosome sliding; all-atom MD simulation; string method; twist defects; nucleosome; molecular dynamics; chromatin remodeling; MD simulation; all-atom

项目成果

A metainference approach to modeling the 3d structure of chromatin from Hi-C data

利用 Hi-C 数据对染色质 3D 结构建模的元推理方法

• 发表时间: 2021
• 作者: Giovanni Brandani;Chenyang Gu;Shoji Takada
• 通讯作者: Shoji Takada

Remodelers Exploit Spontaneous Nucleosome Fluctuations to Reorganize Chromatin

重塑者利用自发核小体波动来重组染色质

• 发表时间: 2020
• 作者: Giovanni Brandani;Shoji Takada
• 通讯作者: Shoji Takada

Elucidation of nucleosome sliding mechanism in all-atom detail via MD simulations

通过MD模拟阐明全原子细节中的核小体滑动机制

• 发表时间: 2022
• 作者: Syed Hashim Shah;Giovanni Bruno Brandani;Shoji Takada
• 通讯作者: Shoji Takada

Bayesian inference of chromatin folding from Hi-C data and application to enhancer-promoter communication in the Nanog locus

从 Hi-C 数据对染色质折叠的贝叶斯推断及其在 Nanog 基因座增强子-启动子通讯中的应用

• 发表时间: 2022
• 作者: Giovanni Bruno Brandani;Chenyang Gu;Soundhara Rajan Gopi;Shoji Takada
• 通讯作者: Shoji Takada