Single-cell analysis of hematologic malignancies

血液恶性肿瘤的单细胞分析

基本信息

批准号：
20J20851
负责人：
安部佳亮
金额：
$ 1.6万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-24 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

濾胞性リンパ腫患者10症例のサンプルから抽出した間質細胞のシングルセルデータを詳細に解析した。パイプラインSeuratを用いて統合・クラスタリングしたシングルセルデータをパイプラインMonocle3に移行してpseudotime解析を行い、各細胞クラスターの分化関係を推定することに成功した。血管内皮においては、動脈や静脈といった径の大きい血管内皮から毛細血管内皮、また、最終的に血管先端細胞に至る分化関係を示した。間質細胞においては、リンパ節の外壁や髄質に分布する線維芽細胞がリンパ節の濾胞周囲に分布する線維芽細胞、そして最終的に濾胞樹状細胞に分化することを推定した。また、パイプラインMetascapeを用いて、各細胞クラスターで高発現している遺伝子リストから各クラスターの機能の推定を行った。また、正常リンパ節の間質細胞のシングルセル解析データと比較解析を行うことで同定された、濾胞性リンパ腫の間質細胞において発現上昇している遺伝子に対しても同様に機能の推定を行い、濾胞性リンパ腫の間質細胞の機能の変化がサブクラスターごとに様々に変化していることが明らかとなった。さらにこれらのアトラスを用いた解析がリンパ腫研究に広く有用であるかを調査するため、濾胞性リンパ腫以外のリンパ腫（T細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫から形質転換したびまん性大細胞型B細胞リンパ腫）においてもシングルセル解析を行い（合計8サンプル）、アトラスで同定されていた間質サブタイプがそれらのリンパ腫においても認められることを確認した。これらの解析はいずれも世界的に行われていない解析であり、解析結果は新規性を有している。研究成果を論文化し、成果はNature Cell Biology誌にて出版された。

详细分析了从10例卵泡淋巴瘤样品中提取的基质细胞的单细胞数据。使用管道seurat集成并聚集的单细胞数据被转移到管道单片3中，并进行了伪段分析，并成功估计了每个细胞簇的分化关系。在血管内皮中，显示了分化关系，从大直径血管内皮（如动脉和静脉）到毛细血管内皮细胞，最终到血管尖端细胞。在基质细胞中，据估计，分布在淋巴结的外壁和髓质的成纤维细胞分化为分布在淋巴结卵泡区域的成纤维细胞中，最终分为卵泡树突状细胞。此外，使用管道Metascape，从每个细胞簇中高度表达的基因列表中估算每个群集的功能。此外，还估计了在卵泡淋巴瘤基质细胞中表达的基因的功能，通过单细胞分析数据和正常淋巴结基质细胞的比较分析可以鉴定出这些功能，并且揭示了卵泡淋巴瘤细胞功能的变化，从亚簇变为亚集群。 Furthermore, in order to investigate whether analysis using these atlas is widely useful for lymphoma research, single cell analysis was performed in lymphomas other than follicular lymphoma (T cell lymphoma, diffuse large B cell lymphoma transformed from follicular lymphoma) (8 samples in total), confirming that the stromal subtypes identified in the atlas are also observed in these lymphomas.所有这些分析尚未在全球范围内进行，分析的结果是新颖的。讨论了研究结果，并将结果发表在《自然细胞生物学》杂志上。

项目成果

期刊论文数量（5）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

A Comprehensive Single-Cell Atlas of Nonhematopoietic Cells in Human Lymph Node and Lymphoma for Dissecting Stromal Remodeling

用于解剖基质重塑的人类淋巴结和淋巴瘤中非造血细胞的综合单细胞图谱

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
秦有輝;楢本悟史;日渡祐二;経塚淳子;安部　佳亮
通讯作者：
安部　佳亮

A Comprehensive Single-Cell Atlas of Nonhematopoietic Cells in Human Lymph Node and Lymphoma Reveals Landscape of Stromal Remodeling

人类淋巴结和淋巴瘤中非造血细胞的综合单细胞图谱揭示了基质重塑的景观

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Peng G;Kageyama S;Ikutama R;Umehara Y;Trujillo V;Nguyen HL;Takahashi M;Yue H;Komatsu M;Okumura O;Ogawa H;Ikeda S;Niyonsaba F;安部佳亮,坂田（柳元）麻実子，藤澤学，三好寛明，末原泰人，服部圭一朗，日下部学，坂本竜弘，錦井秀和，Nguyen Tran，吉田近思，大和田洋平，榎本剛史，坂東裕子，中山雅博，大島孝一，臼杵憲祐，小田竜也，末永孝生，千葉滋
通讯作者：
安部佳亮,坂田（柳元）麻実子，藤澤学，三好寛明，末原泰人，服部圭一朗，日下部学，坂本竜弘，錦井秀和，Nguyen Tran，吉田近思，大和田洋平，榎本剛史，坂東裕子，中山雅博，大島孝一，臼杵憲祐，小田竜也，末永孝生，千葉滋

A single-cell atlas of non-haematopoietic cells in human lymph nodes and lymphoma reveals a landscape of stromal remodelling.