Analysis of molecular evolution of various respiratory viruses in an area of the Philippines

菲律宾某地区各种呼吸道病毒的分子进化分析

• 批准号: 19KK0204
• 负责人: 押谷 仁
• 金额: $ 11.81万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-10-07 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19KK0204/
• 关键词: 呼吸器感染症; フィリピン; コロナウイルス; ライノウイルス; RSウイルス; 呼吸器ウイルス; ウイルス学; インフルエンザ; 分子進化; 疫学

フィリピンのビリラン島で実施してきた呼吸器感染症に関する研究で得られたさまざまな呼吸器ウイルスの解析を行うことを目的としてきた。ビリラン島の研究はCOVID-19パンデミックのために中断していたが、2022年9月に研究が再開され、RSウイルスなど多くの呼吸器ウイルスが検出されてきている。また、COVID-19流行以前に採取された検体についてもさまざまな観点から解析を行った。ライノウイルスは最も高い頻度で検出される呼吸器ウイルスであるが、その病因的意義は十分に確立していない。特に新たに検出されたライノウイルスC（RV-C）は重症化に関与している可能性が指摘されているが、重症化に関与しているという確実なデータは得られていなかった。ビリラン島におけるデータから既存のRV-A・RV-BとRV-Cの重症度を比較した結果、RV-Cは重症例が多く、特にRV-CとRV-AのRecombinationの結果生じたと考えられるウイルスの感染例で重症例が多いことが明らかになった（Open Forum Infect Dis. 2022 ）。また、既存のヒトコロナウイルスであるOC43について全ゲノムシークエンスを行い、OC43ではSARS-CoV-2に比べて進化速度が遅いことが明らかになった。また、ビリラン島で採取された小児血清から既存のヒトコロナウイルス（OC43, 229E, NL63, HKU1)に対する抗体価を分析した結果、いずれのウイルスに対しても高い抗体価を保有することが明らかになった。ELISAではSARS-CoV-2に対して交差反応を示したが、明らかな中和抗体がある検体は認められなかった（Sci Rep. 2023）。

本研究的目的是分析通过在菲律宾比利兰岛进行的呼吸道感染研究获得的各种呼吸道病毒。比利兰岛的研究因 COVID-19 大流行而暂停，但研究于 2022 年 9 月恢复，并检测到了包括呼吸道合胞病毒在内的多种呼吸道病毒。此外，还从不同角度对 COVID-19 爆发前收集的样本进行了分析。鼻病毒是最常检测到的呼吸道病毒，但其病因学意义尚未明确。特别是，有人指出，新检测到的鼻病毒C（RV-C）可能与疾病的恶化有关，但尚未获得可靠的数据表明其与疾病的恶化有关。根据比利兰岛的数据比较现有 RV-A、RV-B 和 RV-C 的严重程度，发现发生了许多严重的 RV-C 病例，特别是由于 RV- 重组而导致的。 C 和 RV-A。很明显，存在许多严重的病毒感染病例（Open Forum Infect Dis. 2022）。此外，对现有人类冠状病毒OC43的全基因组测序显示，OC43的进化速度比SARS-CoV-2慢。此外，对比利兰岛收集的儿童血清中现有人类冠状病毒（OC43、229E、NL63、HKU1）的抗体滴度分析显示，这些儿童对所有病毒都具有较高的抗体滴度。 ELISA 显示针对 SARS-CoV-2 的交叉反应，但没有样本具有明显的中和抗体 (Sci Rep. 2023)。

项目成果

公衆衛生・国際保健・感染症対策の実際 ―エボラとコロナの経験から―

公共卫生、国际卫生和传染病控制的现实 - 来自埃博拉和冠状病毒的经验 -

• 发表时间: 2022
• 作者: Daiki Oshikawa;Shintaro Inaba;Yudai Kitagawa;Kaori Tsukakoshi;Kazunori Ikebukuro;古瀬祐気
• 通讯作者: 古瀬祐気

Risk of Transmission and Viral Shedding From the Time of Infection for Respiratory Syncytial Virus in Households.

• DOI: 10.1093/aje/kwab181
• 发表时间: 2021-12-01
• 期刊: American journal of epidemiology
• 影响因子: 5
• 作者: Otomaru H;Sornillo JBT;Kamigaki T;Bado SLP;Okamoto M;Saito-Obata M;Inobaya MT;Segubre-Mercado E;Alday PP;Saito M;Tallo VL;Quiambao BP;Oshitani H;Cook AR
• 通讯作者: Cook AR

National Institute of Public Health(カンボジア)

国家公共卫生研究所（柬埔寨）

Near-Complete Genome Sequencing of Influenza C Virus in the Philippines between 2014 and 2019.

• DOI: 10.1128/mra.00900-21
• 发表时间: 2021-12-09
• 期刊: Microbiology resource announcements
• 影响因子: 0.8
• 作者: Fujita D;Dapat C;Kagning Tsinda E;Saito M;Okamoto M;Saito-Obata M;Quiambao BP;Lupisan SP;Oshitani H
• 通讯作者: Oshitani H

Research Institute of Tropical Medicine(フィリピン)

热带医学研究所（菲律宾）