網羅的変異タンパク質定量解析に基づく再発大腸癌の診断、治療法開発

基于突变蛋白综合定量分析的复发性结直肠癌诊治进展

基本信息

批准号：
21H02792
负责人：
植田幸嗣
金额：
$ 11.07万
依托单位：
Japanese Foundation for Cancer Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

本研究は新鮮大腸癌組織内、およびその培養分泌エクソソーム内に発現している変異タンパク質を独自のプロテオゲノミクス解析により定量的に一斉同定し、ここから術後早期再発例で特異的に発現が認められる細胞内、エクソソーム内変異タンパク質を特定、再発リスク関連変異タンパク質が持つ分子生物学的機能を明らかにすることで新しい機序の再発リスク診断、再発大腸癌治療法の開発に繋げることを目標とする。2022年度は、2021年度に引き続き大腸がん組織、および組織由来エクソソームにおける変異タンパク質の包括的な定量発現プロファイルを取得するため、同一患者由来大腸がん組織、正常組織の全エクソーム解析、その情報をもとにした大腸がん組織、および同組織由来エクソソーム中の網羅的変異タンパク質定量解析を実施した。計50例のがん部、正常部組織の全エクソンシークエンス解析、個別化タンパク質配列データベース作成、網羅的変異プロテオーム解析からは8000種以上のタンパク質が検出され、体細胞変異を含むペプチド配列も多数検出された。さらに、質量分析データの検索エンジンによる配列同定の正確性を検証するため安定同位体標識合成ペプチドを用いたMS/MSスペクトルマッチングも実施し、SkylineソフトウェアにおけるDotP scoreから確実な同定が行われていることも確認を行った。その上でMSクロマトグラムのピークエリア値による相対定量試験を実施し、大腸がん早期再発群、長期無再発群の二群解析から早期再発群でのみ発現が確認される、または有意に発現量が高い（低い）変異タンパク質を大腸癌術後再発リスク関連因子候補として抽出した。

在本研究中，我们利用原始蛋白质组学分析定量鉴定了新鲜结肠癌组织和培养的外泌体中表达的突变蛋白，并发现它们在术后早期复发的病例中特异性表达，目的是鉴定细胞和外泌体中的突变蛋白。与复发风险相关，并阐明与复发风险相关的突变蛋白的分子生物学功能，这将导致诊断复发风险的新机制和开发复发性结直肠癌的治疗方法。 2022财年，继2021财年之后，为了获得结直肠癌组织和组织源性外泌体中突变蛋白的全面定量表达谱，我们将对同一患者的结直肠癌组织和正常组织进行全外显子组分析，并收集我们对原始结直肠癌组织和源自同一组织的外泌体中的突变蛋白进行了全面的定量分析。通过对50例癌组织和正常组织的全外显子序列分析，建立个体化蛋白质序列数据库，并进行全面的突变蛋白质组分析，检测到8000多种蛋白质，还检测到了许多含有体细胞突变的肽序列。。此外，为了验证使用质谱数据搜索引擎进行序列识别的准确性，我们使用稳定同位素标记的合成肽进行了MS/MS谱匹配，并根据Skyline软件中的DotP评分进行了可靠的识别。证实了这一点。然后，我们利用MS色谱图的峰面积值进行相对定量测试，从早期复发组和长期无复发组的两组分析中，我们发现仅在早期复发组中确认了表达，或表达水平显着升高（低）的突变蛋白。

项目成果

期刊论文数量（8）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

ctProteinによる新たながんリキッドバイオプシーの可能性

使用 ctProtein 进行新型癌症液体活检的可能性

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
植田幸嗣
通讯作者：
植田幸嗣

Frontiers in mass spectrometry?based clinical proteomics for cancer diagnosis and treatment

基于质谱的癌症诊断和治疗临床蛋白质组学前沿

DOI：
10.1111/cas.15731
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
5.7
作者：
Haga Yoshimi;Minegishi Yuriko;Ueda Koji
通讯作者：
Ueda Koji

Differential ion mobility mass spectrometry in immunopeptidomics identifies neoantigens carrying colorectal cancer driver mutations

免疫肽组学中的微分离子淌度质谱法鉴定携带结直肠癌驱动突变的新抗原

DOI：
10.1038/s42003-022-03807-w
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
5.9
作者：
Minegishi Yuriko;Kiyotani Kazuma;Nemoto Kensaku;Inoue Yoshikage;Haga Yoshimi;Fujii Risa;Saichi Naomi;Nagayama Satoshi;Ueda Koji
通讯作者：
Ueda Koji

Colorectal Cancer-Derived CAT1-Positive Extracellular Vesicles Alter Nitric Oxide Metabolism in Endothelial Cells and Promote Angiogenesis.

结直肠癌衍生的 CAT1 阳性细胞外囊泡改变内皮细胞中的一氧化氮代谢并促进血管生成。

DOI：
10.1158/1541-7786.mcr-20-0827
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
5.2
作者：
Ikeda A; Nagayama S; Sumazaki M; Konishi M; Fujii R; Saichi N; Muraoka S; Saigusa D; Shimada H; Sakai Y; Ueda K
通讯作者：
Ueda K

循環変異タンパク質を用いた革新的がんリキッドバイオプシー技術開発

利用循环突变蛋白开发创新癌症液体活检技术