Bioinformatics methods for PacBio methylation data towards microbial differential epigenome analysis

用于微生物差异表观基因组分析的 PacBio 甲基化数据的生物信息学方法

基本信息

批准号：
19K20409
负责人：
Saito Yutaka
金额：
$ 2.5万
依托单位：
National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-01 至 2022-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K20409/
关键词：
エピゲノム DNAメチル化 PacBio 微生物バイオインフォマティクス機械学習

项目摘要

项目成果

期刊论文数量（72）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Machine learning approach for discrimination of genotypes based on bright-field cellular images.

DOI：
10.1038/s41540-021-00190-w
发表时间：
2021-07-21
期刊：
NPJ systems biology and applications
影响因子：
4
作者：
Suzuki G;Saito Y;Seki M;Evans-Yamamoto D;Negishi M;Kakoi K;Kawai H;Landry CR;Yachie N;Mitsuyama T
通讯作者：
Mitsuyama T

Comparative analysis of the relationship between translational efficiency and sequence features of endogenous proteins of multiple organisms using ribosomal profiling data.

使用核糖体分析数据比较分析多种生物体内源蛋白的翻译效率和序列特征之间的关系。

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
田島直幸;熊谷俊高;齋藤裕;亀田倫史.
通讯作者：
亀田倫史.

Evaluating aggregation propensity of tetra-peptide using MD and machine learning.

使用 MD 和机器学习评估四肽的聚集倾向。

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
来見田遥一;齋藤裕;亀田倫史.
通讯作者：
亀田倫史.

Evaluating self-assembly propensity of tetra-peptide using MD and machine learning.

使用 MD 和机器学习评估四肽的自组装倾向。

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yoichi Kurumida;Keisuke Ikeda;Yusuke Nakamichi;Atsushi Hirano;Kaito Kobayashi;Yutaka Saito;Tomoshi Kameda.
通讯作者：
Tomoshi Kameda.

機械学習が道先案内するタンパク質の進化分子工学.

机器学习指导的蛋白质进化分子工程。

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
BIO INDUSTRY
影响因子：
0
作者：
梅津光央;齋藤裕;亀田倫史;津田宏治.
通讯作者：
津田宏治.

DOI：
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作者：
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Saito Yutaka其他文献

In Trends in Acarology-Proceedings of the 12th International Congress. Proceedings of the 12th International Congress.(M.W.Sables, J.Bruin.eds ?Spider mites as study objects for evolutionary biology.)

螨学趋势 - 第十二届国际大会论文集。

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
進崇一郎;関人史;平金晶憲;渡辺英雄;吉田直亮;Ishii Y. and Shimada M;Saito Yutaka
通讯作者：
Saito Yutaka

糞便メタゲノムおよびメタボローム解析を用いた大腸がんの多段階発がんに伴う腸内環境の変化

使用粪便宏基因组和代谢组分析与结直肠癌多步致癌相关的肠道环境变化

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yachida Shinichi;Mizutani Sayaka;Shiroma Hirotsugu;Shiba Satoshi;Nakajima Takeshi;Sakamoto Taku;Saito Yutaka;Fukuda Shinji;Shibata Tatsuhiro;Yamada Takuji;水谷紗弥佳
通讯作者：
水谷紗弥佳

Variation in counterattack success against a phytoseiid predator between two forms of the social spider mite Stigmaeopsis miscanthi

两种形式的社会性叶螨 Stigmaeopsis miscanthi 对抗植绥捕食者的反击成功率的差异

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
J Ethol
影响因子：
0.9
作者：
Yano Junya;Saito Yutaka;Chittenden Anthony R. and Yukie Sato
通讯作者：
Chittenden Anthony R. and Yukie Sato

Counterattack success of a social spider mite against two predominant phytoseiid predator species

社会性红蜘蛛对两种主要植物绥虫捕食者的成功反击

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
Experimantal and Applied Acarology
影响因子：
0
作者：
Saito Yutaka;Chittenden R. Anthony;Miki Kanazawa
通讯作者：
Miki Kanazawa

First progress report on the Japan Endoscopy Database project

日本内窥镜数据库项目的第一份进度报告

DOI：
10.1111/den.12963
发表时间：
2017
期刊：
Dig Endosc
影响因子：
0
作者：
Kodashima Shinya;Tanaka Kiyohito;Matsuda Koji;Fujishiro Mitsuhiro;Saito Yutaka;Ohtsuka Kazuo;Oda Ichiro;Katada Chikatoshi;Kato Masayuki;Kida Mitsuhiro;Kobayashi Kiyonori;Hoteya Shu;Horimatsu Takahiro;Matsuda Takahisa;Muto Manabu;Yamamoto Hironori;Ryozawa
通讯作者：
Ryozawa