夜行性カエル類における視覚と体色の多様化プロセスの解明

阐明夜行性青蛙视觉和体色多样化的过程

基本信息

批准号：
20K15879
负责人：
児島庸介
金额：
$ 2.58万
依托单位：
Kyoto University (2021-2022)Toho University (2020)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K15879/
关键词：
表現型進化多様化分子進化進化多様性

项目摘要

本年度は、新たなサンプルの採集、遺伝子解析、これまでに得られた次世代シーケンスデータの解析を行った。昨年度までの研究で、当初の対象種群において視覚に関わる遺伝子の塩基配列の多様性が予想以上に大きいことがわかり、系統発生の早い段階から多様化が始まったことが示唆された。そこで、本年度は、サンプリングの対象を拡大し、より広い系統のサンプルを収集した。本年度の初めには新型コロナウイルス感染症拡大防止のため野外調査の実施を見送ったケースもあったが、活動制限の緩和に伴い海外でのサンプリングを実施することができ、解析上重要な種を採集することができた。現地で調査許可・サンプル輸出許可を発行する機関が変更になった影響で手続きに時間を要しており、それらのサンプルを使った遺伝子解析は次年度に繰り越すこととなったが、サンプルの輸出および今後の解析の準備を進めた。また、これまでに得ていたサンプルを用いて次世代シーケンサーによる遺伝子解析を行い、新たな配列データを取得した。これについては、上記の海外サンプルのデータと合わせて塩基配列データの解析に供する予定である。そのほか、これまでに得られた次世代シーケンスデータの解析を進めた。核ゲノム決定に関しては、ゲノムサイズが大きいこと等の理由で予想より時間を要しているが、昨年度から継続して、スーパーコンピュータを使った新規アセンブリの計算を行った。発現遺伝子の解析については、昨年度までに仮説を支持する結果が得られていた。今年度は、解析手法の再検討を行ったほか、追加の解析を実施し、より信頼性が高い結果を得ることができ、多角的な仮説の検証が可能になった。追加データが得られた時点で論文原稿を国際学術誌に投稿するべく、原稿の準備を進めた。

今年，我们收集了新的样本，分析了基因，并对迄今为止获得的下一代序列数据进行了分析。直到去年进行的研究表明，在最初的目标物种组中，与视觉相关的基因的核苷酸序列的多样性比预期的要大，这表明多样化在系统发育的早期就开始了。因此，今年我们扩大了采样范围，采集了更广泛的菌株样本。在本财年之初，为了防止新型冠状病毒感染的传播，有一些现场调查被推迟的情况，但随着活动限制的放松，我们现在可以在海外进行采样，我们现在可以为了识别对分析很重要的物种，我能够收集它。由于发放研究许可证和样本出口许可证的当地机构发生变化，程序需要时间，使用这些样本的基因分析将延续到明年，并为未来的分析做准备。此外，我们使用下一代测序仪对迄今为止获得的样本进行了遗传分析，并获得了新的序列数据。我们计划将这些数据与上述海外样本的数据一起用于核苷酸序列分析。此外，我们还对迄今为止获得的下一代序列数据进行了分析。关于核基因组的确定，由于基因组太大，需要的时间比预期要长，但我们从去年开始继续使用超级计算机计算新的组装。至于表达基因的分析，去年已经得到了支持这一假设的结果。今年，除了重新审视分析方法外，我们还进行了额外的分析，并能够获得更可靠的结果，使得检验多个假设成为可能。一旦获得额外的数据，手稿就准备提交给国际学术期刊。