放散虫群集の自動分類技術の開発と、古環境復元研究への応用。

放射虫群落自动分类技术开发及其在古环境重建研究中的应用

• 批准号: 21F50807
• 负责人: 岡崎 裕典
• 金额: $ 1.41万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-11-18 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21F50807/
• 关键词: 自動分類; 電動ステージ顕微鏡; ディープラーニング; 放散虫; 珪質鞭毛藻; 北太平洋

外国人特別研究員は入国が可能となった2021年11月下旬に来日し2週間の隔離期間を経て12月中旬から九州大学において放散虫種の自動分類に関する研究を実施した。12月後半に高知コアセンターを訪問し、海底堆積物コアリポジトリを見学するとともに古海洋研究者および微化石研究者と議論をした。2022年1月初旬に産業技術総合研究所を訪問し、同研究所の機械学習研究者らに対してセミナーを行うとともに、同研究所の微化石自動分類および自動拾い出し装置を見学し意見交換を行った。2月初旬に国内の微古生物学研究者に対しオンラインセミナーを行い交流を深めた。3月に九州大学に導入された電動ステージ顕微鏡に外国人特別研究員が開発した自動分類プログラムを搭載し、顕微鏡写真撮影プログラムと連動できるよう設定した。九州大学に所蔵されている北太平洋高緯度域の堆積物試料を用いてプレパラートを作成し、セットアップした自動撮影・自動分類システムにより放散虫個体の写真を取り込み、機械学習のためのデータ蓄積を進めた。また、新たに珪質鞭毛藻群集の自動分類に取り組み、予察的な実験を行い珪質鞭毛藻個体のコントラストが大きいことを利用して効率的に他の粒子と画像処理で区別して抽出できることを確認した。また、堆積物試料の分割器とプレパラート作成のためのスライドガイドをデザインし3Dプリンターで製作した。ニュージーランドでテニュアポストを獲得したため3月末に離日した。

外国研究人员于2021年11月下旬进入日本，当时他们能够进入该国，经过两周的隔离，他们从12月中旬开始对九州半径自动分类进行了研究。他于12月下旬参观了高知核心中心，参观了海底沉积核心正面，并与旧的海上研究人员和微观研究人员进行了讨论。访问2022年1月上旬的工业技术研究所，在研究所进行了一次研讨会，并访问了该研究所的自动化石分类和自动选择设备，并交换了意见。 2月初，在线研讨会向国内微生物研究人员举行，以加深交流。该计划配备了由外国研究人员在3月在京都大学推出的电动阶段显微镜中开发的自动分类计划，该计划将于3月在九州大学引入，与显微镜照片拍摄计划有关。使用北太平洋高纬度范围的沉积物样本在九州大学创建，并通过自动拍摄和自动分类系统捕获了授权昆虫个体的照片，并促进了机器学习的数据积累。此外，我们将在硅质何hair的hair骨聚集体，进行预测实验上自动分类，并使用硅旗藻类个体的较大对比度通过图像处理有效地提取了图像处理。此外，用3D打印机设计和生产了沉积样品和用于创建前部的幻灯片指南。他离开了新西兰的任期哨所，并于3月底离开了一天。