Genomic Epidemiological Study of Mycobacteria circulating in Indonesia

印度尼西亚流行分枝杆菌的基因组流行病学研究

基本信息

批准号：
20KK0179
负责人：
中村昇太
金额：
$ 11.9万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-10-27 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20KK0179/
关键词：
結核非結核性抗酸菌症 MLST 分子疫学

项目摘要

2022年度はMLSTデータベースの拡張と引き続き構築したリアルタイム同定システムの実証評価を行った。データベース拡張により、同定可能な菌種がこれまでの175種から212種となり、加えて種名が定まっていない162種のMycobacterium sp.を含むデータベースを構築した。また亜種についてはこれまでの M. abscessus 亜種等も含む全16亜種が同定可能となった。2022年度もコロナ禍の影響によりインドネシアへ渡航できる状況になかったため、構築したリアルタイム同定システムの評価を行うべく、分担研究機関である琉球大学―大阪大学間で、計3回に渡ってリアルタイム同定システムを用いた非結核性抗酸菌症患者の喀痰より取得された培養検体24検体の評価シークエンシングを実施した。これらのうち10検体は、亜種によって薬剤感受性が異なることから正確な同定が必要とされている Mycobacterium abscessus であることが解析の結果判明したが、いずれの検体においてもリアルタイムでの亜種レベルの同定を行うことに成功した。また他の検体についても亜種レベルでの同定を行うことができた。M. abscessus についてはNTM症の治療におけるキードラッグであるクラリスロマイシンおよびアミカシンの耐性についても変異を特定し、薬剤耐性予測を行った。2023年度は、海外共同研究者である Karunawati 副医学部長の協力のもと、この解析システムをインドネシア大学およびその連携病院へ導入し、インドネシアにおける結核の疫学調査の実施を進める。

在2022财年，我们扩展了MLST数据库，并证明了实时识别系统的持续构建。通过扩展数据库，我们建立了一个数据库，其中包括162个分枝杆菌，从前的175种到212种，并且尚未确定任何物种名称。此外，总共可以识别16个亚种，包括先前的脓肿分子亚种。由于Covid-19-19流行的影响，在2022年，我们无法前往印尼，因此，为了评估我们建立的实时鉴定系统，我们使用无通用的mycobactery sosak Inserial Insife os osaky Insiversy of Serime osake sosak进行了评估和测序对24种培养标本进行评估和测序，并进行了测序。研究所。分析表明，其中10个标本是脓肿分枝杆菌，它需要准确的识别，因为药物易感性在亚种之间有所不同，但是我们成功地实现了两个标本中亚种的实时鉴定。在亚种级别上也确定了其他标本。对于上cess菌，还在关键药物克拉霉素和amikacin在NTM疾病治疗中的耐药性中也发现了突变，并预测了耐药性。 2023年，随着医学院副院长的合作，海外研究员卡鲁纳瓦蒂（Karunawati）将向印度尼西亚大学及其相关医院介绍该分析系统，并将对印度尼西亚结核病进行流行病学研究。

项目成果

期刊论文数量（11）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

非結核性抗酸菌の迅速その場同定

非结核分枝杆菌的快速原位鉴定

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Hiroyuki Ootomo;Rio Yokota;中村昇太
通讯作者：
中村昇太

Methods in molecular biology

DOI：
10.1002/cbic.200400235
发表时间：
2005-01-01
期刊：
Protein-protein interactions: Methods and applications
影响因子：
0
作者：
Berg, T
通讯作者：
Berg, T

The impact of adjuvant surgical treatment of nontuberculous mycobacterial pulmonary disease on prognosis and outcome

DOI：
10.1186/s12931-020-01420-1
发表时间：
2020-06-16
期刊：
RESPIRATORY RESEARCH
影响因子：
5.8
作者：
Fukushima, Kiyoharu;Miki, Mari;Kida, Hiroshi
通讯作者：
Kida, Hiroshi

Host Immune Response and Novel Diagnostic Approach to NTM Infections

DOI：
10.3390/ijms21124351
发表时间：
2020-06-01
期刊：
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
影响因子：
5.6
作者：
Abe, Yuko;Fukushima, Kiyoharu;Kumanogoh, Atsushi
通讯作者：
Kumanogoh, Atsushi

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通讯作者：
中村昇太