Genomic Epidemiological Study of Mycobacteria circulating in Indonesia

印度尼西亚流行分枝杆菌的基因组流行病学研究

基本信息

批准号：
20KK0179
负责人：
中村昇太
金额：
$ 11.9万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-10-27 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20KK0179/
关键词：
結核非結核性抗酸菌症 MLST 分子疫学

项目摘要

2022年度はMLSTデータベースの拡張と引き続き構築したリアルタイム同定システムの実証評価を行った。データベース拡張により、同定可能な菌種がこれまでの175種から212種となり、加えて種名が定まっていない162種のMycobacterium sp.を含むデータベースを構築した。また亜種についてはこれまでの M. abscessus 亜種等も含む全16亜種が同定可能となった。2022年度もコロナ禍の影響によりインドネシアへ渡航できる状況になかったため、構築したリアルタイム同定システムの評価を行うべく、分担研究機関である琉球大学―大阪大学間で、計3回に渡ってリアルタイム同定システムを用いた非結核性抗酸菌症患者の喀痰より取得された培養検体24検体の評価シークエンシングを実施した。これらのうち10検体は、亜種によって薬剤感受性が異なることから正確な同定が必要とされている Mycobacterium abscessus であることが解析の結果判明したが、いずれの検体においてもリアルタイムでの亜種レベルの同定を行うことに成功した。また他の検体についても亜種レベルでの同定を行うことができた。M. abscessus についてはNTM症の治療におけるキードラッグであるクラリスロマイシンおよびアミカシンの耐性についても変異を特定し、薬剤耐性予測を行った。2023年度は、海外共同研究者である Karunawati 副医学部長の協力のもと、この解析システムをインドネシア大学およびその連携病院へ導入し、インドネシアにおける結核の疫学調査の実施を進める。

2022财年，我们扩充了MLST数据库，并对后续构建的实时识别系统进行了示范评估。通过扩大数据库，可识别的细菌种类从175个增加到212个，并建立了包含162个尚未确定种名的分枝杆菌属的数据库。此外，现在总共可以鉴定出16个亚种，包括脓肿分枝杆菌亚种。 2022年，由于冠状病毒大流行的影响，无法前往印度尼西亚，因此为了评估我们构建的实时识别系统，我们在联合王国之间进行了3次实时识别系统旅行。研究机构、琉球大学和大阪大学对从非结核分枝杆菌疾病患者的痰中获得的 24 份培养标本进行了评估测序。分析显示，其中10个样本是脓肿分枝杆菌，需要准确鉴定，因为药物敏感性因亚种而异。鉴定成功。我们还能够在亚种水平上识别其他标本。关于脓肿分枝杆菌，我们还鉴定了对克拉霉素和阿米卡星（治疗 NTM 疾病的关键药物）的耐药性突变，并预测了耐药性。 2023财年，在我们的海外合作者副医学主任Karunawati博士的配合下，我们将把这个分析系统引入印度尼西亚大学及其附属医院，并着手在印度尼西亚进行结核病流行病学调查。