Investigation of the diversity of infection mechanisms of phytoplasmas in the Pacific island nations through genomic and epidemiological studies

通过基因组和流行病学研究调查太平洋岛国植原体感染机制的多样性

• 批准号: 20KK0132
• 负责人: 志柿 俊朗
• 金额: $ 11.9万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-10-27 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20KK0132/
• 关键词: ファイトプラズマ; ゲノム解析; フィリピン; ソロモン; ブーゲンビル; ソロモン諸島; パプアニューギニア; LAMP法; 分子疫学; 遺伝的多様性; ゲノム; 太平洋島嶼国; LAMP

2022年度中、コロナウイルスの影響などもあり調査対象となっている各国への渡航は困難で、物資のやり取りにも時間を要する状況であったが、フィリピンとソロモン諸島においては幸い現地研究者の多大な協力があった。特に年度内では、ソロモン諸島から送られたFTAカードによる感染植物サンプルの解析が進んだ。LAMP・PCR陽性のサンプルが6検体見つかり、シーケンス解析の結果、全て同じ種に属するファイトプラズマと同定され、現地における伝染環の一端が明らかになった。フィリピンでは現地の協力者が多数のサンプル採集を行ったが、DNAの解析は行われていない。但し、フィリピン各島で採集された植物の病徴を見る限り、ファイトプラズマに感染していると思われるものが多数ある。ブーゲンビルでの調査は現地からの情報が乏しく、渡航・調査に至っていない。ただし、過去にファイトプラズマ感染の植物は報告されており、適宜現地情報の収集に努めた。加えて、これまで未確立となっていた、同種のファイトプラズマ系統間における遺伝的近縁性の評価手法として、全ゲノム情報を用いることの有用性を評価した。その結果、全ゲノム情報に基づく比較により、同じ地域の異なる宿主植物、あるいは異なる地域の同種の宿主植物から得られたファイトプラズマに関して、近縁性を正しく評価できると考えられる結果が得られた。本法は、今後の島嶼部におけるファイトプラズマの伝染環の解明に役立つことが期待される。

在2022财政年度，由于冠状病毒的影响，很难前往正在调查的国家，这花费了时间来交换物资，但幸运的是，当地研究人员在菲律宾和所罗门群岛进行了很大的合作。特别是，在财政年度内，使用所罗门群岛的FTA卡对受感染的植物样品进行分析。发现了六个Lamp-PCR阳性样品，序列分析表明它们均被鉴定为属于同一物种的植物质体，揭示了局部传染环的一部分。在菲律宾，许多本地合作者收集了样本，但没有进行DNA分析。但是，基于菲律宾各岛收集的植物的症状，似乎有许多人感染了植物植物。该网站很少有在布干维尔进行调查的信息，也没有进行旅行或调查。但是，过去已经报道了感染了植物植物的植物，我们试图根据适当的方式收集当地信息。此外，我们评估了使用整个基因组信息作为评估均质植物质系之间遗传亲密关系的方法的有用性，该方法尚未确定。结果，基于整个基因组信息的比较表明，可以准确评估从同一地区的不同寄主植物或不同区域中类似宿主植物获得的植物植物的密切关联。预计该法律将有助于阐明未来岛屿地区植物植物的传染环。

项目成果

媒介昆虫体内におけるファイトプラズマの局在・量的変動解析

昆虫载体植原体定位及数量变异分析

• 发表时间: 2021
• 作者: Nijo Takamichi;Iwabuchi Nozomu;Tokuda Ryosuke;Suzuki Takumi;Matsumoto Oki;Miyazaki Akio;Maejima Kensaku;Oshima Kenro;Namba Shigetou;Yamaji Yasuyuki;徳田遼佑・岩渕望・二條貴通・北沢優悟・鈴木誠人・前島健作・大島研郎・難波成任・山次康幸;二條貴通・鈴木拓海・岩渕望・徳田遼佑・松本旺樹・宮﨑彰雄・前島健作・大島研郎・難波成任・山次康幸;鈴木拓海・二條貴通・徳田遼佑・岩渕望・松本旺樹・宮﨑彰雄・前島健作・大島研郎・難波成任・山次康幸;徳田遼佑・鯉沼宏章・魏薇・北沢優悟・二條貴通・宮﨑彰雄・前島健作・難波成任・山次康幸
• 通讯作者: 徳田遼佑・鯉沼宏章・魏薇・北沢優悟・二條貴通・宮﨑彰雄・前島健作・難波成任・山次康幸

ファイトプラズマの花器官葉化誘導因子ファイロジェンの立体構造解析

植原体花器官叶形成诱导因子系统发生基因的三维结构分析

• 发表时间: 2021
• 作者: Fujioka Masaya;Jeem Melbert;Sato Kento;Tanaka Masashi;Morita Kazuki;Shibuya Taizo;Takahashi Kiyonori;Iwasaki Suguru;Miura Akira;Nagao Masanori;Demura Satoshi;Sakata Hideaki;Ono Madoka;Kaiju Hideo;Nishii Junji;北沢優悟・岩渕望・宮武秀行・徳田遼佑・鯉沼宏章・前島健作・大島研郎・難波成任・山次康幸
• 通讯作者: 北沢優悟・岩渕望・宮武秀行・徳田遼佑・鯉沼宏章・前島健作・大島研郎・難波成任・山次康幸

全ゲノム情報の比較に基づくファイトプラズマの種内近縁性の評価

基于全基因组信息比较的植原体种内相关性评价

• 发表时间: 2023
• 作者: Nijo Takamichi;Iwabuchi Nozomu;Tokuda Ryosuke;Suzuki Takumi;Matsumoto Oki;Miyazaki Akio;Maejima Kensaku;Oshima Kenro;Namba Shigetou;Yamaji Yasuyuki;徳田遼佑・岩渕望・二條貴通・北沢優悟・鈴木誠人・前島健作・大島研郎・難波成任・山次康幸
• 通讯作者: 徳田遼佑・岩渕望・二條貴通・北沢優悟・鈴木誠人・前島健作・大島研郎・難波成任・山次康幸

効率的なゲノム解読に向けたファイトプラズマDNA濃縮系の構築

高效基因组解码植原体DNA富集系统的构建

• 发表时间: 2021
• 作者: Nijo Takamichi;Iwabuchi Nozomu;Tokuda Ryosuke;Suzuki Takumi;Matsumoto Oki;Miyazaki Akio;Maejima Kensaku;Oshima Kenro;Namba Shigetou;Yamaji Yasuyuki;徳田遼佑・岩渕望・二條貴通・北沢優悟・鈴木誠人・前島健作・大島研郎・難波成任・山次康幸;二條貴通・鈴木拓海・岩渕望・徳田遼佑・松本旺樹・宮﨑彰雄・前島健作・大島研郎・難波成任・山次康幸
• 通讯作者: 二條貴通・鈴木拓海・岩渕望・徳田遼佑・松本旺樹・宮﨑彰雄・前島健作・大島研郎・難波成任・山次康幸

Detection by PCR and LAMP

PCR和LAMP检测

• 发表时间: 2021
• 作者: Noguchi Shinji;Odahara Jin;Sakai Hayato;Rosero-Navarro Nataly Carolina;Miura Akira;Tadanaga Kiyoharu;Akio Miyazaki
• 通讯作者: Akio Miyazaki