Investigation of pathogen responsible for infective endocarditis and aortic aneurysm using next-generation sequencing

使用下一代测序研究导致感染性心内膜炎和主动脉瘤的病原体

• 批准号: 20K17130
• 负责人: 井口 成一
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Tokyo Women's Medical University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20K17130/
• 关键词: 感染性心内膜炎; 感染性大動脈瘤; 次世代シークエンサー; 病原微生物; 感染症診断; 薬剤耐性; 次世代シーケンサー; メタゲノム解析; 起因微生物診断

様々な微生物による感染症診断には古典的な培養検査が欠かせない。しかし臨床的に明らかに感染性心内膜炎、感染性大動脈瘤が存在してもその起因微生物が診断できないケースは少なくない。一方で抗菌薬の選択・投与期間が変わりうるため、微生物学的診断の確定は非常に重要である。本研究は困難なことがある感染性心内膜炎および感染性大動脈瘤患者を中心とした感染症の微生物学的診断を、次世代シークエンサーによる無菌検体の網羅的解析で明らかにしようとするものである。現時点で検体は2014年から2022年にかけての284症例分が収集された。症例の診断内訳は現時点判明分で、感染性心内膜炎 98例（自己弁心内膜炎 51例＋人工弁心内膜炎 44例＋デバイス関連心内膜炎2例＋不明1例）、大動脈グラフト感染 38例、感染性大動脈瘤 11例（梅毒1例）などであった。培養陽性例は現時点判明分で血液培養 63例、それ以外の検体培養 74例であった。血液培養陽性例のうちブドウ球菌属 23例（黄色ブドウ球菌 14例＋コアグラーゼ陰性ブドウ球菌 9例）、レンサ球菌属 29例、腸球菌属 4例であった。その他の培養陽性例のうちブドウ球菌属 30例（黄色ブドウ球菌 20例＋コアグラーゼ陰性ブドウ球菌 10例）、レンサ球菌属 20例、腸球菌属 8例であった。現在これら収集症例検体について構築したパイプラインによる解析が進行中である。起因微生物診断がつく症例がどの程度存在するか、その診断は蓋然性があるか、治療への介入が可能かといった点や、従来的な診断手法である培養・感受性検査、16Sおよび18S rRNAのPCRによる診断結果と対比した検査特性、未知の病原微生物の発見、薬剤耐性や病原性の推定などについて明らかにしていきたい。

古典文化测试对于诊断由各种微生物引起的感染至关重要。但是，在许多情况下，即使在临床病例中显然存在感染性心内膜炎或感染性主动脉瘤，因此无法诊断出由疾病引起的微生物。另一方面，抗生素给药的选择和持续时间可能会改变，因此确认微生物诊断非常重要。这项研究试图阐明传染病的微生物诊断，主要是在感染性心内膜炎和感染性主动脉瘤患者中通过下一代序列仪对无菌标本的全面分析，这可能具有挑战性。 At this point, 284 specimens have been collected from 2014 to 2022. The current breakdown of the diagnoses of cases is known, including 98 cases of infectious endocarditis (51 cases of self-valvular endocarditis, 44 cases of prosthetic valve endocarditis, 2 cases of device-related endocarditis, and 1 case of unknown), 38 cases of aortic graft infections, and 11 cases of infectious aortic动脉瘤（1例梅毒）。目前发现阳性培养物的数量是63种血液培养物和74种其他标本培养物。在阳性血液培养病例中，葡萄球菌属中有23例（金黄色葡萄球菌和凝结酶阴性葡萄球菌中的9例中有14例），链球菌中的29例，肠肠球菌中有4例。在其他阳性培养病例中，葡萄球菌中有30例（金黄色葡萄球菌中的20例，加上凝结酶阴性葡萄球菌中的10例），链球菌中的20例，肠球菌属的8例。当前，使用为这些收集的病例标本构建的管道进行的分析正在进行中。我们想澄清诊断出所得微生物的病例的程度，是否存在诊断的概率，是否可能进行治疗干预，以及常规的诊断方法，培养和敏感性测试，与16S和18S RRNA的PCR诊断结果相比，与16S和18S RRNA相比的测试特征