Polygenic Risk Scoreを用いた心臓突然死リスク因子の探索と同定

使用多基因风险评分搜索和识别心源性猝死危险因素

• 批准号: 21K08027
• 负责人: 宮下 洋平
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K08027/
• 关键词: ゲノムワイド関連解析; ポリジェニックリスク; 突然死; ゲノムデータ; クオリティチェック; EDCシステムへの登録; 法医解剖; ゲノム; PolygenicRiskScore

今年度は当初の研究計画に従い、ゲノムワイド関連解析のパイプラインの構築を完了した。ゲノムワイド関連解析を実施する場合、疾患群および対照群のアレイ・シーケンスデータについて、使用しているシーケンサーなどによるSNPコールの特性の偏りを防ぐためQC（QualityCheck）のステップが重要である。本解析においても以下のQCを実施した。①サンプル毎にcall proportionが98%より低いサンプルはデータの信頼性が低いため除外した、②ヘテロ接合性の割合が高いサンプルはコンタミネーションの可能性が高いため除外した、③事前情報から得ている性別とゲノム情報から推定される性別が一致しないサンプルについてはゲノムデータによる性別を用いて補正・補完を行った、④遺伝子型一致率が高いサンプルは同一人物・同胞である可能性も排除できないので一人のみ残す方針とした、⑤近交係数F が著しく高いサンプルは同胞もしくは親族等である可能性があり結果のぶれにつながるため除外した、⑥構造化解析から日本人以外と考えられるサンプルは病態の差ではなく人種の差をとらえてしまう可能性があるため除外した、上記①～⑥のQCを行ったサンプルについて関連解析を行うための準備を完了した。続けて関連解析を行う際に突然死のように対象患者が少なく、対照群と極端なサンプル数の差がみられる場合は、通常のロジスティック回帰分析ではαエラーが高くなり、正確なP値を計算できないと考えられ、一般化線形混合モデルを用いる方法が適切である。そこで上記の遺伝統計学的解析を行うためのパイプライン構築を完了した。

今年，我们按照原研究计划完成了全基因组关联分析流程的构建。在进行全基因组关联分析时，对疾病组和对照组的阵列序列数据执行 QC（质量检查）步骤非常重要，以防止由于所使用的测序仪而导致 SNP 识别特征出现偏差。在此分析中还进行了以下质量控制。 ① 索取每个样品比例低于98%的样本被排除，因为数据的可靠性较低。性别不匹配，我们使用基因组数据中的性别进行纠正和补充。 ④ 我们计划只保留一个基因型匹配率较高的样本，因为我们不能排除他们是同一个人或兄弟姐妹的可能性。 ⑤ 近交系数F具有显着高值的样本被排除，因为他们可能是同胞或亲戚，导致结果存在差异（6）基于结构化分析被认为是非日本人的样本捕获了种族差异而不是病理学差异。已完成对上述①至⑥中QC完成的样品进行相关分析的准备工作，因存在这种可能性而被排除。在进行后续的关联分析时，如果符合条件的患者数量较少，例如猝死，并且样本量与对照组差异极大，则正常逻辑回归分析中的α误差会很高，使得很难获得准确的P值，因为认为计算是不可能的，所以使用广义线性混合模型的方法是合适的。因此，我们完成了执行上述遗传统计分析的管道的构建。

项目成果

アルコール性突然死例のゲノム上の特徴 ～法医学ゲノム検査の実際と展望～

酒精性猝死病例的基因组特征 - 法医基因组检测的现状和前景 -

• 发表时间: 2021
• 作者: 宮下洋平

Refractory Ventricular Arrhythmias in a Patient With Dilated Cardiomyopathy Caused by a Nonsense Mutation in BAG5

由 <i>BAG5</i> 无义突变引起的扩张型心肌病患者难治性室性心律失常

• DOI: 10.1253/circj.cj-22-0329
• 发表时间: 2022
• 影响因子: 3.3
• 作者: Hakui Hideyuki;Kioka Hidetaka;Sera Fusako;Nakamoto Kei;Ozu Kentaro;Kuramoto Yuki;Miyashita Yohei;Ohtani Tomohito;Hikoso Shungo;Asano Yoshihiro;Sakata Yasushi
• 通讯作者: Sakata Yasushi

Novel BCL11B truncation variant in a patient with developmental delay, distinctive features, epilepsy, and early craniosynostosis

发育迟缓、独特特征、癫痫和早期颅缝早闭患者中的新型 BCL11B 截短变异

• DOI: 10.1038/s41439-022-00220-x
• 发表时间: 2022
• 影响因子: 1.5
• 作者: Eto K; Machida O; Yanagishita T; Yamamoto Shimojima K; Chiba K; Aihara Y; Nagata M; Isihara Y; Miyashita Y; Asano Y; Nagata S; Toshiyuki Yamamoto T
• 通讯作者: Toshiyuki Yamamoto T

Loss-of-function mutations in the co-chaperone protein BAG5 cause dilated cardiomyopathy requiring heart transplantation

辅助伴侣蛋白 BAG5 的功能丧失突变导致需要心脏移植的扩张型心肌病

• DOI: 10.1126/scitranslmed.abf3274
• 发表时间: 2022-01-19
• 期刊: Science Translational Medicine
• 影响因子: 17.1
• 作者: Hideyuki Hakui;H. Kioka;Yohei Miyashita;Shunsuke Nishimura;Ken Matsuoka;Hisakazu Kato;O. Tsukamoto;Yuki Kuramoto;Ayako Takuwa;Yusuke Takahashi;Shigeyoshi Saito;Kunio Ohta;H. Asanuma;H. Fu;Haruki Shinomiya;Noriaki Yamada;T. Ohtani;Yoshiki Sawa;M. Kitakaze;S. Takashima;Yasushi Sakata;Y. Asano
• 通讯作者: Y. Asano

Whole-exome Sequencing Analysis of a Japanese Patient With Hyperinsulinemia and Liver Dysfunction

一名日本高胰岛素血症和肝功能障碍患者的全外显子组测序分析

• DOI: 10.1210/jendso/bvac008
• 发表时间: 2022
• 影响因子: 4.1
• 作者: Fujita Shingo;Horitani Emi;Miyashita Yohei;Fujita Yukari;Fukui Kenji;Kamada Yoshihiro;Mineo Ikuo;Asano Yoshihiro;Iwahashi Hiromi;Kozawa Junji;Shimomura Iichiro
• 通讯作者: Shimomura Iichiro