神経幹細胞特異的なエンハンサーによる遺伝子発現制御機構の解明

神经干细胞特异性增强子阐明基因表达控制机制

• 批准号: 21K06396
• 负责人: 佐野坂 司
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K06396/
• 关键词: エンハンサーRNA; エピジェネティクス; 神経幹細胞

本研究課題では、神経幹細胞特異的エンハンサーの同定に加え、その中でもエンハンサー活性を持っている真のエンハンサーの同定を試みている。近年、エンハンサー領域からはenhancer RNA(eRNA)と呼ばれるnon-coding RNAが発現しているという報告がなされていることから、そのeRNAの発現を条件として候補領域を探索し、初年度に705箇所同定している。また、eRNAとmRNAの発現を1細胞レベルで解析可能なRamDA-Seqを行い、エンハンサーの標的遺伝子の同定を試み、既知遺伝子に加え、新規の標的候補遺伝子を複数同定している。本年度は、これらの同定した候補領域におけるエンハンサー活性制御機構を解析する為に、このeRNA発現領域に結合しうる因子をChIP-Seqデータベースを用いて網羅的に探索し、数種類の候補転写因子を同定した。

在这个研究项目中，除了鉴定神经干细胞特异性增强子外，我们还试图鉴定具有增强子活性的真正的增强子。近年来，有报道称增强子区域中表达了称为增强子RNA（eRNA）的非编码RNA，因此我们根据eRNA的表达来搜索候选区域，并在我做的第一年中确定了705个位置。它。此外，我们还进行了RamDA-Seq，可以在单细胞水平分析eRNA和mRNA的表达，试图鉴定增强子的靶基因，除了已知基因外，我们还鉴定了多个候选靶基因。今年，为了分析这些已确定的候选区域中的增强子活性控制机制，我们将利用ChIP-Seq数据库全面搜索能够与该eRNA表达区域结合的因子，并鉴定出几种类型的候选转录因子。

项目成果

Chromatin remodeler CHD7 targets active enhancer region to regulate cell type-specific gene expression in human neural crest cells.

染色质重塑剂 CHD7 靶向活性增强子区域，调节人神经嵴细胞中细胞类型特异性基因表达。

• DOI: 10.1038/s41598-022-27293-6
• 发表时间: 2022
• 影响因子: 4.6
• 作者: Tsukasa Sanosaka; Hironobu Okuno; Noriko Mizota; Tomoko Andoh
• 通讯作者: Tomoko Andoh

Chromatin remodeler CHD7 targets active enhancer region to regulate cell type-specific gene expression in human neural crest cells.

染色质重塑剂 CHD7 靶向活性增强子区域，调节人神经嵴细胞中细胞类型特异性基因的表达。

• DOI: 10.1038/s41598-022-27293-6
• 发表时间: 2022
• 影响因子: 4.6
• 作者: Tsukasa Sanosaka; Hironobu Okuno; Noriko Mizota; Tomoko Andoh
• 通讯作者: Tomoko Andoh