Development of D amino acid derivative synthetic method by ancestral L-amino acid oxidases
利用祖传L-氨基酸氧化酶开发D氨基酸衍生物合成方法
基本信息
- 批准号：21K05395
- 负责人：
- 金额：$ 2.58万
- 依托单位：
- 依托单位国家：日本
- 项目类别：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
- 财政年份：2021
- 资助国家：日本
- 起止时间：2021-04-01 至 2024-03-31
- 项目状态：已结题
- 来源：
- 关键词：
项目摘要
2021年度に取得したHTAncLAAOの立体構造を決定することを目的に、結晶化スクリーニングを行った。しかし良好な分解能を与える結晶を得ることができなかった。そこで配列データベースを再度探索し、HTAncLAAOと同様に活性を有し、かつ結晶性に優れたホモログ配列の取得を行なった。結果、4種類のFlavobacterium属の細菌からHTAncLAAO活性を有するホモログ配列を同定することができた。同定した4配列を用いて祖先型設計を行い、HTAncLAAOと約80%の配列相同性を有するHTAncLAAO2をデザインした。HTAncLAAO2について結晶化スクリーニングを行なったところ、2.2Å;分解能にてX線回折データを取得することに成功した。現在AlphaFold2で復元したHTAncLAAO2のモデル構造を鋳型とし、分子置換法にて位相決定を進めている。また酵素探索を進める中で副次的に取得した新規L-Lysine α-oxidaseについても構造機能解析を進め、論文として発表した (ACS Omega, 2022, 7(48): 44407-44419)。
进行结晶筛选的目的是确定2021年获得的HTAncLAAO的三维结构。然而，不可能获得具有良好分辨率的晶体。因此，我们再次检索序列数据库，得到了与HTAncLAAO具有相同活性且结晶度优良的同源序列。结果，我们能够从四种黄杆菌属细菌中鉴定出具有 HTAncLAAO 活性的同源序列。我们使用四个已鉴定的序列进行祖先设计并设计了 HTAncLAAO2，其与 HTAncLAAO 具有大约 80% 的序列同源性。当我们对 HTAncLAAO2 进行结晶筛选时，我们成功获得了分辨率为 2.2 Å 的 X 射线衍射数据。目前，我们正在以AlphaFold2恢复的HTANcLAAO2的模型结构为模板，利用分子置换的方法来确定相位。我们还对一种新型 L-赖氨酸 α-氧化酶进行了结构和功能分析，该酶是我们在酶搜索过程中作为二级产品获得的，并将其发表在论文中 (ACS Omega, 2022, 7(48): 44407-44419) 。
项目成果
期刊论文数量（11）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Dynamical Interaction Analysis of Proteins by a Random Forest-Fragment Molecular Orbital (RF-FMO) Method and Application to Src Tyrosine Kinase
通过随机森林片段分子轨道 (RF-FMO) 方法进行蛋白质动态相互作用分析及其在 Src 酪氨酸激酶中的应用
- DOI：10.1246/bcsj.20220304
- 发表时间：2023
- 期刊：
- 影响因子：4
- 作者：Yamamoto Yuta;Nakano Shogo;Shigeta Yasuteru
- 通讯作者：Shigeta Yasuteru
Development of genetic algorithm-based consensus protein design method to generate highly functional enzymes
开发基于遗传算法的共识蛋白质设计方法来生成高功能酶
- DOI：
- 发表时间：2022
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Shogo Nakano
- 通讯作者：Shogo Nakano
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- DOI：
- 发表时间：2021
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Shogo Nakano
- 通讯作者：Shogo Nakano
Dynamical Interaction Analysis of Proteins by a Random Forest-Fragment Molecular Orbital (RF-FMO) Method and Application to Src Tyrosine Kinase
通过随机森林片段分子轨道 (RF-FMO) 方法进行蛋白质动态相互作用分析及其在 Src 酪氨酸激酶中的应用
- DOI：10.1246/bcsj.20220304
- 发表时间：2023
- 期刊：
- 影响因子：4
- 作者：Yamamoto Yuta;Nakano Shogo;Shigeta Yasuteru
- 通讯作者：Shigeta Yasuteru
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