日本産地衣類の総合的なデータベースの整備とウェブ公開

准备日本地衣综合数据库并在网站上发布

基本信息

批准号：
21K01006
负责人：
原田浩
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Natural History Museum and Institute, Chiba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K01006/
关键词：
地衣類図鑑博物館標本 DNAバーコーディング LC/MS 地衣成分データベース

项目摘要

日本産地衣類に関して，証拠標本を千葉県立中央博物館で保管しつつ，（１）ウェブ図鑑，（２）地衣成分（化学成分），（３）DNAの３つからなる総合的なデータベースを整備することを目的として本研究を実施している．4年度は徳島県剣山で野外調査を実施し新規に収集した地衣類標本約200点について画像を取得し，化学成分分析（TLC，LC/MS）を進めデータの解析を進めているところである．更に成分分析のためにアセトン及びメタノール抽出後の残渣（地衣類断片）からDNAの抽出を進め，次世代シーケンサーでの解析の準備を進めた．（１）ウェブ図鑑．徳島県剣山で地衣類標本を採集し，生態写真，撮影装置下および実体顕微鏡下での拡大写真を合わせて，ウェブ図鑑コンテンツ「日本の地衣類（ウェブ図鑑）」を制作し，公開した（で500種以上を掲載）．サブコンテンツとして，「剣山の地衣類」を公開，また市民研究員の協力を得て「上田市（長野県）の地衣類」，「長崎県の地衣類」，「屋久島の地衣類」を整備した．この図鑑を補足する分類等の論文として，９報が公表，５報は投稿中（あるいは受理）である．（２）地衣成分（化学成分）のデータベース．ウェブコンテンツ「地衣成分」を公開し，地衣成分を紹介する様々な情報に加え，地衣成分データベースを掲載した（R4年度末には文献情報のみを掲載）．（３）DNAデータベース．標本から試料をとりわけ，LC/MS用に地衣成分を抽出後に，DNAを抽出する作業は，約400点実施した．このうち196試料について，リボソームDNA遺伝子のITS領域（ITS1とITS2）を次世代シーケンサーで解析した。各試料を識別したインデックスを付与してITS領域を増幅したのち、配列決定を試みたが、インデックス周辺の配列の品質が悪く、今後、再解析および追加の解析を行う予定である。

关于日本地衣，在千叶县立中央博物馆保存证据标本的同时，我们将维护一个综合数据库，其中包括（1）网络百科全书，（2）地衣成分（化学成分）和（3）DNA。这项研究正在进行中。进行的目的是第4年度，我们在德岛县剑山进行了实地调查，获取了约200个新采集的地衣标本的图像，并正在进行化学成分分析（TLC、LC/MS）和数据分析。另外，在成分分析中，从丙酮和甲醇提取后的残渣（地衣碎片）中提取DNA，并准备使用下一代测序仪进行分析。 (1)网络百科全书。我们在德岛县剑山采集了地衣标本，制作并出版了网络百科全书内容“日本的地衣（网络百科全书）”，其中包括生态照片以及在摄影设备和立体显微镜下拍摄的放大照片。列出了 500 个物种）。作为子内容，我们公开了“剑山的地衣”，并在公民研究人员的协助下，我们准备了“上田市（长野县）的地衣”，“长崎县的地衣”， ”和“屋久岛的地衣。”．．已发表九篇论文，目前正在提交（或接受）五篇论文作为分类论文，以补充本百科全书。 (2)地衣成分(化学成分)数据库。网页内容“地衣成分”已经发布，除了介绍地衣成分的各种信息外，还贴出了一个地衣成分数据库（R4末期只贴了文献信息）。 (3)DNA数据库。从标本中提取了大约 400 个样品，特别是用于 LC/MS 的地衣成分，然后提取 DNA。使用新一代测序仪对其中 196 个样本的核糖体 DNA 基因的 ITS 区域（ITS1 和 ITS2）进行了分析。在分配一个索引来识别每个样本并放大ITS区域后，我们尝试对其进行测序，但索引周围的序列质量很差，我们计划在未来进行重新分析和额外分析。