系統的に近縁関係の梅毒トレポネーマ株間を細分化する塩基置換候補の評価とその応用

碱基替换候选者的评估和应用以细分系统发育相关的梅毒螺旋体菌株

基本信息

批准号：
21K09388
负责人：
中山周一
金额：
$ 2.66万
依托单位：
National Institute of Infectious Diseases
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

昨年度報告したように、 2019年１月〜 2020年２月の間に国内で採取された梅毒トレポネーマ（以下、T.p）陽性検体由来の T.pの全ゲノム解析を試行し、解析可能であった 57株での結果を元に、日本国内で系統分けができる少なくとも４つの系統の梅毒トレポネーマが流通していることを見出し、更にこの系統は特定の単一遺伝子内の3ヶ所のSNPを決定することで特定できる可能性を提出した。この可能性の検討評価のため、2020年３月〜 2023年 4月採取の国内採取T.p陽性検体でこの3ヶ所のSNP情報を試行し、112検体分について情報が得られた。今後、上記可能性の検定のためこれら情報が得られた検体につき、実際のゲノム解析を試行する予定である。培養が基本的に不可能で、全ゲノム解析の成功率が高くないT.pに於いては、上記課題以外にもゲノム解析と代替可能で、より成功率が高く、かつ信頼性が高く、系統分類と良く相関するSNP解析や型別法の模索が、科学的根拠を持った感染ルート推定ツール開発に極めて重要である。この観点から、いくつかの方法を試行し、arp遺伝子内の繰り返し配列のリピート数にこの繰り返し配列内のSNPを加味したデータと系統分類結果が良く一致、対応することが判明し、論文として公表した（Front. Microbiol. (2022) Sep 20;13:1007056. doi: 10.3389/fmicb.2022.1007056. eCollection 2022.）。また、未発表であるが、繰り返し遺伝子群tprEGJのRFLP型の１つ、o型が国内流通系統の１つであるTEN系統と強く相関することも見出した。

据去年报道，我们尝试对2019年1月至2020年2月期间在日本采集的梅毒螺旋体（以下简称T.p.）阳性样本进行全基因组分析，分析成功。基于57个菌株的结果，我们发现至少有4个可分为菌株的梅毒螺旋体在日本流行，并且我们进一步确定了这些菌株的特定单基因内三个位置的SNP。这可以通过以下方式识别的可能性为了检验和评估这种可能性，我们使用2020年3月至2023年4月在日本收集的T.p阳性样本测试了这三个地点的SNP信息，并获得了112个样本的信息。未来，我们计划对已获得这些信息的样本进行实际的基因组分析，以测试上述可能性。对于T.p.这种基本不可能培养且全基因组分析成功率不高的T.p.，除了上述问题外，还可以替代基因组分析，有更高的成功率，并且有更高的可靠性，以及系统发育分类探索与感染密切相关的SNP分析和分型方法对于开发基于科学的感染途径估计工具极为重要。从这个角度出发，我们尝试了几种方法，发现将arp基因内重复序列的重复次数和该重复序列内的SNP相加得到的数据与系统发育分类结果吻合较好，并以论文形式发表.（正面。微生物学。（2022）9月20日；13：1007056。doi：10.3389/fmicb.2022.1007056。eCollection 2022 年。）。虽然未发表，但我们还发现，重复基因组tprEGJ的RFLP类型之一的o型与国内分布的菌株之一的TEN菌株有很强的相关性。

项目成果

期刊论文数量（3）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

High-throughput nanopore sequencing of Treponema pallidum tandem repeat genes arp and tp0470 reveals clade-specific patterns and recapitulates global whole genome phylogeny.

DOI：
10.3389/fmicb.2022.1007056
发表时间：
2022
期刊：
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
影响因子：
5.2
作者：
Lieberman, Nicole A. P.;Armstrong, Thaddeus D.;Chung, Benjamin;Pfalmer, Daniel;Hennelly, Christopher M.;Haynes, Austin;Romeis, Emily;Wang, Qian-Qiu;Zhang, Rui-Li;Kou, Cai-Xia;Ciccarese, Giulia;Dal Conte, Ivano;Cusini, Marco;Drago, Francesco;Nakayama, Shu-ichi;Lee, Kenichi;Ohnishi, Makoto;Konda, Kelika A.;Vargas, Silver K.;Eguiluz, Maria;Caceres, Carlos F.;Klausner, Jeffrey D.;Mitja, Oriol;Rompalo, Anne;Mulcahy, Fiona;Hook, Edward W.;Hoffman, Irving F.;Matoga, Mitch M.;Zheng, Heping;Yang, Bin;Lopez-Medina, Eduardo;Ramirez, Lady G.;Radolf, Justin D.;Hawley, Kelly L.;Salazar, Juan C.;Lukehart, Sheila A.;Sena, Arlene C.;Parr, Jonathan B.;Giacani, Lorenzo;Greninger, Alexander L.
通讯作者：
Greninger, Alexander L.

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