全ゲノム解析による先天性GPI欠損症の新規責任遺伝子探索

通过全基因组分析寻找导致先天性 GPI 缺陷的新基因

• 批准号: 21K07869
• 负责人: 今村 江里子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K07869/
• 关键词: 全ゲノムシーケンス解析; 全エクソーム解析; 先天性GPI欠損症; 全ゲノムシーケンス; 全ゲノム解析

本年度は、全エクソーム解析では原因の特定に至らなかった、先天性グリコシルホスファチジルイノシトール（GPI）欠損症が疑われる症例の全ゲノムシーケンスデータ解析、ターゲットロングリードシーケンス解析および新規症例に対する全エクソーム解析を行った。(1) 2家系から得られた全ゲノムシーケンス（イルミナショートリードシーケンス）のデータ解析を行い、両親に由来しない患者特異的な新規突然変異（de novo）の検出を試みた。アミノ酸置換を伴う塩基変異およびディープイントロン領域において、候補となるバリアントが見出されなかったことから、患者特異的な構造変異を検索し、1症例においてSAT2B遺伝子のエクソン6からエクソン8を含む約28k bpの逆位を検出した。逆位が生じたそれぞれの切断箇所(イントロン6およびイントロン8)にプライマーを設計し、PCRおよびSanger法により構造異常の詳細を検証した。(2) 潜性遺伝形式の既知遺伝子に、候補となる病的バリアントが1アレルのみ検出された3症例に対し、目的遺伝子領域をターゲットとしたAdaptive Sampling(Oxford Nanopore社)を実行した。目的遺伝子の全長とその上流および下流に30k bpのbuffer領域を設定し、ロングリードシーケンスデータを取得した。平均リードdepthは25で、ターゲット領域全体をカバーしていることを確認した。(3) 新規2症例に対し、全エクソームシーケンスによる病的バリアントのスクリーニングを実施した。1症例はMECP2に病的バリアントを検出し、1症例は候補バリアントが検出されなかったため、両親を含むトリオ解析を実行中である。

今年，我们对怀疑先天性糖基磷脂酰肌醇（GPI）缺乏症的病例进行了整个基因组测序分析，目标长读取测序分析以及对新病例的所有外显子组分析，这并不确定原因。 （1）进行了从两个家族获得的整个基因组序列（Illumina简短读取序列）的数据分析，并尝试检测未从父母中得出的患者特定的从头突变。在基础突变中未发现候选变异，并具有氨基酸取代的深层内含子区域，因此搜索了患者特异性的结构突变，在一种情况下，检测到了含有含有外显子8的外显子基因的外显子6的28KBP反转。在发生反转的每个切割点设计了引物（内含子6和内含子8），并通过PCR和Sanger方法验证了结构异常的细节。 （2）针对靶基因的靶基因区域的三种病例，对​​靶基因的靶基因区域进行了自适应采样（牛津纳米孔），其中仅在潜在遗传形式的已知基因中检测到一个候选病理变体的一个等位基因。靶基因及其上游和下游设置了30 kbp缓冲区区域，并获得了长读序列数据。平均铅深度为25，并确认它覆盖了整个目标区域。 （3）使用整个外显子组序列筛选了两个新病例的病理变体。一个病例检测到MECP2中的病理变体，一个病例没有候选变异，因此正在进行涉及父母的三重奏分析。

项目成果

A case of ALG11-congenital disorders of glycosylation diagnosed by post-mortem whole exome sequencing

尸检全外显子组测序诊断ALG11先天性糖基化障碍一例

• DOI: 10.1016/j.braindev.2022.07.005
• 发表时间: 2022
• 期刊: Brain and Development
• 影响因子: 1.7
• 作者: Arai Yuto;Okanishi Tohru;Kanai Sotaro;Okazaki Tetsuya;Koshimizu Eriko;Miyatake Satoko;Maeoka Yukinori;Fujimoto Ayataka;Matsumoto Naomichi;Maegaki Yoshihiro
• 通讯作者: Maegaki Yoshihiro

Adaptive Samplingを用いたロングリードターゲットシーケンシング解析技術の検討

使用自适应采样检验长读长目标测序分析技术

• 发表时间: 2021
• 作者: Harada Tomoya;Toyoda Hidemi;Tsuboya Naoki;Hanaki Ryo;Amano Keishiro;Hirayama Masahiro;輿水江里子
• 通讯作者: 輿水江里子