土壌細菌アグロバクテリウム に近縁な耐塩性根粒菌の可能性について

关于与土壤细菌农杆菌密切相关的耐盐根瘤菌的可能性

• 批准号: 21K05885
• 负责人: 馬場 晶子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: National Agriculture and Food Research Organization
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05885/
• 关键词: 耐塩性根粒菌; Agrobacterium属; 線状染色体; 全ゲノム解読; 進化系統解析; 遺伝子の水平伝播; 南西諸島; Vigna marina (ハマササゲ); Rhizobium属; 砂浜適応; 全ゲノム解析; 遺伝子の水平伝搬; ハマササゲ根粒菌; アグロバクテリウム; 耐塩性; 共生関連遺伝子の獲得

ハマササゲ根粒菌のBradyrhizobium属, Sinorhizobium属, Rhyzobium属、３属11株について、NanoporeロングリードとIlluminaショートリードによる全ゲノム解読を実施した。結果として、アグロバクテリウム近縁種の3菌株が線状染色体を第２染色体として持つことが分かった。3菌株の線状染色体の左右の末端について精緻な配列情報に基づく比較を行なったところ、いずれについても末端から200bp程度の位置に200bp程度の緩いコンセサス配列を見出すことができた。また最末端には3菌株間で保存されている配列が検出された。Rhizobium属細菌の中で、かつてAgrobacterium属とされていたクレードの細菌群が線状染色体を持つらしいということと、線状染色体の末端構造を生成・維持するために第１染色体に座乗するテロメアーゼ遺伝子（telA）が必須であることは既報である。しかしながら、このクレードについて線状染色体末端配列の精緻な情報を体系的に取得、比較した報告は未だにない。そこで、末端配列とtelA遺伝子の比較を通じて、アグロバクテリウム類におけるハマササゲ根粒菌の進化系統的なポジションを明らかにすることを目的に、国内及び海外の保存機関から広くアグロバクテリウム類を取り寄せ、線状染色体末端配列の詳細な解析を行うことを研究計画に加えた。現在、各機関に対して配布申請を終え、取り寄せた菌株からgDNAの抽出を始めたところである。

整个基因组通过纳米孔的长读和Illumina简短读取，以释放胸骨，sinorhizobium，Rhyzobium和3属。结果，发现三种菌株的农杆菌菌株紧密相关的物种将线性染色体作为第二染色体。当比较基于精确序列信息的三种菌株的线性染色体的左侧和右端时，我们能够找到两种菌株的末端约200 bp的大约200 bp的松散经常序列。另外，在最末端检测到了三个菌株之间的序列。在根瘤菌属中，据报道，曾经被认为是农业属的细菌群具有线性染色体，并且位于第一个染色体上的Telomease Gene（Tela）对于产生和维持线性染色体的终末结构至关重要。但是，尚无关于系统获得和比较有关该进化枝的线性染色体末端序列的详细信息的报道。因此，为了通过将终末序列与Tela基因进行比较，为了阐明农杆菌在农杆菌中的进化系统位置，研究计划将研究计划添加到研究中，以广泛来自家庭和国际保护机构的秩序农杆菌，并对线性染色体终端序列进行详细分析。现在，我们已经完成了向每个机构的分配申请，并已开始从我们订购的压力中提取GDNA。

项目成果

Field Survey and Collection of Leguminous Genetic Resources and Their Root Nodules on Tanegashima, Yakushima, and Amami Oshima Islands in Japan in 2021

2021年日本种子岛、屋久岛、奄美大岛豆科遗传资源及其根瘤实地调查与采集

• DOI: 10.24514/00008074
• 发表时间: 2023
• 期刊: 植物遺伝資源探索導入調査報告書 = Annual Report on Exploration and Introduction of Plant Genetic Resources
• 作者: Akiko BABA-KASAI;Masanori MATSUO;Mitsunori AKIBA
• 通讯作者: Mitsunori AKIBA

Field Survey and Collection of Vigna marina’s Seeds and Root Nodules on Tokunoshima Island, Okinoerabu Island and Yoron Island, Japan in 2019

2019年日本德之岛、冲良部岛、与论岛野豌豆种子及根瘤实地调查采集

• DOI: 10.24514/00008073
• 发表时间: 2023
• 期刊: 植物遺伝資源探索導入調査報告書 = Annual Report on Exploration and Introduction of Plant Genetic Resources
• 作者: 後藤達彦;Akiko BABA-KASAI
• 通讯作者: Akiko BABA-KASAI

ハマササゲ根粒菌のストレス耐性について

豇豆根瘤菌的抗逆性研究

• 发表时间: 2021
• 作者: T. Goto;R. Ono;M. Watanabe;AKM Ahmed;H. Usui;永井孝志;馬場（笠井）晶子
• 通讯作者: 馬場（笠井）晶子