Development of D amino acid derivative synthetic method by ancestral L-amino acid oxidases

利用祖传L-氨基酸氧化酶开发D氨基酸衍生物合成方法

基本信息

批准号：
21K05395
负责人：
中野祥吾
金额：
$ 2.58万
依托单位：
University of Shizuoka
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

2021年度に取得したHTAncLAAOの立体構造を決定することを目的に、結晶化スクリーニングを行った。しかし良好な分解能を与える結晶を得ることができなかった。そこで配列データベースを再度探索し、HTAncLAAOと同様に活性を有し、かつ結晶性に優れたホモログ配列の取得を行なった。結果、4種類のFlavobacterium属の細菌からHTAncLAAO活性を有するホモログ配列を同定することができた。同定した4配列を用いて祖先型設計を行い、HTAncLAAOと約80%の配列相同性を有するHTAncLAAO2をデザインした。HTAncLAAO2について結晶化スクリーニングを行なったところ、2.2Å;分解能にてX線回折データを取得することに成功した。現在AlphaFold2で復元したHTAncLAAO2のモデル構造を鋳型とし、分子置換法にて位相決定を進めている。また酵素探索を進める中で副次的に取得した新規L-Lysine α-oxidaseについても構造機能解析を進め、論文として発表した (ACS Omega, 2022, 7(48): 44407-44419)。

进行了结晶的筛选，以确定2021年获得的Htanclaao的三维结构。但是，无法获得良好分辨率的晶体。因此，对阵列数据库进行了重新搜索，并在像Htanclaao这样的结晶度中获得了同型序列。结果，从四个黄杆菌的细菌中鉴定出具有Htanclaao活性的同源序列。使用四个分配的阵列进行了祖先的设计，并且已经设计了Htanclaao2的Htanclaao2。在htanclaao2的结晶筛选后，我成功地获得了x射线转换为2.2Å的数据。目前在Alphafold2中还原的Htanclaao2的模型结构是一种模具，并且正在通过分子替代方法促进相测定。此外，新的L-赖氨酸α氧化酶的结构功能分析被作为次级促进了论文（ACS Omega，2022，7（48）：444407-44419）。

项目成果

期刊论文数量（11）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Design of a Full‐Consensus Glutamate Decarboxylase and Its Application to GABA Biosynthesis

全一致性谷氨酸脱羧酶的设计及其在 GABA 生物合成中的应用

DOI：
10.1002/cbic.202100447
发表时间：
2021
期刊：
ChemBioChem
影响因子：
3.2
作者：
Takagi Hiroshi;Kozuka Kohei;Mimura Kenta;Nakano Shogo;Ito Sohei
通讯作者：
Ito Sohei

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通过随机森林片段分子轨道 (RF-FMO) 方法进行蛋白质动态相互作用分析及其在 Src 酪氨酸激酶中的应用

DOI：
10.1246/bcsj.20220304
发表时间：
2023
期刊：
Bulletin of the Chemical Society of Japan
影响因子：
4
作者：
Yamamoto Yuta;Nakano Shogo;Shigeta Yasuteru
通讯作者：
Shigeta Yasuteru

Enzymatic Conjugation of Modified RNA Fragments by Ancestral RNA Ligase AncT4_2

通过祖先 RNA 连接酶 AncT4_2 酶促缀合修饰的 RNA 片段

DOI：
10.1128/aem.01679-22
发表时间：
2022
期刊：
Applied and Environmental Microbiology
影响因子：
4.4
作者：
Kajimoto Shohei;Ohashi Miwa;Hagiwara Yusuke;Takahashi Daisuke;Mihara Yasuhiro;Motoyama Tomoharu;Ito Sohei;Nakano Shogo
通讯作者：
Nakano Shogo

インシリコでの人工酵素配列設計と酵素探索

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DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
中村伊武輝;雨坂心人;米澤健人;上久保裕生;田中俊一;松尾貴史;中野祥吾
通讯作者：
中野祥吾

Development of genetic algorithm-based consensus protein design method to generate highly functional enzymes

开发基于遗传算法的共识蛋白质设计方法来生成高功能酶

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
矢野真実子;宮武拓未;上野慶一;曽我俊博;高杉諭;高野和文;宮藤久士;田中俊一;Shogo Nakano
通讯作者：
Shogo Nakano

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作者：
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