新奇構造を有するRNAウイルス複製酵素の機能・普遍性の解明

阐明具有新颖结构的RNA病毒复制酶的功能和通用性

基本信息

批准号：
21J10873
负责人：
千葉悠斗
金额：
$ 0.96万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-28 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究の目的は分割型RdRpの機能と普遍性を明らかにし、その実態について迫ることである。本年度は主に分割型RdRpの普遍性の解明に取り組んだ。前年度までに分割型RdRpの分割様式には多様性があることを明らかにしたが、依然として既知の分割型RdRpは糸状菌に感染するNarnaviridae科ウイルスに限られている。そこで、①分割型RdRpを持つウイルスが糸状菌以外の生物にも存在しているのか、②Narnaviridae科ウイルス以外のウイルス科にも分割型RdRpが存在しているのか、この２点の解明を目指した。①の可能性を探るために、原生生物培養株のRNA-seqデータであるMMETSPから分割型RdRpを探索した。探索は、既知の分割型RdRpをもつ糸状菌由来のNarnaviridae科ウイルス配列をqueryに、MMETSP由来のcontigをデータベースにblastp解析することで行った。その結果、珪藻由来の単一のシーケンスライブラリーから分割型RdRpの前半と後半の両方が検出され、分割型RdRpを持つウイルスが糸状菌以外にも存在することが示唆された。公共のシーケンスデータからの解析に加え、独自にFLDS法（RNA-seqなどの従来ほうよりも効率よく分割を構成する2分節の両方を検出可能）で原生生物培養株から取得したシーケンスデータを解析した。結果として、分割型RdRpをもつウイルスは検出されなかった。しかし、この過程でHaloplacidia spから新規のNarnaviridae科ウイルスを検出し、BigyraにもNarmaviridae科ウイルスが存在することを初めて示唆した。②の可能性を探るために、FLDS法（分割を構成する2分節の両方を検出可能）で取得したデータの解析とFLDS法由来のデータの大規模化に備えたメソッドの確立に取り組んだ。これに関しては、データ解析とメソッド確立ともに現在進めている最中である。

这项研究的目的是阐明分裂的RDRP的功能和普遍性，并仔细研究其实际状态。今年，我们主要致力于阐明RDRP分裂的普遍性。尽管我们在上一年揭示了分裂RDRP的分区模式，但已知的分裂RDRP仍限于感染丝状真菌的Narnaviridae病毒。因此，我们旨在阐明两个点：1）除丝状真菌以外的生物体中是否存在分裂RDRP的病毒，以及2）2）除Narnaviridae家族以外的病毒ries中是否存在分裂RDRP。为了探索①的可能性，我们搜索了MMETSP的分裂RDRP，这是原生培养菌株的RNA-Seq数据。通过BLASTP分析对Narnaviridae家族病毒序列进行搜索，从丝状真菌将已知的RDRP分为疑问，并将MMETSP的重叠群从数据库中进行。结果检测到脱离硅藻的单个序列库中分裂RDRP的第一和后半部分，这表明除丝状真菌外，还具有分裂RDRP的病毒。除了分析公共测序数据的结果外，我们还使用FLDS方法分析了从原生培养物获得的序列数据（该序列数据（允许检测两个片段，这些片段都比传统的序列（例如RNA-seq。）更有效地构成了分裂的效率，例如RNA-seq。），因此没有检测到分裂RDRP的病毒。然而，在此过程中，在唱片中检测到了一种新型的鼻虫病毒，这首次表明在Bigyra中也存在Narnaviridae病毒。为了探索②的可能性，我们努力分析使用FLDS方法获得的数据（可以检测到构成分区的两个段），并建立了一种方法来准备从FLDS方法得出的大规模扩展数据。关于这一点，目前正在进行数据分析和方法建立。