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QuPath: Open source software for digital pathology image analysis.

基本信息

DOI:
10.1038/s41598-017-17204-5
发表时间:
2017-12-04
影响因子:
4.6
通讯作者:
Hamilton PW
中科院分区:
综合性期刊3区
文献类型:
Journal Article
作者: Bankhead P;Loughrey MB;Fernández JA;Dombrowski Y;McArt DG;Dunne PD;McQuaid S;Gray RT;Murray LJ;Coleman HG;James JA;Salto-Tellez M;Hamilton PW研究方向: -- MeSH主题词: --
关键词: --
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文献摘要

QuPath is new bioimage analysis software designed to meet the growing need for a user-friendly, extensible, open-source solution for digital pathology and whole slide image analysis. In addition to offering a comprehensive panel of tumor identification and high-throughput biomarker evaluation tools, QuPath provides researchers with powerful batch-processing and scripting functionality, and an extensible platform with which to develop and share new algorithms to analyze complex tissue images. Furthermore, QuPath’s flexible design makes it suitable for a wide range of additional image analysis applications across biomedical research.
QuPath是一款新型生物图像分析软件,旨在满足对数字病理学和全切片图像分析的用户友好、可扩展的开源解决方案日益增长的需求。除了提供一整套肿瘤识别和高通量生物标志物评估工具外,QuPath还为研究人员提供强大的批量处理和脚本功能,以及一个可扩展的平台,用于开发和共享分析复杂组织图像的新算法。此外,QuPath灵活的设计使其适用于生物医学研究中广泛的其他图像分析应用。
参考文献(0)
被引文献(0)
An International Ki67 Reproducibility Study
DOI:
10.1093/jnci/djt306
发表时间:
2013-12-01
期刊:
JNCI-JOURNAL OF THE NATIONAL CANCER INSTITUTE
影响因子:
10.3
作者:
Polley, Mei-Yin C.;Leung, Samuel C. Y.;Nielsen, Torsten O.
通讯作者:
Nielsen, Torsten O.
Metadata matters: access to image data in the real world.
DOI:
10.1083/jcb.201004104
发表时间:
2010-05-31
期刊:
The Journal of cell biology
影响因子:
0
作者:
Linkert M;Rueden CT;Allan C;Burel JM;Moore W;Patterson A;Loranger B;Moore J;Neves C;Macdonald D;Tarkowska A;Sticco C;Hill E;Rossner M;Eliceiri KW;Swedlow JR
通讯作者:
Swedlow JR
Digital pathology and image analysis in tissue biomarker research
DOI:
10.1016/j.ymeth.2014.06.015
发表时间:
2014-11-01
期刊:
METHODS
影响因子:
4.8
作者:
Hamilton, Peter W.;Bankhead, Peter;Salto-Tellez, Manuel
通讯作者:
Salto-Tellez, Manuel
Icy: an open bioimage informatics platform for extended reproducible research
DOI:
10.1038/nmeth.2075
发表时间:
2012-07-01
期刊:
NATURE METHODS
影响因子:
48
作者:
de Chaumont, Fabrice;Dallongeville, Stephane;Olivo-Marin, Jean-Christophe
通讯作者:
Olivo-Marin, Jean-Christophe
Analyzing huge pathology images with open source software
DOI:
10.1186/1746-1596-8-92
发表时间:
2013-06-06
期刊:
DIAGNOSTIC PATHOLOGY
影响因子:
2.6
作者:
Deroulers, Christophe;Ameisen, David;Lartaud, Marc
通讯作者:
Lartaud, Marc

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Hamilton PW
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