利用降维算法分析非绝热动力学

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    21873112
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    66.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    B0301.化学理论与方法
  • 结题年份:
    2022
  • 批准年份:
    2018
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2019-01-01 至2022-12-31

项目摘要

On-the-fly trajectory surface hopping dynamics is widely used to describe the nonadiabatic dynamics of polyatomic molecules. The analysis of its simulation results is not fully trivial, particular for complex systems. The project wishes to develop the novel analysis protocol to understand the nonadiabatic dynamics simulation results in the basis of various computational approaches in machine learning and big data analysis. This novel analysis approach employs the unsupervised machine learning dimensionality reduction approach to identify the major reactive coordinates responsible for nonadiabatic dynamics through “automatic learning” of simulation results without any pre-knowledge of reaction pathways. We also try to construct the proper description framework and analysis approach to understand the coupled electronic-nuclear motions. At the end the trajectory evolution is investigated by the analysis of trajectory similarity in the so-called “trajectory space”. We wish these efforts provide various perspectives on nonadiabatic dynamics. This project will give great impacts on not only photophysics and photochemistry, but also theoretical development of nonadiabatic dynamics methods.
基于轨线面跳跃的直接动力学被广泛用于模拟多原子分子的非绝热过程。分析其模拟结果并不简单,特别是对于复杂体系而言。本项目希望利用机器学习和数据挖掘领域的各种算法,发展分析方法用于理解面跳跃直接动力学的模拟结果。希望该方法通过对模拟结果进行分析,在不预知反应路径的前提下,通过无监督机器学习的降维理论,自动寻找动力学过程的主导运动模式;进一步通过建立合适的描述和分析方式来深入理解电子—核耦合的运动;最后通过在“轨迹空间”分析轨迹演化的异同,理解轨线演化的基本行为。希望通过这些努力,实现从多个角度来理解复杂体系非绝热动力学的目的。该方法的发展,不仅仅对光物理和光化学的发展具有重要的推动作用,也对非绝热动力学理论方法的发展具有积极的意义。

结项摘要

本课题主要聚焦于将各类机器学习算法用于非绝热动力学模拟,发展更为高效、快速和自动化的模拟方法,加深我们对复杂体系非绝热动力学过程的认识。.首先,借鉴了无监督机器学习算法,包括各类聚类和降维的算法,将其用于分析非绝热动力学模拟产生的海量轨迹数据,从中鉴别出重要的光化学反应通道和对应的反应坐标,实现了非绝热动力学模拟数据的自动化分析,为我们深刻认识复杂体系非绝热过程的主导机制具有重要的意义。.其次,基于长短时记忆的回馈式神经网络方法,发展了高效模拟开放体系量子耗散动力学的方法。首先对复杂体系的动力学利用全量子动力学方法,如MCTDH和张量网络等方法进行短时模拟,然后基于短时动力学的关联信息,利用基于长短时记忆的回馈式神经网络,构建能正确描述该关联信息的时间序列模型,然后利用该模型去预测后序长时的动力学。进一步,将该方法扩展到基于映射哈密顿的准经典动力学,利用少数已知的短时轨迹信息构建回馈式神经网络,然后直接从初始条件出发,成功预测整个轨迹中所有自由度的演化,该方法为实现利用机器学习去高效开展复杂体系动力学模拟奠定了基础。.再次,利用监督学习和深度神经网络算法,基于原子能量分解的方法,实现了高维势能面的构建,同时为构建高维势能面的过程提出了各种有效算法,包括自适应学习、置信区间判断等方法等。在此基础上,构建了有机污染物的三重态势能面,并基于准经典动力学模拟了有机污染物的光解过程。.本课题共发表论文21篇,培养6名研究生。.本课题的实施,大大扩展了将各类机器学习算法用于非绝热动力学模拟的使用范围,为将这些方法在未来用于更为复杂的实际问题提供了研究思路。

项目成果

期刊论文数量(21)
专著数量(1)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
The impact of different geometrical restrictions on the nonadiabatic photoisomerization of biliverdin chromophores
不同几何限制对胆绿素发色团非绝热光异构化的影响
  • DOI:
    10.1039/d2cp02941c
  • 发表时间:
    2022-10-11
  • 期刊:
    PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Fang,Yuan;Huang,Haiyi;Lan,Zhenggang
  • 通讯作者:
    Lan,Zhenggang
Significant impact of deprotonated status on the photoisomerization dynamics of bacteriophytochrome chromophore
去质子化状态对细菌光敏色素发色团光异构化动力学的显着影响
  • DOI:
    10.1016/j.cclet.2022.107850
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    Chinese Chemical Letters
  • 影响因子:
    9.1
  • 作者:
    Haiyi Huang;Chao Xu;Kunni Lin;Jiawei Peng;Feng Long Gu;Zhenggang Lan
  • 通讯作者:
    Zhenggang Lan
Spectral Fingerprint of Excited-State Energy Transfer in Dendrimers through Polarization-Sensitive Transient-Absorption Pump-Probe Signals: On-the-Fly Nonadiabatic Dynamics Simulations
通过偏振敏感瞬态吸收泵浦探针信号获得树枝状聚合物中激发态能量转移的光谱指纹:动态非绝热动力学模拟
  • DOI:
    10.1021/acs.jpclett.1c02640
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Journal of Physical Chemistry Letters
  • 影响因子:
    5.7
  • 作者:
    Deping Hu;Jiawei Peng;Lipeng Chen;Maxim F. Gelin;Zhenggang Lan
  • 通讯作者:
    Zhenggang Lan
Simulation of Open Quantum Dynamics with Bootstrap-Based Long Short-Term Memory Recurrent Neural Network
使用基于 Bootstrap 的长短期记忆递归神经网络模拟开放量子动力学
  • DOI:
    10.1021/acs.jpclett.1c02672
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Journal of Physical Chemistry Letters
  • 影响因子:
    5.7
  • 作者:
    Kunni Lin;Jiawei Peng;Feng Long Gu;Zhenggang Lan
  • 通讯作者:
    Zhenggang Lan
Theoretical Studies on Triplet-state Driven Dissociation of Formaldehyde by Quasi-classical Molecular Dynamics Simulation on Machine-learning Potential Energy Surface
机器学习势能面准经典分子动力学模拟甲醛三重态驱动解离的理论研究
  • DOI:
    10.1063/5.0067176
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Journal of Chemical Physics
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Shichen Lin;Daoling Peng;Weitao Yang;FengLong Gu;Zhenggang Lan
  • 通讯作者:
    Zhenggang Lan

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其他文献

利用基于直接动力学的轨线面跳跃方法处理非绝热过程
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
    Acta Physico - Chimica Sinica
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    彭佳伟;谢宇;胡德平;杜利凯;兰峥岗
  • 通讯作者:
    兰峥岗
化学动力学中的非绝热过程及其理论研究
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2015
  • 期刊:
    中国科学B-化学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    黄静;杜立凯;郑杰;兰峥岗
  • 通讯作者:
    兰峥岗
多原子体系非绝热动力学的近似理论方法
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    Progress in Chemistry
  • 影响因子:
    1.3
  • 作者:
    兰峥岗;邵久书
  • 通讯作者:
    邵久书

其他文献

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复杂体系光化学反应网络的自动化构建
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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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