模拟肽的生物信息处理与分析新方法研究

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    61071177
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    36.0万
  • 负责人：
    黄健
  • 依托单位：
    电子科技大学
  • 学科分类：
    F0124.生物电子学与生物信息处理
  • 结题年份：
    2013
  • 批准年份：
    2010
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2011-01-01 至2013-12-31

项目摘要

模拟肽是能模拟蛋白质相互作用位点的多肽。处理与分析其中所含生物信息，可预测蛋白质相互作用位点与相互作用网络，已广泛用于疾病诊断、预防与治疗相关的基础与应用研究中。目前，通过多种表面展示实验已能高通量获得模拟肽序列；但相应专业数据库建设严重滞后，相关生物信息处理与分析方法存在严重噪声纳入与信息丢失，预测性能不尽人意。针对上述问题，本项目将在前期工作基础上，建设迄今最为完备的模拟肽数据库（MimoDB），挖掘、汇总噪声序列特征，建立基于模式识别与数据库搜索比对的噪声扫描过滤程序，开发基于氨基酸组成比对的模拟肽分析新算法并将其实现为网络程序。我们还将利用MimoDB数据并以上市药物美妥昔单抗为对象，对新方法的性能进行系统评估与实验验证。这些工作最终将形成一套以降噪保息为核心思想、性能优越可靠的模拟肽生物信息处理与分析新方法，成为相关科研工作的重要数据来源与新工具，具有重要的科学意义与应用价值。

结项摘要

模拟肽是能模拟蛋白质相互作用位点的多肽，可通过噬菌体展示实验（生物淘选）较为方便地获得。处理与分析噬菌体展示实验中的模拟肽数据，可预测蛋白质相互作用位点与相互作用网络，已广泛用于疾病诊断、预防与治疗相关的基础与应用研究中。本项目的研究目标是：建立从数据收集、噪声滤除到信号解析的噬菌体展示生物信息学平台并将其应用到生物医学研究中。..经过几年的努力，本项目取得的主要成果有：（1）成功构建了迄今为止最为完备的噬菌体展示多肽数据库（MimoDB）；（2）建立了一套基于模式识别与数据库搜索比对的噪声多肽预测、扫描、过滤程序（SAROTUP）；（3）升级了模拟肽解析程序（MIMOX）；（4）我们的数据资源及分析软件被我们自己及国内数十所大学与研究机构广泛运用，获得了较高的评价。..基于这些工作，我们在Nucleic Acid Research等国际期刊发表SCI 收录论文8 篇，单篇最高影响因子到达8.026，参加国际会议4 次（特邀报告及分组报告各2次）、国内会议2次（特邀报告及分组报告各1次），培养博士后1人、博士生1人、硕士研究生6人。无论是科学研究，还是人才培养，各项指标均超额完成。

项目成果

期刊论文数量（9）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Bioinformatics resources and tools for phage display.
用于噬菌体展示的生物信息学资源和工具
  • DOI：
    10.3390/molecules16010694
  • 发表时间：
    2011-01-18
  • 期刊：
    Molecules (Basel, Switzerland)
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Huang J;Ru B;Dai P
  • 通讯作者：
    Dai P
MimoDB: a new repository for mimotope data derived from phage display technology.
MimoDB：源自噬菌体展示技术的模拟表位数据的新存储库
  • DOI：
    10.3390/molecules15118279
  • 发表时间：
    2010-11-15
  • 期刊：
    Molecules (Basel, Switzerland)
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Ru B;Huang J;Dai P;Li S;Xia Z;Ding H;Lin H;Guo F;Wang X
  • 通讯作者：
    Wang X
利用生物信息学手段改进免疫学课堂教学的实践
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
    中国免疫学杂志
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    黄健;王先龙;游自立
  • 通讯作者：
    游自立
Epitope mapping of metuximab on CD147 using phage display and molecular docking.
使用噬菌体展示和分子对接对 CD147 上美妥昔单抗进行表位作图
  • DOI：
    10.1155/2013/983829
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    Computational and mathematical methods in medicine
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    He B;Mao C;Ru B;Han H;Zhou P;Huang J
  • 通讯作者：
    Huang J
Structural characterization of a recombinant fusion protein by instrumental analysis and molecular modeling.
通过仪器分析和分子建模对重组融合蛋白进行结构表征
  • DOI：
    10.1371/journal.pone.0057642
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    PloS one
  • 影响因子：
    3.7
  • 作者：
    Wu Z;Zhou P;Li X;Wang H;Luo D;Qiao H;Ke X;Huang J
  • 通讯作者：
    Huang J

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其他文献

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  • 通讯作者：
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AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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