基因组重组比较算法与复杂性研究

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    60573024
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    25.0万
  • 负责人：
    朱大铭
  • 依托单位：
    山东大学
  • 学科分类：
    F0201.计算机科学的基础理论
  • 结题年份：
    2008
  • 批准年份：
    2005
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2006-01-01 至2008-12-31

项目摘要

研究基因组重组排序类问题的算法与复杂性。证明无向基因组Translocation排序的计算复杂性和近似计算复杂性，设计该问题1.75近似度多项式时间近似算法。设计无向基因组Reversal+Translocation排序1.5近似度多项式时间近似算法。证明Transposition排序的计算复杂性，设计该问题改进多项式时间近似算法。设计有向基因组Reversal+Transposition排序的多项式时间精确算法，设计无向基因组Reversal +Transposition排序1.5近似度多项式时间近似算法。重组排序计算结果直接用于度量两种生命的特征差异，推导两者的演化关系。研究生命的演化关系和演化规律，在农业生产、疾病防治、医药设计中具有显著应用价值。快速有效的生命信息比较计算方法已经成为分子生物学和医学研究与实践中探索生命演化规律的重要工具。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（8）
专著数量（1）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（4）
专利数量（0）
一般设施定位问题计算复杂度和近似算法研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    计算机研究与发展, 44(5):790-798, 2007. (EI收录)
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
  • 通讯作者：
Faster Algorithms for Sorting by Transpositions and Sorting by Block Interchanges
更快的转置排序和块交换排序算法
  • DOI：
    10.1145/1273340.1273341
  • 发表时间：
    2007-08-01
  • 期刊：
    ACM TRANSACTIONS ON ALGORITHMS
  • 影响因子：
    1.3
  • 作者：
    Feng, Jianxing;Zhu, Daming
  • 通讯作者：
    Zhu, Daming
A 1.75-approximation algorithm for unsigned translocation distance
无符号易位距离的 1.75 近似算法
  • DOI：
    10.1016/j.jcss.2007.03.009
  • 发表时间：
    2005-12
  • 期刊：
    J. Comput. Syst. Sci.
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
  • 通讯作者：
A polynomial algorithm to compute the minimum degree spanning trees of directed acyclic graphs with application to the broadcast problem
计算有向无环图最小度生成树的多项式算法及其在广播问题中的应用
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
  • 通讯作者：
有向无环图最小度生成树问题的一种近似算法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    计算机研究与发展，已录用，带发表。
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
  • 通讯作者：

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其他文献

基因组移位排序的多项式时间算法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    计算机学报
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    尹晓;朱大铭
  • 通讯作者：
    朱大铭
PQ-树断点距离中心问题的复杂性和精确算法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2016
  • 期刊：
    计算机研究与发展
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    刘培霞;姜海涛;朱大铭
  • 通讯作者：
    朱大铭
Predicting Model and Algorithm in RNA Folding Structure Including Pseudoknots
包括假结在内的 RNA 折叠结构的预测模型和算法
  • DOI：
    10.1142/s0218001418510059
  • 发表时间：
    2018-06
  • 期刊：
    International Journal of Pattern Recognition and Artificial Intelligence
  • 影响因子：
    1.5
  • 作者：
    刘振栋;朱大铭;戴琼海
  • 通讯作者：
    戴琼海
短块移动排序的14/11近似算法
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
    中国科学:信息科学
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    姜海涛;朱大铭
  • 通讯作者：
    朱大铭
基于深度卷积神经网络的无序蛋白质功能模体的识别
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2018
  • 期刊：
    济南大学学报（自然科学版）
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    方春;田爱奎;孙福振;李彩虹;朱大铭
  • 通讯作者：
    朱大铭

其他文献

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基因组结构相似性分析算法
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    面上项目
基因组重组进化树问题的算法及复杂性
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    60073042
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  • 资助金额：
    14.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目

相似国自然基金

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  • 批准号：
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  • 项目类别：
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相似海外基金

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  • 项目类别：
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AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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