从头算QTMF/MM非绝热动力学模拟和氮杂核酸碱基光化学反应机理研究

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    21903068
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    26.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    B0301.化学理论与方法
  • 结题年份:
    2022
  • 批准年份:
    2019
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2020-01-01 至2022-12-31

项目摘要

Nonadiabatic processes among potential energy surfaces of different electronic states play an important role in many areas of physics, chemistry, biology, and material. However, there are a lot of limitations for the currently used nonadiabatic dynamics methods. On the basis of the quantum-trajectory mean field (QTMF) method proposed by us for nonadiabatic dynamics simulation, the spin-orbit coupling interaction will be added into the effective Hamiltonian of the QTMF equation, which can be used to treat intersystem crossing process. Meanwhile, the combined QTMF and molecular mechanics (MM) scheme will be developed for dealing with the environmental effect. Finally the generalized QTMF/MM method is established for simulation of nonadiabatic processes. Together with high-accuracy electronic structure calculation, the developed QTMF/MM method will be used to explore photophysical processes and photochemical reactions of aza analogues of nucleic acid bases. More attentions will be paid for the hydrogen bond effect, the role of the ribose or deoxyribose group, the influence of solvent and DNA or RNA surroundings on the photochemical reaction mechanism, which is helpful for understanding the photochemistry properties of aza analogues of nucleic acid bases and designing chemotherapeutic agents with an excellent performance.
非绝热过程在物理、化学、生物和材料等领域中无处不在,且至关重要,但目前处理该过程的混合量子-经典的非绝热动力学方法都存在不足之处。在前期工作的基础上,本项目将拓展量子轨迹平均场(QTMF)方法,将旋轨耦合效应添加到体系的哈密顿算符中,使之可以描述非绝热的系间窜跃过程;同时将其与分子力学(MM)结合,以便处理复杂的环境效应;最终,建立广义的从头算QTMF/MM非绝热动力学方法并程序实现。在此基础上,应用QTMF/MM非绝热动力学模拟,结合高精度的电子结构计算,研究氮杂核酸碱基及其类似物的光化学反应机理,重点探讨氢键作用、核糖或脱氧核糖作用、溶剂效应以及DNA或RNA环境对其光物理过程和光化学反应的影响。本项目的成功实施不仅可以让我们更好地理解氮杂核酸碱基及其类似物的光化学反应机理,而且可以为设计疗效显著的光动力学治疗药物提供理论依据。

结项摘要

近期我们发展了一种基于量子测量思想且可以自洽处理原子核与电子关系的量子轨迹平均场(QTMF)方法,但是该方法只能用于模拟气相小分子的内转换过程。本项目中,我们将该方法拓展到了QM/MM级别(即QTMF/MM方法)且可以同时处理内转换和系间窜越过程(即QTSH方法)。前者可以处理基质隔离、溶液或蛋白等复杂环境中的光化学体系,后者可以处理包含重元素或者具有显著旋轨耦合效应的光化学体系。之后,我们利用QTMF/MM方法研究了乙腈溶液中噻吩酮体系的光诱导开环及后续的重排反应(ChemPhotoChem, 2019, 3, 897),基本重现了时间分辨光谱的结果。之后,我们又利用可以同时处理内转换和系间窜越过程的QTSH方法再次研究噻吩酮体系光诱导的开环及后续重排过程(Phys. Chem. Chem. Phys. 2021, 23, 9867),发现旋轨耦合效应对包含硫的噻吩酮体系显得尤为重要。此外,我们还研究了非天然的碲取代核酸碱基的激发态弛豫过程,发现碲取代核酸碱基具有非常短的三重态寿命,可能不是一种非常理想的光动力学治疗药物(J. Phys. Chem. A 2021, 125, 8816; Phys. Chem. Chem. Phys., 2021, 23, 12421)。基于以上研究,我们证实了QTMF/MM方法和QTSH方法是一种可靠且高效的非绝热动力学模拟方法。

项目成果

期刊论文数量(15)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
A theoretical insight into excited-state decay and proton transfer of p-nitrophenylphenol in the gas phase and methanol solution
对硝基苯基苯酚在气相和甲醇溶液中的激发态衰变和质子转移的理论见解
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    Physical Chemistry Chemical Physics
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Tang Xiu-Fang;Jia Pei-Ke;Zhao Yanying;Xue Jiadan;Cui Ganglong;Xie Bin-Bin
  • 通讯作者:
    Xie Bin-Bin
Excited-state double proton transfer of 1,8-dihydroxy-2-naphthaldehyde: a MS-CASPT2//CASSCF study
1,8-二羟基-2-萘醛的激发态双质子转移:MS-CASPT2//CASSCF 研究
  • DOI:
    10.1063/1674-0068/cjcp2109163
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    Chinese Journal of Chemical Physics
  • 影响因子:
    1
  • 作者:
    Xie Bin-Bin;Wang Kexin;Jia Peike;Liu Xiangyang;Cui Ganglong
  • 通讯作者:
    Cui Ganglong
Mechanistic photophysics and photochemistry of unnatural bases and sunscreen molecules: insights from electronic structure calculations
非自然碱和防晒分子的机械光物理学和光化学:电子结构计算的见解
  • DOI:
    doi:10.1039/d1cp03994f
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Physical Chemistry Chemical Physics
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Xie Bin-Bin;Tang Xiu-Fang;Liu Xiang-Yang;Chang Xue-Ping;Cui Ganglong
  • 通讯作者:
    Cui Ganglong
An insight into the reaction kinetics of CH3 + O2(a(1) delta(g)) and its enhancement effect on methane ignition
深入了解CH3 O2(a(1) delta(g))的反应动力学及其对甲烷点火的增强作用
  • DOI:
    10.1016/j.proci.2020.07.121
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Proceedings of the Combustion Institute
  • 影响因子:
    3.4
  • 作者:
    Zhang Feng;Huang Can;Wu Xiaoqing;Xie Bin-Bin;Shen Lin
  • 通讯作者:
    Shen Lin
Nonadiabatic dynamics simulation of photoinduced ring-opening reaction of 2(5H)-thiophenone with internal conversion and intersystem crossing
内转化和系间窜越的2(5H)-噻吩酮光致开环反应的非绝热动力学模拟
  • DOI:
    10.1039/d1cp00281c
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Physical Chemistry Chemical Physics
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Xie Bin-Bin;Liu Bo-Long;Tang Xiu-Fang;Tang Di;ong;Shen Lin;Fang Wei-Hai
  • 通讯作者:
    Fang Wei-Hai

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差序氛围感知与沉默行为的关系:情感承诺的中介作用与个体传统性的调节作用
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    心理学报
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    朱瑜;谢斌斌
  • 通讯作者:
    谢斌斌
差序氛围感知与沉默行为的关系:情感承诺的中介作用与个体传统性的调节作用
  • DOI:
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  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    心理学报
  • 影响因子:
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  • 作者:
    朱瑜;谢斌斌
  • 通讯作者:
    谢斌斌

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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