半翅目关键类群线粒体基因组及高级阶元的系统发育研究

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基本信息

  • 批准号:
    31372229
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    84.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0402.动物系统与分类
  • 结题年份:
    2017
  • 批准年份:
    2013
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2014-01-01 至2017-12-31

项目摘要

Hemiptera (s. l.) is the largest order in the incomplete metamorphism insects and the fifth largest in Insecta. Mostly they are agricultural and medical pests, such as aphids, scales, whiteflies, psyllids, planthoppers, leafhoppers, mirids, bed bugs, triatomine bugs and so on. Others are beneficial bugs, such as lac insects, Melaphis spp., most assassin bugs, damsel bugs, anthocorids and so on. These insects play an important role in agriculture and our daily life. The higher phylogeny of this order was reconstructed mainly based on morphological characters or few molecular markers and there are no uniform opinion on the phylogeny and evolution of this order during past century. Although some works have been published on the mitochondrial genomes of the Hemiptera, but leaves the corresponding data blank on some families. We try to sequence the mitochondrial genomes of representatives of key groups, Coccoidea, Cicadoidea, Membracioidea, Enicocephalomorpha, and Dipsocoromorpha, analyze the gene rearrangements, secondary structures of RNA, codon usage, structure of control region and nucleotide composition in the mitochondrial genomes known, explore the trends and mechanism of gene structural evolution, reconstruct the higher phylogeny and classification of Hemiptera.
广义半翅目是昆虫纲不完全变态类昆虫的最大目及昆虫纲中第五大目,包括蚜虫、介壳虫、粉虱、木虱、飞虱、叶蝉、盲蝽、臭虫、锥猎蝽等农林与卫生害虫及紫胶虫、五倍子蚜、大部分猎蝽、姬蝽、花蝽等益虫,在农业生产和人类日常生活中起着重要作用。其形态多样,习性复杂。近百年来,该类群高级阶元的系统发育及进化主要是基于比较形态学或是少量基因片段的分子系统学方法推断的,对该类群高级阶元的分类至今仍存在不同的观点。近年来,虽然有些关于该类群线粒体基因组的研究,但不少科级阶元的相关研究仍属空白。申请者拟测定半翅目部分关键类群(蚧总科、蝉总科、角蝉总科、奇蝽次目、鞭蝽次目及鞘喙亚目)代表种的线粒体基因组序列,通过生物信息学的方法分析半翅目昆虫线粒体基因组的基因重排、RNA二级结构、密码子使用、控制区的结构以及核苷酸组成偏好性等,探讨其基因组结构进化的趋势与机制,构建系统进化树,分析该类群昆虫高级阶元系统发育关系。

结项摘要

半翅目Hemiptera 是昆虫纲不完全变态类昆虫中最大的类群,占后生动物物种多样性的约7%,包括许多重要的农林与卫生害虫及天敌和资源昆虫,在农业生产和人类日常生活中起着重要作用。半翅目昆虫在形态和习性等方面具有丰富的多样性,是研究昆虫宏观进化的理想类群,而重建该类群系统发育关系和起源演化历史是解决该领域诸多问题的关键。本项目完成半翅目4亚目30科63种昆虫线粒体基因组的测定,并通过对线粒体基因的核苷酸组成、密码子使用、基因的进化速率及基因重排等方面的比较分析,发现半翅目不同类群间线粒体基因组碱基组成和进化速率存在高度的异质性,其中胸喙亚目最高,鞘喙亚目以及蜡蝉子亚目均显著高于异翅亚目,并在异翅亚目多个类群都发现了线粒体基因的重排以及一些重要的进化机制。基于线粒体基因组数据和贝叶斯混合异质性模型,我们重建了半翅目高级阶元的系统发育关系,肯定了头喙亚目的单系性、胸喙亚目和其他亚目以及鞘喙亚目与异翅亚目的姊妹群关系,异翅亚目次目间的关系也得到较好的解析。祖先特征性状重建和进化分歧时间估算的结果表明,异翅亚目的繁盛与被子植物演化有一定的协同进化关系,但其在生境和食性分化的高度多样性,更应归功于早期演化过程中关键性进化新特征的获得。

项目成果

期刊论文数量(15)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Duplication and Remolding of tRNA Genes in the Mitochondrial Genome of Reduvius tenebrosus (Hemiptera: Reduviidae).
Reduvius tenebrosus(半翅目:Reduviidae)线粒体基因组中 tRNA 基因的复制和重塑
  • DOI:
    10.3390/ijms17060951
  • 发表时间:
    2016-06-16
  • 期刊:
    International journal of molecular sciences
  • 影响因子:
    5.6
  • 作者:
    Jiang P;Li H;Song F;Cai Y;Wang J;Liu J;Cai W
  • 通讯作者:
    Cai W
Capturing the Phylogeny of Holometabola with Mitochondrial Genome Data and Bayesian Site-Heterogeneous Mixture Models.
利用线粒体基因组数据和贝叶斯位点异质混合模型捕获全代谢的系统发育
  • DOI:
    10.1093/gbe/evw086
  • 发表时间:
    2016-05-22
  • 期刊:
    Genome biology and evolution
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Song F;Li H;Jiang P;Zhou X;Liu J;Sun C;Vogler AP;Cai W
  • 通讯作者:
    Cai W
Phylogenetic relationships of Hemiptera inferred from mitochondrial and nuclear genes
从线粒体和核基因推断半翅目的系统发育关系
  • DOI:
    10.3109/19401736.2015.1089538
  • 发表时间:
    2016-11
  • 期刊:
    Mitochondrial DNA Part A
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Song Nan;Hu Li;Wanzhi Cai;Fengming Yan;Jianyun Wang;Fan Song
  • 通讯作者:
    Fan Song
Higher-level phylogeny of paraneopteran insects inferred from mitochondrial genome sequences.
从线粒体基因组序列推断出副翅目昆虫的高级系统发育
  • DOI:
    10.1038/srep08527
  • 发表时间:
    2015-02-23
  • 期刊:
    Scientific reports
  • 影响因子:
    4.6
  • 作者:
    Li H;Shao R;Song N;Song F;Jiang P;Li Z;Cai W
  • 通讯作者:
    Cai W
Novel insights into mitochondrial gene rearrangement in thrips (Insecta: Thysanoptera) from the grass thrips, Anaphothrips obscurus.
对草蓟马(Anaphothrips obscurus)蓟马(昆虫纲:缨翅目)线粒体基因重排的新见解
  • DOI:
    10.1038/s41598-017-04617-5
  • 发表时间:
    2017-06-27
  • 期刊:
    Scientific reports
  • 影响因子:
    4.6
  • 作者:
    Liu H;Li H;Song F;Gu W;Feng J;Cai W;Shao R
  • 通讯作者:
    Shao R

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  • 通讯作者:
    2. Department of Entomology, China Agricultural Un
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  • 发表时间:
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  • 期刊:
    应用昆虫学报
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  • 作者:
    李继莲;吴杰;彩万志;彭文君;LI Ji-Lian1 WU Jie 1 CAI Wan-Zhi 2 PENG Wen-Jun 1(;2.Department of Entomology,China Agricultural Univ
  • 通讯作者:
    2.Department of Entomology,China Agricultural Univ
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  • 期刊:
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  • 影响因子:
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  • 作者:
    彩万志
  • 通讯作者:
    彩万志

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AI项目解读示例

课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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