小波分析在定量蛋白质组学中的几个应用

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    10971189
  • 项目类别：
    面上项目
  • 资助金额：
    25.0万
  • 负责人：
    莫群
  • 依托单位：
    浙江大学
  • 学科分类：
    A0205.调和分析与逼近论
  • 结题年份：
    2012
  • 批准年份：
    2009
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2010-01-01 至2012-12-31

项目摘要

定量蛋白质组学可以动态、整体地研究肿瘤等复杂、多因素的重大疾病。它被认为是本世纪六大前沿课题之一。小波基具有良好的时－频局部性。用它对海量质谱数据做像信号去噪之类的处理非常有效。本项目研究小波分析在定量蛋白质组学的三个应用：1.用小波分析改善液质联用(LC-MS)和液相色谱－串联质谱联用(LC-MS-MS)的数据分析。2.将小波滤波方法引入蛋白质组学中的ASAPRatio程序，来取得更精确的结果。3.开发流水线软件系列，用蛋白质组学数据库来研究蛋白异形体和蛋白翻译后修饰(PTMs)。本项目的难点和关键问题有：1. 提高质谱数据定量分析软件的精确性。2.利用质谱数据寻找由可变剪切形成的新的蛋白异形体。3.利用质谱数据寻找蛋白质翻译后修饰(PTMs)。本项目的成功实施，将产生更精确以及更有效地利用高通量质谱数据的算法和软件。对有效地利用差异蛋白质组学找出肿瘤标记物和药物靶点产生积极影响。

结项摘要

本项目组在基金委资助下，对小波分析在定量蛋白质组学下的应用进行研究。本项目组完成了预期的目标，取得了很好的成果。在理论方面，本项目组主要的研究内容是小波框架的构造以及指数衰减的小波面具的分析。本项目组共发表12篇SCI期刊论文（均有基金标注），共有10次引用。其中有4篇发表在本专业的国际顶级期刊上。这4篇论文的影响因子均大于3，本人均为第一作者。另外还有一篇本项目组成员参与完成的化学方面的论文，其中用到了小波分析，影响因子为13.198。在应用方面，本项目组的成员还参与完成1项相关软件和专利。该软件应用以小波分析为核心的小波域图像去噪算法，对液质联用的多肽滴定数据实现更精确的质谱分析。本项目组积极宣传所做成果。在国际会议上累计被邀请做了11人次的学术报告，其中本人和李松教授分别两次被邀请出国做学术报告。在人才培养方面，本项目组成员中有两个博士后在基金资助期间顺利出站；三名博士在基金资助期间顺利毕业；一名硕士在资助期间顺利毕业。目前本项目组已建立一定的学术声誉。比如说，包括本人在内，本项目组中多人频频收到相关国际期刊的审稿邀请。其中包括《IEEE Transactions on Information Theory》，《Applied and Computational Harmonic Analysis》这样的本专业的国际顶级期刊。

项目成果

期刊论文数量（12）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
A Remark on the Restricted Isometry Property in Orthogonal Matching Pursuit
正交匹配追踪中受限等距性质的评述
  • DOI：
    10.1109/tit.2012.2185923
  • 发表时间：
    2012-01
  • 期刊：
    IEEE Transactions on Information Theory
  • 影响因子：
    2.5
  • 作者：
    Mo, Qun;Shen, Yi
  • 通讯作者：
    Shen, Yi
Inkjet Printing Assisted Synthesis of Multicomponent Mesoporous Metal Oxides for Ultrafast Catalyst Exploration
喷墨打印辅助合成多组分介孔金属氧化物用于超快催化剂探索
  • DOI：
    10.1021/nl302992q
  • 发表时间：
    2012-11-01
  • 期刊：
    NANO LETTERS
  • 影响因子：
    10.8
  • 作者：
    Liu, Xiaonao;Shen, Yi;Stucky, Galen D.
  • 通讯作者：
    Stucky, Galen D.
Convergence Rates of Cascade Algorithms with Infinitely Supported Masks
具有无限支持掩模的级联算法的收敛率
  • DOI：
    10.4153/cmb-2011-081-6
  • 发表时间：
    2012-06
  • 期刊：
    Canadian Mathematical Bulletin
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Yang, Jianbin;Li, Song
  • 通讯作者：
    Li, Song
WaveletQuant, an improved quantification software based on wavelet signal threshold de-noising for labeled quantitative proteomic analysis
WaveletQuant，一种基于小波信号阈值去噪的改进定量软件，用于标记定量蛋白质组分析
  • DOI：
    10.1186/1471-2105-11-219
  • 发表时间：
    2010-04-29
  • 期刊：
    BMC BIOINFORMATICS
  • 影响因子：
    3
  • 作者：
    Mo, Fan;Mo, Qun;Lin, Biaoyang
  • 通讯作者：
    Lin, Biaoyang
Small Support Spline Riesz Wavelets in Low Dimensions
低维小支撑样条Riesz小波
  • DOI：
    10.1007/s00041-010-9147-0
  • 发表时间：
    2011-08
  • 期刊：
    Journal of Fourier Analysis and Applications
  • 影响因子：
    1.2
  • 作者：
    Han, Bin;Mo, Qun;Shen, Zuowei
  • 通讯作者：
    Shen, Zuowei

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  • 作者：
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  • 通讯作者：
    郭玉松
代谢综合征、血脂水平和脂联素基因多态性与主动脉瓣膜钙化启动的相关性研究
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    临床和实验医学杂志
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  • 作者：
    肖雪莲;莫群;郭以河;范伟伟
  • 通讯作者：
    范伟伟

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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