面向重大应用领域的高效能计算优化理论与技术

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    61033009
  • 项目类别:
    重点项目
  • 资助金额:
    240.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    F0204.计算机系统结构与硬件技术
  • 结题年份:
    2014
  • 批准年份:
    2010
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2011-01-01 至2014-12-31

项目摘要

高性能计算已深入我国若干重大应用领域,发挥重要作用,实际应用日趋复杂。在此需求牵引下,计算机快速发展,处理器核数逼近十万,峰值性能达到千万亿次,体系结构日趋复杂。受限于此双重复杂性,计算机实用效能和峰值性能的差距日趋明显,制约高性能计算的发展。本项目面向武器物理、激光聚变和全球气候变化,依托数百万亿次计算机,立足数值模拟应用软件,研究提升计算机实用效能的优化理论和技术,并进行典型示范。主要研究内容包括:适应于复杂应用和计算机复杂体系结构的面向对象数据结构和与之相适应的并行计算模型;提升数据结构和模型可用性的使能技术:非规则数据通信算法和动态负载平衡方法;适应数千至数万核的高效数值并行算法;浮点性能优化方法;屏蔽并行计算细节的新型并行编程模型;七个以上应用软件的典型示范。项目成果将为大幅提升应用软件计算效率并缩短其研制周期奠定坚实的理论基础,对促进我国重大应用领域的高效能计算具有重要意义。

结项摘要

项目面向核武器物理、惯性约束聚变、全球气候变化地球系统模式等领域的数值模拟应用,通过六层嵌套网格剖分数据结构和访存优化,数据通信—动态负载平衡—快速数值并行算法、分离并行计算的构件化编程模型及接口等方面的创新研究,突破了千万亿次 “性能墙”和“编程墙”的两大瓶颈,实现了100倍能力提升,成效显著。. 1、提出了适应于计算机六层体系结构“系统—结点—CPU—核—部件—向量化”的六层嵌套数据结构“网格层—网格区—网格域—网格片—网格点—数据片”,提出了适应于多物理耦合、相空间多群耦合、空间二层嵌套区域分解的“联邦—克隆—网格层—网格片”四层嵌套的数据通信并行算法、动态负载平衡方法和并行编程实现技术,支撑若干应用软件具备可扩展到数千至数万个处理器核的并行计算性能。. 2、提出了适应于数千上万处理器核的系列快速数值并行算法,包括并行结构网格自适应加密算法(SAMR)、并行代数多重网格算法(PAMG)等,将若干典型应用软件的计算能力提升了数百上千倍。. 3、凝练了18类并行计算模式,提出了构件化并行编程模型,可支持物理、力学、数学等应用领域专家无需了解高性能特征和并行实现细节,便可快速研发并行应用软件,显著缩短研发周期。. 4、针对稠密矩阵乘、稀疏矩阵向量乘、字符串序列比对等计算核心,提出了系列性能优化方法,其中,稠密矩阵乘的计算效率达到单Femi GPU峰值性能的80%,稀疏矩阵向量乘的浮点性能是Intel MKL数学库的3倍以上。. 5、完成了激光聚变辐射流体力学、辐射和中子输运、激光等离子体相互作用、流体界面不稳定性、三维分子动力学等领域七个典型应用软件在数千至数万个处理器核上的验证,3个软件数万核并行效率达到30%。. 项目组出版专著1部,发表论文52篇,其中,在IEEE Trans. on Parallel and Distributed Systems、Journal of Computational Physics等国际高水平期刊上发表SCI论文16篇。. 项目组莫则尧研究员获2014年国家科技进步奖特等奖1项(排名3),获中国科协“求是”杰出青年奖(实用工程奖)和“冯康”科学计算奖,获国家百千万人才工程、有“突出贡献中青年专家”荣誉称号,入选首批国家万人计划,同时获得中国工程物理研究院杰出专家学术荣誉称号。

项目成果

期刊论文数量(46)
专著数量(1)
科研奖励数量(6)
会议论文数量(11)
专利数量(0)
MinePhos: a literature mining system for protein phoshphorylation information extraction
MinePhos:蛋白质磷酸化信息提取的文献挖掘系统
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    IEEE Trans. on Comput. Biology & Bioinformatics
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Yun Xu;Da Teng;Yiming Lei
  • 通讯作者:
    Yiming Lei
A New Progressive Algorithm for a Multiple Longest Common Subsequences Problem and Its Efficient Parallelization
一种解决多重最长公共子序列问题的新渐进算法及其高效并行化
  • DOI:
    10.1109/tpds.2012.202
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
    IEEE Trans. Parallel Distrib. Syst.
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Jiaoyun Yang; Yun Xu; Guangzhong Sun; Yi Shang
  • 通讯作者:
    Yi Shang
FNphasing: A novel fast heuristic algorithm for haplotype phasing based on flow network model
FNphasing:一种基于流网络模型的单倍型定相的新型快速启发式算法
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
    IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Jiaoyun Yang;Yun Xu;Xiaohui Yao;Guoliang Chen
  • 通讯作者:
    Guoliang Chen
JASMIN框架中联邦并行计算及其在多物理耦合中的应用
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
    计算机工程与科学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    张爱清;莫则尧;曹小林;安恒斌;郭红
  • 通讯作者:
    郭红
Pivot Selection: Dimension Reduction for Distance-Based Indexing
枢轴选择:基于距离的索引的降维
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    Journal of Discrete Algorithms
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Rui Mao; Willard L. Miranker;Daniel P. Miranker
  • 通讯作者:
    Daniel P. Miranker

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其他文献

JFNK方法迭代过程与物理约束
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    计算物理
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    安恒斌;莫则尧
  • 通讯作者:
    莫则尧
超级计算机作业运行稳定性分析
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    计算机工程与科学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    武林平;曹小林;莫则尧;罗红兵;曹立强
  • 通讯作者:
    曹立强
HYPRE中多重网格解法器的并行可扩展性能分析
  • DOI:
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  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    软件学报
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    徐小文;莫则尧;曹小林
  • 通讯作者:
    曹小林
面向数千处理器的三维等离子体粒子模拟程序研制
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    自然科学进展
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    曹小林;张爱清;肖丽;朱少平;莫则尧;郑春阳
  • 通讯作者:
    郑春阳
二维三温辐射扩散方程组两层预条件子的自适应求解
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    计算物理
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    徐小文;舒适;冯春生;莫则尧
  • 通讯作者:
    莫则尧

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莫则尧的其他基金

十亿亿科学计算中共性算法的高效能实现研究
  • 批准号:
    91430218
  • 批准年份:
    2014
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高性能科学计算应用软件的可信构造方法及基础算法研究
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    90718029
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  • 资助金额:
    50.0 万元
  • 项目类别:
    重大研究计划
无结构网格上中子输运数值方法的可扩展并行计算
  • 批准号:
    60273030
  • 批准年份:
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  • 资助金额:
    22.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
四类数值方法可扩展并行计算中动态负载平衡方法研究
  • 批准号:
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  • 批准年份:
    1999
  • 资助金额:
    12.0 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目

相似国自然基金

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AI项目解读示例

课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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