蛋白质专一性极化力场在蛋白质药物相互作用研究中的应用

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    20803034
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    18.0万
  • 负责人：
    梅晔
  • 依托单位：
    华东师范大学
  • 学科分类：
    B0302.化学模拟与应用
  • 结题年份：
    2011
  • 批准年份：
    2008
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2009-01-01 至2011-12-31

项目摘要

蛋白质与药物的相互作用计算是合理化药物设计的基础。然而目前由于受到分子力场参数精度的限制，相互作用能的预测精度有待提高。张增辉教授课题组新近发展的蛋白质专一性力场方法（PPFF）将环境的极化效应引入固定点电荷力场参数，为每一种蛋白质提供处于天然构象时的原子电荷参数。该方法克服了目前广泛使用的分子力场方法的不足，从而提高了蛋白质等生物大分子体系理论计算的精度和效率。对部分蛋白质结构和性质的研究表明该力场方案优于传统的力场方法。本研究计划旨在将此蛋白质专一性力场方法推广到蛋白质与药物相互作用能的预测中。通过对具体体系的研究，验证该理论方法对蛋白质与药物结合研究的有效性，进一步发展此力场方法，并且为合理化药物设计提供新的依据。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（14）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
DOCKING OF RALTEGRAVIR TO HIV-1 INTEGRASE STRUCTURE ENSEMBLE
拉特拉韦与 HIV-1 整合酶结构整体的对接
  • DOI：
    10.1142/s0219633610006201
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of Theoretical & Computational Chemistry
  • 影响因子：
    2.4
  • 作者：
    梅晔
  • 通讯作者：
    梅晔
Structure and Dynamics of a Dizinc Metalloprotein--Effect of Charge Transfer and Polarization
双锌金属蛋白的结构和动力学--电荷转移和极化的影响
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of Physical Chemistry B
  • 影响因子：
    3.3
  • 作者：
    梅晔
  • 通讯作者：
    梅晔
Electrostatic Polarization Makes a Substantial Contribution to the Free Energy of Avidin-Biotin Binding
静电极化对亲和素-生物素结合的自由能做出了重大贡献
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of the American Chemical Society
  • 影响因子：
    15
  • 作者：
    梅晔
  • 通讯作者：
    梅晔
The electrostatic polarization is essential to differentiate the helical propensity in polyalanine mutants
静电极化对于区分聚丙氨酸突变体的螺旋倾向至关重要
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of Chemical Physics
  • 影响因子：
    4.4
  • 作者：
    梅晔
  • 通讯作者：
    梅晔
Replica exchange molecular dynamics simulation of structure variation from α/4β-fold to 3α-fold protein
复制品交换分子动力学模拟结构变化
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of Molecular Modeling
  • 影响因子：
    2.2
  • 作者：
    梅晔
  • 通讯作者：
    梅晔

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其他文献

大分子体系的量子化学分块方法(英文)
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  • 发表时间：
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  • 作者：
    梅晔;何晓;季长鸽;张大为;张增辉
  • 通讯作者：
    张增辉
Reproducing the low-temperature excitation energy transfer dynamics of Phycoerythrin 545 light-harvesting complex with a structure-based model Hamiltonian
使用基于结构的哈密顿量模型再现藻红蛋白 545 光捕获复合物的低温激发能量传递动力学
  • DOI：
    10.1063/1.5135999
  • 发表时间：
    2020
  • 期刊：
    Journal of Chemical Physics
  • 影响因子：
    4.4
  • 作者：
    童正青;槐喆;梅晔;莫燕
  • 通讯作者：
    莫燕
The intrinsic helical propensities of the helical fragments in prion protein under neutral and low pH conditions: A replica exchange molecular dynamics study
中性和低pH条件下朊病毒蛋白螺旋片段的内在螺旋倾向：复制品交换分子动力学研究
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
    Journal of Molecular Modeling
  • 影响因子：
    2.2
  • 作者：
    高雅;张增辉;张大为;梅晔
  • 通讯作者：
    梅晔
Accelerated Computation of Free Energy Profile at Ab Initio Quantum Mechanical/Molecular Mechanics Accuracy via a Semiempirical Reference Potential. 3. Gaussian Smoothing on Density-of-States
通过半经验参考势加速计算从头算量子力学/分子力学精度的自由能分布。
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2020
  • 期刊：
    Journal of Chemical Theory and Computation
  • 影响因子：
    5.5
  • 作者：
    胡文心;李鹏飞;王家宁;薛园菲;莫燕;郑骏;Xiaoliang Pan;Yihan Shao;梅晔
  • 通讯作者：
    梅晔
大分子体系的量子化学分块方法(英文)
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Progress In Chemistry
  • 影响因子：
    1.3
  • 作者：
    梅晔;何晓;季长鸽;张大为;张增辉
  • 通讯作者：
    张增辉

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AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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