基因调控网络重建的最优化模型与算法研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    10801131
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    17.0万
  • 负责人：
    王勇
  • 依托单位：
    中国科学院数学与系统科学研究院
  • 学科分类：
    A0405.连续优化
  • 结题年份：
    2011
  • 批准年份：
    2008
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2009-01-01 至2011-12-31

项目摘要

细胞通过基因调控实现复杂的生命功能。利用微阵列基因表达数据构建基因调控网络是当前生物信息学和系统生物学的一个前沿研究热点。主要的挑战在于建立涉及成千上万变量的调控网络模型和克服生物实验产生的高噪声、相对缺乏的数据造成的病态多解现象。本研究计划中，我们将利用最优化方法来集成从不同尺度、角度、层面提供调控信息的异源生物数据，推断转录因子、基因、环境因素、化学小分子以及非编码RNA之间的调控作用，并识别那些在不同条件下产生响应的信号通路。在方法论研究中，我们将根据实际问题和数据结构的特点在最优化建模中强调凸性和正则化项，以保证复杂生物问题的简化以及求解算法的高效。本项目的研究不仅可以为生物学家提供可靠的方法论和实用高效的工具软件，而且可以推动最优化理论和算法与生物分子网络和数据集成的交叉研究，加快国内系统生物学这一新兴交叉学科的发展。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（14）
专著数量（0）
科研奖励数量（1）
会议论文数量（10）
专利数量（0）
Kernel-based data fusion improves the drug-protein interaction prediction
基于内核的数据融合改进了药物-蛋白质相互作用的预测
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Computational Biology and Chemistry
  • 影响因子：
    3.1
  • 作者：
    Wang; Yong-Cui;Deng; Nai-Yang;Wang; Yong;Zhang; Chun-Hua
  • 通讯作者：
    Chun-Hua
Identifying translation initiation sites in prokaryotes using support vector machine
使用支持向量机识别原核生物中的翻译起始位点
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of Theoretical Biology
  • 影响因子：
    2
  • 作者：
    Jing; Ling;Gao; Tingting;Wang; Yong;Yang; Zhixia
  • 通讯作者：
    Zhixia
Support vector machine prediction of enzyme function with conjoint triad feature and hierarchical context
具有联合三元组特征和层次上下文的酶功能的支持向量机预测
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    BMC Systems Biology
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    Nai-Yang Deng;Yongcui Wang;Yong Wang;Zhixia Yang
  • 通讯作者：
    Zhixia Yang
Predicting eukaryotic transcriptional cooperativity by Bayesian network integration of genome-wide data
通过全基因组数据的贝叶斯网络整合预测真核转录协同性
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Nucleic Acids Research
  • 影响因子：
    14.9
  • 作者：
    Wang; Yong;Xia; Yu;Zhang; Xiang-Sun
  • 通讯作者：
    Xiang-Sun
Improving accuracy of protein-protein interaction prediction by considering the converse problem for sequence representation
通过考虑序列表示的逆问题来提高蛋白质-蛋白质相互作用预测的准确性
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    BMC Bioinformatics
  • 影响因子：
    3
  • 作者：
    Wang; Yong-Cui;Zhang; Xiang-Sun;Wang; Yong;Ren; Xianwen;Deng; Nai-Yang
  • 通讯作者：
    Nai-Yang

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其他文献

希土類モリブデン酸塩系ガラスの結晶化における自己微粉化現象の解明
稀土钼酸盐玻璃结晶自粉碎现象的阐明
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2014
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    王勇;本間　剛;小松高行
  • 通讯作者：
    小松高行
希土類モリブデン酸塩系ガラスの結晶化における自己微粉化現象
稀土钼酸盐玻璃结晶过程中的自粉碎现象
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2013
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    王勇;本間　剛;小松高行
  • 通讯作者：
    小松高行
软件开发阶段成本分布研究 The Effort Distribution of Software Development Phases
  • DOI：
    10.12677/csa.2017.75052
  • 发表时间：
    2017-05-22
  • 期刊：
    Computer Science and Application
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    王勇;张敬
  • 通讯作者：
    张敬
東亜文化的伝承与揚棄 (中国文, 共著)
东亚文化的传承与遗弃（中文文本，合着）
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2011
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    王勇; 佐藤文子
  • 通讯作者：
    佐藤文子
ダイズ圃場からの収穫期前後におけるN2O発生源の特定と土着ダイズ根粒菌混合菌株利用によるN2O発生削減
大豆田收获前后 N2O 产生源的鉴定及利用本土大豆根瘤菌混合菌株减少 N2O 产生
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    2016
  • 期刊：
  • 影响因子：
    --
  • 作者：
    星野 裕子;秋山 博子;板倉学;下村有美;王勇;山本昭範;多胡 香奈子;中島 泰弘;南澤究;早津 雅仁
  • 通讯作者：
    早津 雅仁

其他文献

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王勇的其他基金

第八届中日流体力学的数学研讨会
  • 批准号：
    12281240016
  • 批准年份：
    2022
  • 资助金额：
    11 万元
  • 项目类别：
计算系统生物学
  • 批准号：
  • 批准年份：
    2020
  • 资助金额：
    280 万元
  • 项目类别：
    国家杰出青年科学基金
流体力学中的偏微分方程
  • 批准号：
  • 批准年份：
    2020
  • 资助金额：
    120 万元
  • 项目类别：
    优秀青年科学基金项目
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  • 批准号：
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Boltzmann方程大尺度解的整体适定性
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  • 批准年份：
    2017
  • 资助金额：
    48.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
集成染色质状态和表达数据的基因调控网络建模
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    61671444
  • 批准年份：
    2016
  • 资助金额：
    60.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目
可压缩Navier-Stokes方程和Boltzmann方程解的渐近行为
  • 批准号：
    11401565
  • 批准年份：
    2014
  • 资助金额：
    22.0 万元
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
诱导多能干细胞的生物信息学研究
  • 批准号：
    61171007
  • 批准年份：
    2011
  • 资助金额：
    63.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目

相似国自然基金

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  • 批准号：
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  • 批准年份：
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  • 资助金额：
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  • 项目类别：
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相似海外基金

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  • 批准号：
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  • 财政年份：
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  • 资助金额：
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  • 项目类别：
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作者：{{ showInfoDetail.author }}

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AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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