小分子对磷脂氢谷胱甘肽过氧化物酶的别构调控

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    21877003
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    63.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    B0706.药物化学生物学
  • 结题年份:
    2022
  • 批准年份:
    2018
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2019-01-01 至2022-12-31

项目摘要

Glutathione Peroxidase 4(GPX4) is an important selenoprotein with a variety of physiological functions. This project will carry out research on allosteric regulation of GPX4 by small molecules. .The proposed contents are as following: (1) Designing allosteric regulatory molecules. Virtual screening will be conducted against the predicted allosteric sites. Then, a variety of experimental techniques, such as biological activity assays, and the protein-small molecular interaction determination will be used to develop the GPX4 activators or inhibitors. (2) Molecular dynamics simulation and experimental methods will be used to investigate possible mechanism. (3) The structure-activity relationship of GPX4 activators and inhibitors. Optimize the structure of potential molecules and develop new compounds. (4) How GPX4 activators suppress ferroptosis will be performed in cell assays and animal model. How GPX4 inhibitors induce ferroptosis will be investigated. .The implementation of the subject is of great significance. On the one hand, it provides the molecular probes for further study on the biological function of GPX4; on the other hand, it helps to study the mechanism of ferroptosis and the treatment of ferroptosis-related diseases. Moreover, the general strategy used in this project will play an important role in the development of allosteric molecules for other protein targets.
磷脂氢谷胱甘肽过氧化物酶(GPX4)是有重要生理功能的硒蛋白。本课题将开展小分子别构调控GPX4的研究。.主要研究内容如下:(1)别构调控分子设计。基于预测的GPX4别构位点进行虚拟筛选,用生物活性测试、蛋白质与小分子结合测试等方法发现GPX4激活剂和抑制剂。(2)别构调控的作用机制研究。通过分子动力学模拟和实验方法探究GPX4的别构调控机理。(3)GPX4激活剂与抑制剂的构效关系。对有潜质的小分子进行结构优化,设计合成新化合物。(4)在细胞和动物水平上,考察GPX4激活剂对铁死亡的抑制,以及GPX4抑制剂对铁死亡的诱导。.本课题的实施,一方面为深入研究GPX4的生物功能提供小分子探针,另一方面对研究铁死亡的机理和治疗铁死亡相关的疾病起到帮助。所采用的设计策略将对其它蛋白质的别构分子设计提供重要参考。

结项摘要

磷脂氢谷胱甘肽过氧化物酶(GPX4)是人类硒蛋白质组中的25 个硒蛋白之一,在生命活动的诸多方面发挥重要的作用。GPX4 近年又被发现是新型细胞死亡方式——铁死亡的核心调控者,铁死亡的生物功能包括:抑制保持细胞存活;在特定癌细胞系中诱导,则以非凋亡方式摧毁癌细胞。设计小分子调控GPX4的活性,研究对铁死亡的影响,具有重要的科学意义和潜在的应用价值。.本课题围绕GPX4开展别构调控分子的发现与机理研究,并利用所发现的别构调控分子研究调控GPX4活性对铁死亡的影响。.我们应用计算模拟、有机合成、生化测试、物化测试等方法,取得的主要成果有:.1. 设计GPX4别构调控分子并研究结构活性关系。兼顾疏水相互作用、氢键相互作用、空间位阻等情况,采用多种策略,设计GPX4别构调控分子,合成系列新化合物并测试活性,分析结构活性关系,成功得到活性提高的GPX4激活剂,首次得到激活GPX4同时消除ROS的双功能分子。为深入GPX4激活剂的设计提供思路。.2. 探索GPX4与磷脂膜结合的机制。用分子动力学模拟发现影响GPX4与磷脂膜的结合重要残基,实验验证表明重要残基突变后影响GPX4与膜的结合,并削弱其抑制铁死亡的能力。这个结果为进一步研究GPX4直接还原膜上的脂质过氧化物进而抑制铁死亡奠定了基础。.3. 评价小分子激活剂通过上调GPX4的活性抑制铁死亡。在细胞水平和动物实验两个层面的实验表明:新发展的小分子GPX4激活剂浓度依赖地抑制铁死亡;GPX4激活剂促进大鼠脊髓损伤后的功能恢复。GPX4激活剂作为小分子探针,可用于深入研究铁死亡的机理和治疗铁死亡相关的疾病。.发表SCI论文5篇;获得中国发明专利授权1项;培养研究生5名,博士后1人。

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(1)
Integrative structural modeling of a multidomain polo-like kinase
多域 polo 样激酶的综合结构建模。
  • DOI:
    10.1039/d0cp05030j
  • 发表时间:
    2020-12-21
  • 期刊:
    PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Ruan, Hao;Kiselar, Janna;Lai, Luhua
  • 通讯作者:
    Lai, Luhua
基于蛋白质结构和动力学的别构分子理性设计研究——北京大学分子设计实验室近年研究进展
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    药学进展
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    刘培;王立铭;刘莹;来鲁华
  • 通讯作者:
    来鲁华
Discovery of Small Molecule Inhibitors Targeting the Sonic Hedgehog
发现针对 Sonic Hedgehog 的小分子抑制剂
  • DOI:
    10.3389/fchem.2020.00498
  • 发表时间:
    2020-06
  • 期刊:
    Frontiers in Chemistry
  • 影响因子:
    5.5
  • 作者:
    Yun Taikangxiang;Wang Juan;Yang Jun;Huang Wenjing;Lai Luhua;Tan Wenfu;Liu Ying
  • 通讯作者:
    Liu Ying
Computational strategy for intrinsically disordered protein ligand design leads to the discovery of p53 transactivation domain I binding compounds that activate the p53 pathway.
本质上无序的蛋白质配体设计的计算策略导致发现了激活 p53 通路的 p53 反式激活结构域 I 结合化合物
  • DOI:
    10.1039/d0sc04670a
  • 发表时间:
    2020-12-28
  • 期刊:
    Chemical science
  • 影响因子:
    8.4
  • 作者:
    Ruan H;Yu C;Niu X;Zhang W;Liu H;Chen L;Xiong R;Sun Q;Jin C;Liu Y;Lai L
  • 通讯作者:
    Lai L
Potent inhibitors of SARS-CoV-2 3C-like protease derived from N-substituted isatin compounds
源自 N-取代靛红化合物的 SARS-CoV-2 3C 样蛋白酶的有效抑制剂
  • DOI:
    10.1016/j.ejmech.2020.112702
  • 发表时间:
    2020-11-15
  • 期刊:
    EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY
  • 影响因子:
    6.7
  • 作者:
    Liu, Pei;Liu, Hongbo;Lai, Luhua
  • 通讯作者:
    Lai, Luhua

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其他文献

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  • 发表时间:
    2015
  • 期刊:
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  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    刘莹;黄茂松;江杰;马少坤
  • 通讯作者:
    马少坤

其他文献

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AI项目解读示例

课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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