亚洲人群嗅觉受体基因的遗传多样性和环境适应的群体基因组学研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31900418
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    25.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0607.基因组学
  • 结题年份:
    2022
  • 批准年份:
    2019
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2020-01-01 至2022-12-31

项目摘要

Olfaction is one of the representative human traits that have undergone adaptive evolution, and is closely related to the olfactory receptor (OR) genes. OR genes are widely distributed across human genome, and have been extensively investigated in molecular biological studies. However, genetic studies related to OR genes are rare. Linguistic and behavioral studies have reported the differences of olfaction in human populations with various subsistence modes, but the genetic mechanisms are still ambiguous. In this project, based on the next-generation sequencing technology, we plan to carry out a comprehensive characterization of the genetic diversity and local adaptation of OR genes in several Asian populations with various subsistence, including farmers, nomads and hunter-gatherers, and further explore the mechanisms of the adaptive evolution. This project, taking the OR genes as a cut-in point, may provide implications for understanding the genetic pattern and mechanisms of human micro-evolution, as well as provide genetic basis for disease studies.
嗅觉是人类演化过程中发生遗传适应的典型性状之一,与嗅觉受体(Olfactory receptor,简称OR)基因密切相关。人类基因组中OR基因数量多、分布广,具有广泛的分子生物学研究基础,而相关的遗传学研究较为匮乏。语言学和行为学研究报道了不同农业形态下人群嗅觉能力的差异,为探究其背后的遗传学机制,本项目选择亚洲不同环境和生活方式下的代表性人群,包括农耕人群、游牧人群和狩猎人群等,利用全基因组二代测序技术,对OR基因的遗传多样性和自然选择进行全面评估,阐明OR基因的演化机制。本项目从OR基因遗传多样性和遗传适应的角度来理解人类微观进化的规律和驱动机制,其本质上体现的生理优化过程也具有一定的医学价值。

结项摘要

亚洲人群经历了上万年的群体分化、迁徙和融合的复杂过程,形成了极为丰富的人群遗传多样性。近年来,针对亚洲人群的基因组研究大规模涌现,但人群的代表性和覆盖度严重不足,尤其对于亚洲原住民人群的遗传和演化问题缺乏深入探讨。本研究产生和收集了全球热带地区近1000例原住民人群的基因型数据,重点分析了来自南亚的安达曼群岛、东南亚的马来半岛和菲律宾群岛以及大洋洲的新几内亚岛的原住民全基因组测序数据,系统研究了人群的遗传关系、祖源构成、迁徙历史和适应性进化。本研究主要结果如下:1)发展了一种检测和量化近缘种基因交流的新方法ArchaicSeeker 2.0,并在此基础上重塑了史前欧亚大陆及大洋洲现代人与古人的基因交流模型;2)在不同亚洲热带原住民族群中检测到一个底层亚洲祖先成分,为亚洲最早现代人走出非洲后沿“南线”迁徙提供基因组直接证据;3)提出不同地区原住民人群的深肤色趋同演化的遗传模型——源于共同祖先的等位基因平行进化,以及来自独立古人基因渗入或突变事件的趋同进化;4)初步揭示了嗅觉受体基因的遗传多样性规律和适应性演化的驱动力——现代人祖先基因库,持续的负选择压力,以及近期发生的正选择。本研究为理解现代人类表型多样性产生和演化机制研究提供了参考模型和典型案例,不但有助于加深人们对人体复杂性状产生的基础的理解,其中发现的影响人类表型演化的关键基因和位点对人类医学健康研究有理论指导意义。

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Refining models of archaic–modern human admixture in Eurasia with ArchaicSeeker 2.0
使用 ArchaicSeeker 2.0 完善欧亚大陆古代与现代人类混合的模型
  • DOI:
    10.1016/j.coviro.2014.07.002
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    Nature Communications
  • 影响因子:
    16.6
  • 作者:
    Kai Yuan;Xumin Ni;Chang Liu;Yuwen Pan;Lian Deng;Rui Zhang;Yang Gao;Xueling Ge;Jiaojiao Liu;Xixian Ma;Haiyi Lou;Taoyang Wu;Shuhua Xu
  • 通讯作者:
    Shuhua Xu
De novo assembly of a Tibetan genome and identification of novel structural variants associated with high-altitude adaptation
西藏基因组的从头组装以及与高海拔适应相关的新型结构变异的鉴定
  • DOI:
    10.1111/dom.13119
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
    National Science Review
  • 影响因子:
    20.6
  • 作者:
    Ouzhuluobu;Yaoxi He;Haiyi Lou;Chaoying Cui;Lian Deng;Yang Gao;Wangshan Zheng;Yongbo Guo;Xiaoji Wang;Zhilin Ning;Jun Li;Bin Li;Caijuan Bai;Baimakangzhuo;Gonggalanzi;Dejiquzong;Bianba;Duojizhuoma;Shiming Liu;Tianyi Wu;Shuhua Xu;Xuebin Qi;Bing Su
  • 通讯作者:
    Bing Su
Genetic connections and convergent evolution of tropical indigenous peoples in Asia.
亚洲热带土著人民的遗传联系和趋同进化。
  • DOI:
    10.1103/physrevd.101.012003
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    Molecular Biology and Evolution
  • 影响因子:
    10.7
  • 作者:
    Lian Deng;Yuwen Pan;Yinan Wang;Hao Chen;Kai Yuan;Sihan Chen;Dongsheng Lu;Siti Shuhada Mokhtar;Thuhairah Abdul Rahman;Boon-Peng Hoh;Shuhua Xu
  • 通讯作者:
    Shuhua Xu
Shared signature of recent positive selection on the TSBP1–BTNL2–HLA-DRA genes in five native populations from North Borneo
北婆罗洲五个本地人群中 TSBP1 – BTNL2 – HLA-DRA 基因最近正选择的共同特征
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2020
  • 期刊:
    Genome Biology and Evolution
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Boon-Peng Hoh;Xiaoxi Zhang;Lian Deng;Kai Yuan;Chee-Wei Yew;Woei-Yuh Saw;Mohammad Zahirul Hoque;Farhang Aghakhanian;Maude E Phippis;Yik-Ying Teo;Vijay Kumar Subbiah;Shuhua Xu
  • 通讯作者:
    Shuhua Xu

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其他文献

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邓恋的其他基金

藏族人群性别差异性高原低氧适应的遗传机制
  • 批准号:
  • 批准年份:
    2022
  • 资助金额:
    54 万元
  • 项目类别:
    面上项目

相似国自然基金

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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