基于化学计量学方法的生物组学数据整合分析

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    21675114
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    65.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    B0310.化学信息学与人工智能
  • 结题年份:
    2020
  • 批准年份:
    2016
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2017-01-01 至2020-12-31

项目摘要

Recently the high-throughput biological experiment technology has made great progress. Genomics, epigenomics, proteomics and other biological big data have been rapid accumulated. It becomes a big challenge to researchers how to extract the valuable information efficiently from diversity big biological data. To address this challenge, the project will focus on two levels: first, at the molecular level of biological regulation mechanisms, efforts would be devoted to develop a computational framework for integrating various types of existing high-throughput biological data. Here mathematical statistics, chemometrics algorithms and computer-aided technology will be employed. And then, the regulation mechanism of gene, protein and other biological elements will be deeply investigated to deduce general knowledge and laws. Secondly, the biological systems, mainly for human diseases related biological progress, will be investigated on basis of the aforementioned integrated methods. The exploring human disease pathogenesis and related mechanisms could benefit the personalized medicine, new drug design and the public health and medicine.
高通量检测技术的迅速发展,促进了基因组学等的飞速发展,积累了转录组,表观基因组和蛋白组等海量生物大数据。如何合理高效地从这些生物大数据中,提取出有价值的信息,已经成为了研究工作者的一个挑战。针对这个挑战,本项目拟展开两个层次的研究:首先,着眼于微观的生物调控机制层次,充分基于现有的不同类型的高通量生物数据,结合化学计量学算法、数理统计学和其他计算机辅助技术,开发出可以合理整合分析多组学信息的计算模型框架;并对于基因,蛋白质等基本生物元件之间的调控机理,进行深入的挖掘,以期揭示基因调控的知识和规律。然后,着眼于宏观的生物体系,这里主要针对人类疾病体系,基于前一层次的研究方法和结果,探究人类疾病致病以及相关联的分子机制,对于疾病的微观机制的研究将对个性化医疗,新药的研发等公共医疗卫生领域提供重要的前期参考。

结项摘要

高通量检测技术的迅速发展,促进了基因组学等的飞速发展,积累了转录组,表观基因组和蛋白组等海量生物大数据。如何合理高效地从这些生物大数据中,提取出有价值的信息,已经成为了研究工作者的一个挑战。针对这个挑战,本项目拟展开两个层次的研究:首先,着眼于微观的生物调控机制层次,充分基于现有的不同类型的高通量生物数据,结合化学计量学算法、数理统计学和其他计算机辅助技术,开发出可以合理整合分析多组学信息的计算模型框架 ;并对于基因,蛋白质等基本生物元件之间的调控机理,进行深入的挖掘,以期揭示基因调控的知识和规律。然后,着眼于宏观的生物体系,这里主要针对人类疾病体系,基于前一层次的研究方法和结果,探究人类疾病致病以及相关联的分子机制,对于疾病的微观机制的研究将对个性化医疗,新药的研发等公共医疗卫生领域提供重要的前期参考。

项目成果

期刊论文数量(19)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
The landscape of miRNA-related ceRNA networks for marking different renal cell carcinoma subtypes
用于标记不同肾细胞癌亚型的 miRNA 相关 ceRNA 网络景观
  • DOI:
    10.1093/bib/bby101
  • 发表时间:
    2020-01-01
  • 期刊:
    BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
  • 影响因子:
    9.5
  • 作者:
    Qin,Liu;Liu,Yanhong;Guo,Yanzhi
  • 通讯作者:
    Guo,Yanzhi
Effective prediction of bacterial type IV secreted effectors by combined features of both C-termini and N-termini
通过C端和N端的组合特征有效预测IV型细菌分泌效应子
  • DOI:
    10.1007/s10822-017-0080-z
  • 发表时间:
    2017-11-01
  • 期刊:
    JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN
  • 影响因子:
    3.5
  • 作者:
    Wang, Yu;Guo, Yanzhi;Li, Menglong
  • 通讯作者:
    Li, Menglong
Deep convolutional neural networks for predicting leukemia-related transcription factor binding sites from DNA sequence data
用于从 DNA 序列数据预测白血病相关转录因子结合位点的深度卷积神经网络
  • DOI:
    10.1016/j.chemolab.2020.103976
  • 发表时间:
    2020-04-15
  • 期刊:
    CHEMOMETRICS AND INTELLIGENT LABORATORY SYSTEMS
  • 影响因子:
    3.9
  • 作者:
    He,Jian;Pu,Xuemei;Guo,Yanzhi
  • 通讯作者:
    Guo,Yanzhi
A structural dissection of protein-RNA interactions based on different RNA base areas of interfaces.
基于界面不同RNA碱基区域的蛋白质-RNA相互作用的结构剖析
  • DOI:
    10.1039/c8ra00598b
  • 发表时间:
    2018-03-13
  • 期刊:
    RSC ADVANCES
  • 影响因子:
    3.9
  • 作者:
    Hu, Wen;Qin, Liu;Li, Menglong;Pu, Xuemei;Guo, Yanzhi
  • 通讯作者:
    Guo, Yanzhi
Computational identifying and characterizing circular RNAs and their associated genes in hepatocellular carcinoma.
肝细胞癌中环状 RNA 及其相关基因的计算识别和表征
  • DOI:
    10.1371/journal.pone.0174436
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
    PloS one
  • 影响因子:
    3.7
  • 作者:
    Li Y;Dong Y;Huang Z;Kuang Q;Wu Y;Li Y;Li M
  • 通讯作者:
    Li M

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其他文献

基于复杂网络预测miRNA前体的随机森林模型构建
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  • 发表时间:
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  • 作者:
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  • 通讯作者:
    韩惠蕊

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基于2型糖尿病大数据多组学融合建模与智能化分析平台研究
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  • 项目类别:
    青年科学基金项目

相似国自然基金

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  • 批准号:
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  • 批准年份:
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相似海外基金

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  • 项目类别:
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AI项目解读示例

课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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