基于化学计量学方法的生物组学数据整合分析
项目介绍
AI项目解读
基本信息
- 批准号:21675114
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:65.0万
- 负责人:
- 依托单位:
- 学科分类:B0310.化学信息学与人工智能
- 结题年份:2020
- 批准年份:2016
- 项目状态:已结题
- 起止时间:2017-01-01 至2020-12-31
- 项目参与者:敬闰宇; 匡启帆; 董永成; 柳媛; 黄子妍; 李炎; 徐俊美; 甘伟; 王特;
- 关键词:
项目摘要
Recently the high-throughput biological experiment technology has made great progress. Genomics, epigenomics, proteomics and other biological big data have been rapid accumulated. It becomes a big challenge to researchers how to extract the valuable information efficiently from diversity big biological data. To address this challenge, the project will focus on two levels: first, at the molecular level of biological regulation mechanisms, efforts would be devoted to develop a computational framework for integrating various types of existing high-throughput biological data. Here mathematical statistics, chemometrics algorithms and computer-aided technology will be employed. And then, the regulation mechanism of gene, protein and other biological elements will be deeply investigated to deduce general knowledge and laws. Secondly, the biological systems, mainly for human diseases related biological progress, will be investigated on basis of the aforementioned integrated methods. The exploring human disease pathogenesis and related mechanisms could benefit the personalized medicine, new drug design and the public health and medicine.
高通量检测技术的迅速发展,促进了基因组学等的飞速发展,积累了转录组,表观基因组和蛋白组等海量生物大数据。如何合理高效地从这些生物大数据中,提取出有价值的信息,已经成为了研究工作者的一个挑战。针对这个挑战,本项目拟展开两个层次的研究:首先,着眼于微观的生物调控机制层次,充分基于现有的不同类型的高通量生物数据,结合化学计量学算法、数理统计学和其他计算机辅助技术,开发出可以合理整合分析多组学信息的计算模型框架;并对于基因,蛋白质等基本生物元件之间的调控机理,进行深入的挖掘,以期揭示基因调控的知识和规律。然后,着眼于宏观的生物体系,这里主要针对人类疾病体系,基于前一层次的研究方法和结果,探究人类疾病致病以及相关联的分子机制,对于疾病的微观机制的研究将对个性化医疗,新药的研发等公共医疗卫生领域提供重要的前期参考。
结项摘要
高通量检测技术的迅速发展,促进了基因组学等的飞速发展,积累了转录组,表观基因组和蛋白组等海量生物大数据。如何合理高效地从这些生物大数据中,提取出有价值的信息,已经成为了研究工作者的一个挑战。针对这个挑战,本项目拟展开两个层次的研究:首先,着眼于微观的生物调控机制层次,充分基于现有的不同类型的高通量生物数据,结合化学计量学算法、数理统计学和其他计算机辅助技术,开发出可以合理整合分析多组学信息的计算模型框架 ;并对于基因,蛋白质等基本生物元件之间的调控机理,进行深入的挖掘,以期揭示基因调控的知识和规律。然后,着眼于宏观的生物体系,这里主要针对人类疾病体系,基于前一层次的研究方法和结果,探究人类疾病致病以及相关联的分子机制,对于疾病的微观机制的研究将对个性化医疗,新药的研发等公共医疗卫生领域提供重要的前期参考。
项目成果
期刊论文数量(19)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
The landscape of miRNA-related ceRNA networks for marking different renal cell carcinoma subtypes
用于标记不同肾细胞癌亚型的 miRNA 相关 ceRNA 网络景观
- DOI:10.1093/bib/bby101
- 发表时间:2020-01-01
- 期刊:BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
- 影响因子:9.5
- 作者:Qin,Liu;Liu,Yanhong;Guo,Yanzhi
- 通讯作者:Guo,Yanzhi
Effective prediction of bacterial type IV secreted effectors by combined features of both C-termini and N-termini
通过C端和N端的组合特征有效预测IV型细菌分泌效应子
- DOI:10.1007/s10822-017-0080-z
- 发表时间:2017-11-01
- 期刊:JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN
- 影响因子:3.5
- 作者:Wang, Yu;Guo, Yanzhi;Li, Menglong
- 通讯作者:Li, Menglong
Deep convolutional neural networks for predicting leukemia-related transcription factor binding sites from DNA sequence data
用于从 DNA 序列数据预测白血病相关转录因子结合位点的深度卷积神经网络
- DOI:10.1016/j.chemolab.2020.103976
- 发表时间:2020-04-15
- 期刊:CHEMOMETRICS AND INTELLIGENT LABORATORY SYSTEMS
- 影响因子:3.9
- 作者:He,Jian;Pu,Xuemei;Guo,Yanzhi
- 通讯作者:Guo,Yanzhi
A structural dissection of protein-RNA interactions based on different RNA base areas of interfaces.
基于界面不同RNA碱基区域的蛋白质-RNA相互作用的结构剖析
- DOI:10.1039/c8ra00598b
- 发表时间:2018-03-13
- 期刊:RSC ADVANCES
- 影响因子:3.9
- 作者:Hu, Wen;Qin, Liu;Li, Menglong;Pu, Xuemei;Guo, Yanzhi
- 通讯作者:Guo, Yanzhi
Computational identifying and characterizing circular RNAs and their associated genes in hepatocellular carcinoma.
肝细胞癌中环状 RNA 及其相关基因的计算识别和表征
- DOI:10.1371/journal.pone.0174436
- 发表时间:2017
- 期刊:PloS one
- 影响因子:3.7
- 作者:Li Y;Dong Y;Huang Z;Kuang Q;Wu Y;Li Y;Li M
- 通讯作者:Li M
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其他文献
基于复杂网络预测miRNA前体的随机森林模型构建
- DOI:--
- 发表时间:--
- 期刊:Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems
- 影响因子:3.9
- 作者:李梦龙
- 通讯作者:李梦龙
东北地区典型石油污染场地的地下水土污染健康风险评价
- DOI:--
- 发表时间:2016
- 期刊:中国农村水利水电
- 影响因子:--
- 作者:李梦龙;董维红;鲍立新;寇程
- 通讯作者:寇程
难切削材料超声电火花复合加工中空变幅杆的设计
- DOI:--
- 发表时间:2021
- 期刊:工具技术
- 影响因子:--
- 作者:李梦龙;于大国;王峰;王健;周瑞峰
- 通讯作者:周瑞峰
基于遗传算法的G蛋白偶联受体(GPCR)家族的分类预测研究
- DOI:--
- 发表时间:--
- 期刊:化学研究与应用
- 影响因子:--
- 作者:王敏琦;张力耘;田雪;蒲雪梅;李梦龙;WANG Min-qi,ZHANG Li-yun,TIAN Xue,PU Xue-mei,LI Me
- 通讯作者:WANG Min-qi,ZHANG Li-yun,TIAN Xue,PU Xue-mei,LI Me
基于电子病历的实体识别和知识图谱构建的研究
- DOI:--
- 发表时间:2018
- 期刊:计算机应用研究
- 影响因子:--
- 作者:黄梦醒;李梦龙;韩惠蕊
- 通讯作者:韩惠蕊
其他文献
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