计算解剖学及其在人脑解剖定量分析中的应用

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    81501546
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    18.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    H2708.医学图像数据处理、分析与可视化
  • 结题年份:
    2018
  • 批准年份:
    2015
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2016-01-01 至2018-12-31

项目摘要

Quantitative analysis of the human brain’s anatomy and function is of great scientific and clinical importance. In this project, we propose a fundamentally novel framework for quantifying the brain anatomy, called “computational anatomy” or “CA”. In CA, the brain’s anatomy is modeled with smooth Riemannian manifolds so as to quantify the anatomical features both globally and locally. An optimal diffeomorphism, across anatomical systems, is used to transfer anatomical and functional information, to measure the inter-anatomy distance, and to quantify the coarse-to-fine morphological differences between two anatomies. These three elements, the Riemannian coordinates, the inter-anatomy distance metric, and the diffeomorphism together form the geodesic positioning system of brain anatomy. Through combination with statistical analysis methodologies, probability theory, and machine learning technologies, we see tremendous potential in CA. In this project, we will not only advance the algorithmic formulation of CA but also apply it to practical clinical applications. In doing so we aim to address the following clinical questions: 1) How does Alzheimer’s disease (AD) quantitatively affect the brain’s anatomy, both spatially and temporally; 2) What will be a possibly accurate MRI-based biomarker for the prediction of the neuro-degeneration in AD; 3) How can we statistically estimate the onset time of AD, the point at which the anatomy starts to degenerate but not the cognition; 4) What potential is there in effective non-pharmaceutical approaches for preventing or even halting AD. This project aims to bring groundbreaking developments to computer-assisted diagnosis and prognosis of AD. The methodologies developed in this project will also have a powerful applicability in the analysis of other brain disorders.
量化人脑的解剖和功能有着巨大的科学意义和临床必要性。在本项目中,我们创新性地提出“计算解剖学”来定量分析大脑解剖。在计算解剖学中,黎曼流形被用来模拟大脑解剖,从而量化其从整体到局部的各个特征。微分同胚映射被用来联接不同的解剖来实现大脑解剖及功能信息的传递、解析计算解剖之间的距离、以及量化解剖从整体到局部的相对形变。黎曼坐标系、解剖的距离度量、以及微分同胚变换构成了计算解剖学中的测地线定位系统。我们将结合统计分析、概率理论、以及机器学习的方法来实现对计算解剖学理论算法的进一步完善和实际的医学临床应用(包括:分析阿兹海默病对大脑解剖的时空影响机制,提取预测疾病状态的生物指标,统计估计阿兹海默病解剖异常起始时间,量化大脑解剖与认知功能之间的统计关联性,以及设计预防阿兹海默病的非药物性方案)。本项目对阿兹海默病的辅助诊断和预防将带来突破性的发展,所带来的成果对其他脑科疾病也将有着极大的应用潜力。

结项摘要

量化人脑的解剖和功能有着巨大的科学意义和临床必要性。在本项目中,我们创新性地提出“计算解剖学”来定量分析大脑解剖。在计算解剖学中,黎曼流形被用来模拟大脑解剖,从而量化其从整体到局部的各个特征。微分同胚映射被用来联接不同的解剖来实现大脑解剖及功能信息的传递、解析计算解剖之间的距离、以及量化解剖从整体到局部的相对形变。黎曼坐标系、解剖的距离度量、以及微分同胚变换构成了计算解剖学中的测地线定位系统。在该项目中,我们通过结合统计分析、概率理论、机器学习、以及最近迅猛发展的卷积神经网络等方法成功实现了对计算解剖学理论算法的进一步完善和大量实际的医学临床应用。由于该项目的支持,我们取得了以下成果:1)发明并验证了一种快速高度变形微分同胚度量映射算法,可以对磁共振脑图像实现高精度配准。2)发明并验证了一种高精度高效率,基于磁共振图像,针对大脑结构的全自动三维体积重建算法。3)发明并验证了一种高精度高效率针对大脑白质增强区域的自动分割算法。4)发明并验证了一种高精度高效率针对前列腺的自动分割算法。5)在高度变形微分同胚度量映射针对二维表面的框架下,发明并验证了一种高精度针对大脑皮层下结构以及侧脑室的二维表面重建算法。6)将计算解剖学成功应用于脑科学的多个不同研究方向,具体包括:对大脑结构由粗到细的异常量化分析,大脑解剖形态和大脑功能以及个体参数(如教育程度、每日运动量等)的关联性分析,大脑功能网络的分析,大脑形态网络的分析,以及疾病的自动诊断和预测。7)培养博士生3名(仍在读),硕士生10名(毕业4名,6名在读)。8)发表国际期刊论文19篇(15篇已经发表出版,4篇投稿在审),发表国际会议论文12篇(已发表8篇,被接收4篇)。总结来说,该项目取得的研究成果远远超过预期目标。

项目成果

期刊论文数量(15)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(9)
专利数量(1)
Education is associated with sub-regions of the hippocampus and the amygdala vulnerable to neuropathologies of Alzheimer's disease.
教育与海马体和杏仁核易受阿尔茨海默病神经病理影响的子区域有关
  • DOI:
    10.1007/s00429-016-1287-9
  • 发表时间:
    2017-04
  • 期刊:
    Brain structure & function
  • 影响因子:
    3.1
  • 作者:
    Tang X;Varma VR;Miller MI;Carlson MC
  • 通讯作者:
    Carlson MC
Hippocampal sub-regional shape and physical activity in older adults.
老年人海马亚区域形状和身体活动
  • DOI:
    10.1002/hipo.22586
  • 发表时间:
    2016-08
  • 期刊:
    Hippocampus
  • 影响因子:
    3.5
  • 作者:
    Varma VR;Tang X;Carlson MC
  • 通讯作者:
    Carlson MC
BIOMARKER CHANGE-POINT ESTIMATION WITH RIGHT CENSORING IN LONGITUDINAL STUDIES.
纵向研究中右删失的生物标志物变化点估计
  • DOI:
    10.1214/17-aoas1056
  • 发表时间:
    2017-09
  • 期刊:
    The annals of applied statistics
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Tang X;Miller MI;Younes L
  • 通讯作者:
    Younes L
A Fully-Automated Subcortical and Ventricular Shape Generation Pipeline Preserving Smoothness and Anatomical Topology.
全自动皮质下和心室形状生成管道,保持平滑度和解剖拓扑
  • DOI:
    10.3389/fnins.2018.00321
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    Frontiers in neuroscience
  • 影响因子:
    4.3
  • 作者:
    Tang X;Luo Y;Chen Z;Huang N;Johnson HJ;Paulsen JS;Miller MI
  • 通讯作者:
    Miller MI
Regional subcortical shape analysis in premanifest Huntington's disease.
亨廷顿病发作前的区域皮质下形状分析
  • DOI:
    10.1002/hbm.24456
  • 发表时间:
    2019-04-01
  • 期刊:
    Human brain mapping
  • 影响因子:
    4.8
  • 作者:
    Tang X;Ross CA;Johnson H;Paulsen JS;Younes L;Albin RL;Ratnanather JT;Miller MI
  • 通讯作者:
    Miller MI

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其他文献

簇头预测分布式层次路由协议
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    计算机科学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    唐晓颖;汪秉文;汤强
  • 通讯作者:
    汤强

其他文献

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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