基于新一代测序技术的高通量基因分型方法的开发与完善

结题报告

项目介绍

AI项目解读

基本信息

批准号：
31100962
项目类别：
青年科学基金项目
资助金额：
24.0万
负责人：
谢为博
依托单位：
华中农业大学
学科分类：
C0608.生物数据资源与分析方法
结题年份：
2014
批准年份：
2011
项目状态：
已结题
起止时间：
2012-01-01 至2014-12-31

项目参与者：
王建勇；夏静波；姚文；王佳；喻辉辉；龚亮；
关键词：
基因分型软件新一代测序技术分子标记方法

项目摘要

分子标记及基因分型技术是定位克隆基因及分子育种工作的基石，同时也是其主要的限制因素。近年发展起来的新一代DNA测序（Next-generation sequencing, NGS）技术使得测序通量大为提高，为快速获得高密度分子标记及高通量基因分型提供了技术基础。本项目前期工作开发了基于NGS的低成本、高通量基因分型方法，对重组自交系群体取得了很好的实际应用效果。然而，前期研究所开发的方法只能用于已具有基因组草图的物种，并且尚不适用于自然群体的基因分型。本项目拟进一步开展研究，（1）建立适用性更为广泛的基于NGS的基因分型的统计方法和标准流程；（2）开发易于使用的软件工具，为快速定位克隆基因及基因组选择育种提供新方法和新工具。

结项摘要

本项目开发了适用于自然群体的基因型补缺算法LD-KNN，并和其他方法进行了比较，发布了相应的软件包。完善了基于新一代DNA测序（NGS）技术的基因分型的统计方法和流程。该流程运用于处理1479个水稻品种低覆盖度NGS测序数据，将基因型缺失率从47.1%下降到了0.42%，获得了高质量的基因型数据，从而建立了水稻关联分析平台，发布了水稻基因组序列变异数据库RiceVarMap。本项目还建立了基于低覆盖度的多品种NGS测序数据拼接参考基因组不包含的序列（非比需序列）的分析方法，研究了水稻泛基因组的组成和变异，探索了如何使用非比需序列进行基因型分析，并进行了基于泛基因组的水稻关联分析研究。本项目的成果为基于NGS测序数据快速定位克隆基因提供了新方法和新思路。

项目成果

期刊论文数量（3）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism

全基因组关联分析为水稻代谢的自然变异提供了遗传和生化见解

DOI：
10.1038/ng.3007
发表时间：
2014-07-01
期刊：
NATURE GENETICS
影响因子：
30.8
作者：
Chen, Wei;Gao, Yanqiang;Luo, Jie
通讯作者：
Luo, Jie

RiceVarMap: a comprehensive database of rice genomic variations.

RiceVarMap：水稻基因组变异的综合数据库

DOI：
10.1093/nar/gku894
发表时间：
2015-01
期刊：
Nucleic acids research
影响因子：
14.9
作者：
Zhao H;Yao W;Ouyang Y;Yang W;Wang G;Lian X;Xing Y;Chen L;Xie W
通讯作者：
Xie W

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谢为博的其他基金

水稻基因组学与分子育种

批准号：
31922065
批准年份：
2019
资助金额：
130 万元
项目类别：
优秀青年科学基金项目

基于比较基因组和ATAC-seq注释水稻基因组染色质开放区及其序列变异

批准号：
31771755
批准年份：
2017
资助金额：
56.0 万元
项目类别：
面上项目

整合组学数据剖析水稻籽粒中代谢途径及其调控网络

批准号：
31571375
批准年份：
2015
资助金额：
74.0 万元
项目类别：
面上项目

相似国自然基金

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AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]

会员权益说明：

基于新一代测序技术的高通量基因分型方法的开发与完善

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