Integrated tools for higher order structure determination by cross-link analysis
通过交联分析确定高阶结构的集成工具
基本信息
- 批准号:9347159
- 负责人:
- 金额:$ 22.49万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2017
- 资助国家:美国
- 起止时间:2017-09-01 至 2019-02-28
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:AddressAdoptedAdoptionAffinityAlgorithmic SoftwareAlgorithmsAminationAminesAntibodiesAntigen-Antibody ComplexAntigensAreaBenchmarkingBiologicalBiological ProductsBiologyCCNE1 geneCarboxylic AcidsCell Membrane PermeabilityChemicalsChemistryComplexComputer softwareCrosslinkerCullin ProteinsDNA-Directed RNA PolymeraseDataData SetDeuteriumDevelopmentEpitopesEscherichia coliGlycopeptidesGoalsHealthHigher Order Chromatin StructureHistone H3HumanHydrogenIn VitroIndividualIndustrializationIndustryIonsLaboratoriesLengthLysineMapsMass Spectrum AnalysisMedical ResearchMethodsModificationPeptidesPharmaceutical PreparationsPhaseProtein-Protein Interaction MapProteinsProteomicsReagentResearchSalesSamplingSensitivity and SpecificitySmall Business Technology Transfer ResearchSolventsStandardizationStructureTechniquesTestingTimeTrainingVisualization softwareWaterblindcrosslinkdata acquisitiondrug developmentimprovedin vivoinstrumentationnovelprotein complexprotein protein interactionsearch enginetherapeutic proteinthree dimensional structuretooltranslational medicinevaccine development
项目摘要
Summary
The use of mass spectrometry (MS) for quantitative protein characterization has increased
dramatically; identifying and quantifying thousands of proteins is no longer a heroic task nor is
characterizing therapeutic proteins in detail. Due to widely available software, quantitative mass
spectrometry has become routine and widely used for addressing questions in basic biology,
translational medicine and drug development. MS Methods are now poised to have similar
impact on the study of protein-protein interaction and higher order structure (HOS)
determination.
In particular, crosslinking mass spectrometry, which obtains distance and accessibility
constraints from two-ended chemical modifications, is emerging as a powerful tool to map
protein-protein interaction interfaces. Recent years have seen large improvements in crosslink
mass spectrometry. Yet despite these advances, crosslink analysis is not yet a technique that
has found widespread use, due to a range of problems such as the low abundance of
crosslinked peptides, unavailability of proprietary reagents, the need for different search
algorithms adopted to specific cross-linkers, and the difficulty of reliably characterizing
crosslinked peptide spectra.
To alleviate these problems and democratize the use of crosslinking, we propose to develop
standardized and effective methods for crosslinking in conjunction with sensitive and accurate
search algorithms, incorporated into our well-established Byonic search engine. Our algorithms
will support almost all commercially available crosslinking chemistries and most major peptide
fragmentation methods (ETD, CAD/HCD, EthcD), as well as cleavable and non-cleavable
crosslinkers. The near universal applicability and ease-of-use of the software will promote rapid
adoption of crosslinking mass spectrometry in academic research and biopharmaceutical
development.
概括
质谱 (MS) 在蛋白质定量表征中的应用有所增加
戏剧性地;识别和量化数千种蛋白质不再是一项艰巨的任务,也不再是一项艰巨的任务。
详细表征治疗性蛋白质。由于软件广泛使用,定量质量
光谱测定法已成为常规并广泛用于解决基础生物学问题,
转化医学和药物开发。 MS 方法现在准备有类似的
对蛋白质-蛋白质相互作用和高阶结构(HOS)研究的影响
决心。
特别是交联质谱法,可获取距离和可达性
两端化学修饰的限制,正在成为绘制地图的强大工具
蛋白质-蛋白质相互作用界面。近年来,交联技术有了很大的进步
质谱分析。然而,尽管取得了这些进步,交联分析还不是一种能够
由于存在丰度低等一系列问题,该技术已得到广泛应用
交联肽、专有试剂不可用、需要不同的搜索
特定交联剂采用的算法,以及可靠表征的难度
交联肽谱。
为了缓解这些问题并使交联的使用民主化,我们建议开发
标准化、有效的交联方法以及灵敏、准确的交联方法
搜索算法,纳入我们完善的 Byonic 搜索引擎中。我们的算法
将支持几乎所有市售交联化学物质和大多数主要肽
片段化方法(ETD、CAD/HCD、EthcD),以及可裂解和不可裂解
交联剂。该软件近乎普遍的适用性和易用性将促进快速发展
交联质谱在学术研究和生物制药中的应用
发展。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
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专利数量(0)
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Beatrix Magdalena Ueberheide其他文献
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