Single-cell and imaging data integration software to spatially resolve the tumor microenvironment
用于空间解析肿瘤微环境的单细胞和成像数据集成软件
基本信息
- 批准号:10058504
- 负责人:
- 金额:$ 40.59万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2020
- 资助国家:美国
- 起止时间:2020-09-01 至 2023-08-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:AlgorithmsAntigensAtlasesAwardBioconductorCell Surface ProteinsCell physiologyCell surfaceCellsClinicalClinical InvestigatorClinical TrialsClonalityCollaborationsComplementComputer softwareComputing MethodologiesDataData AnalysesDatabasesDetectionEnsureFoundationsFutureGene Expression ProfileGenesHeterogeneityHumanImageImaging technologyImmuneImmunologistImmunotherapyIndividualInformaticsLesionMapsMeasurementMeasuresMethodsModalityMolecularPathway interactionsPatientsPatternPlayProteinsProteomicsPsychological TransferReproducibilityResistanceResolutionRoleSourceT-Cell ReceptorT-LymphocyteTechnologyTumor-infiltrating immune cellsVisualizationWorkcancer cellcell typecellular imagingcohortdata integrationdigital pathologyexhaustgenetic signaturehigh dimensionalityimmunogenicimmunotherapy clinical trialsinformatics toollarge scale datalearning strategylongitudinal analysismembermultimodalityprogrammed cell death protein 1responsesingle cell technologysingle-cell RNA sequencingsoftware developmentspatial integrationstatisticstranscriptomicstreatment responsetumortumor microenvironmenttumor progressionusability
项目摘要
Project Summary
The tumor microenvironment (TME) plays a critical role in cancer progression and therapeutic response. New
single cell and imaging technologies provide unprecedented measurements of cell type composition, subtypes
of common cell types in disparate states, interactions between neighboring cells, and T cell function. However,
each of these components of the TME are captured by disparate measurement technologies. Both new
computational methods and software for multi-platform data integration are essential to characterize the TME.
Therefore, we propose a unified R/Bioconductor package TMEMap for multi-platform single cell data
integration. Aim 1 will integrate single cell RNA-sequencing and single cell TCR-sequencing data to distinguish
T cell function in distinct T cell subtypes and states. Aim 2 will integrate combined single cell RNA-sequencing
and protein from CITE-seq with imaging proteomics for digital pathology to map cellular interactions in the
TME. Aim 3 will further the disseminate this software with through GenePattern Notebook. This workflow will
be developed in collaboration with clinical investigators to ensure usability and interpretability of the
visualization methods using clinical biospecimens from synergistic studies. Altogether, this software will
provide a strong foundation for future work embedding these methods in a database for multi-platform single
cell data to automatically perform comprehensive TME characterization in large scale NCI profiling efforts such
as the Human Tumor Atlas Network.
项目摘要
肿瘤微环境(TME)在癌症进展和治疗反应中起关键作用。新的
单细胞和成像技术提供了对细胞类型组成,亚型的前所未有的测量
在不同状态中的常见细胞类型,相邻细胞之间的相互作用和T细胞功能。然而,
TME的每个组件中的每一个都是通过不同的测量技术捕获的。两者都是新的
多平台数据集成的计算方法和软件对于表征TME至关重要。
因此,我们为多平台单细胞数据提出了一个统一的R/Bioconductor套件TMEMAP
一体化。 AIM 1将整合单细胞RNA - 测序和单细胞TCR序列数据以区分
T细胞功能在不同的T细胞亚型和状态中。 AIM 2将整合组合的单细胞RNA序列
以及来自Cite-seq的蛋白质与成像蛋白质组学用于数字病理学,以绘制细胞相互作用
TME。 AIM 3将通过GenePattern笔记本进一步传播该软件。这个工作流将
与临床研究人员合作开发,以确保可用性和解释性
使用来自协同研究的临床生物测量的可视化方法。总共,这个软件将
为将这些方法嵌入到多平台单一的数据库中的未来工作提供了坚实的基础
细胞数据以自动在大规模NCI分析工作中自动执行全面的TME表征
作为人类肿瘤网络。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
Elana Judith Fertig其他文献
Elana Judith Fertig的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('Elana Judith Fertig', 18)}}的其他基金
Multiscale Computational Oncology Research Core
多尺度计算肿瘤学研究核心
- 批准号:
10518940 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Interrogation of the Impact of Selection on the Evolution of Human Pancreatic Cancer Precursor Lesions
探究选择对人类胰腺癌前驱病变进化的影响
- 批准号:
10703414 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Interrogation of the Impact of Selection on the Evolution of Human Pancreatic Cancer Precursor Lesions
探究选择对人类胰腺癌前驱病变进化的影响
- 批准号:
10556018 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Multiscale Computational Oncology Research Core
多尺度计算肿瘤学研究核心
- 批准号:
10708204 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Single-cell and imaging data integration software to spatially resolve the tumor microenvironment
用于空间解析肿瘤微环境的单细胞和成像数据集成软件
- 批准号:
10457312 - 财政年份:2020
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Dynamical Models of Cetuximab Resistance in HNSCC Based on Serial Genomics Data
基于系列基因组数据的 HNSCC 西妥昔单抗耐药动态模型
- 批准号:
8754812 - 财政年份:2014
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Dynamical Models of Cetuximab Resistance in HNSCC Based on Serial Genomics Data
基于系列基因组数据的 HNSCC 西妥昔单抗耐药动态模型
- 批准号:
9325461 - 财政年份:2014
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Dynamical Models of Cetuximab Resistance in HNSCC Based on Serial Genomics Data
基于系列基因组数据的 HNSCC 西妥昔单抗耐药动态模型
- 批准号:
8928069 - 财政年份:2014
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
相似国自然基金
非洲猪瘟病毒B475L蛋白靶向LMP2抑制抗原递呈的分子机制
- 批准号:32302894
- 批准年份:2023
- 资助金额:30 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
基于HBV和肝癌相关抗原免疫优势T细胞表位的双靶人工抗原提呈细胞治疗HBV相关肝癌的研究
- 批准号:82303729
- 批准年份:2023
- 资助金额:30 万元
- 项目类别:青年科学基金项目
KIF17介导肿瘤细胞MHC-II胞膜定位促进乳腺癌抗原提呈及免疫应答的机制研究
- 批准号:82372781
- 批准年份:2023
- 资助金额:46 万元
- 项目类别:面上项目
微量肝癌组织肿瘤新抗原高效稳定深度覆盖鉴定技术研究
- 批准号:32371503
- 批准年份:2023
- 资助金额:50 万元
- 项目类别:面上项目
钩吻素子对胃癌MHC-I类抗原呈递激活免疫应答的调控及其机制研究
- 批准号:82373138
- 批准年份:2023
- 资助金额:49 万元
- 项目类别:面上项目
相似海外基金
A data-driven bioinformatics platform for the design and analysis of multiplexed antibody-based cytometry experiments in cancer research
数据驱动的生物信息学平台,用于设计和分析癌症研究中基于多重抗体的细胞计数实验
- 批准号:
10528837 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Single-cell and imaging data integration software to spatially resolve the tumor microenvironment
用于空间解析肿瘤微环境的单细胞和成像数据集成软件
- 批准号:
10457312 - 财政年份:2020
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Revealing muscle stem cell heterogeneity in mice and humans through deep single-cell analysis
通过深度单细胞分析揭示小鼠和人类肌肉干细胞异质性
- 批准号:
9925168 - 财政年份:2018
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Revealing muscle stem cell heterogeneity in mice and humans through deep single-cell analysis
通过深度单细胞分析揭示小鼠和人类肌肉干细胞异质性
- 批准号:
10431836 - 财政年份:2018
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别:
Tumor and Immune Programming of Tumor-AssociatedEndothelium
肿瘤和肿瘤相关内皮细胞的免疫编程
- 批准号:
10532149 - 财政年份:2018
- 资助金额:
$ 40.59万 - 项目类别: