RNA Structure Modeling Using Physics and Sequence Comparison

使用物理和序列比较进行 RNA 结构建模

基本信息

批准号：
10685332
负责人：
DAVID H. MATHEWS
金额：
$ 57.75万
依托单位：
UNIVERSITY OF ROCHESTER
依托单位国家：
美国
项目类别：
财政年份：
2022
资助国家：
美国
起止时间：
2022-09-01 至 2027-08-31
项目状态：
未结题

项目摘要

Abstract: RNA sequences have pervasive roles in biology and RNA molecules are also important pharmaceuticals. Many of these RNA molecules function by use of specific structures, and these structures are therefore conserved across evolution. With the availability of high throughput methods to identify RNA transcripts and probe structure, there is a need to model these structures to get the most information from available data. The goal of the Mathews lab is to develop algorithms and software to model RNA structures, including secondary and tertiary structures. We focus on using biophysical principles, and we are also at the forefront of incorporating additional information in our models, including experimental mapping data and structure conservation. Here, we will build on the foundation of prior work to develop new structure prediction methods. We provide our software freely to the community and we rigorously test our methods with close collaborations with experimentalists.

抽象的： RNA 序列在生物学中发挥着普遍作用，RNA 分子也很重要药品。许多这些 RNA 分子通过使用特定的结构发挥功能，并且这些因此，结构在进化过程中是保守的。具有高吞吐量的可用性识别RNA转录本和探针结构的方法，需要对这些结构进行建模从可用数据中获取最多信息。马修斯实验室的目标是开发用于模拟 RNA 结构（包括二级和三级结构）的算法和软件。我们专注于利用生物物理原理，并且我们也处于整合的最前沿我们模型中的附加信息，包括实验映射数据和结构保护。在这里，我们将在先前工作的基础上开发新的结构预测方法。我们向社区免费提供我们的软件，并严格测试我们的软件与实验学家密切合作的方法。

项目成果

期刊论文数量（6）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

RNA design via structure-aware multifrontier ensemble optimization.

通过结构感知多前沿集成优化进行 RNA 设计。

DOI：
发表时间：
2023-06-30
期刊：
影响因子：
0
作者：
Zhou, Tianshuo;Dai, Ning;Li, Sizhen;Ward, Ma;Mathews, David H;Huang, Liang
通讯作者：
Huang, Liang

Linear-Time Algorithms for RNA Structure Prediction.

RNA 结构预测的线性时间算法。

DOI：
发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
0
作者：
Zhang, He;Zhang, Liang;Liu, Kaibo;Li, Sizhen;Mathews, David H;Huang, Liang
通讯作者：
Huang, Liang

Algorithm for optimized mRNA design improves stability and immunogenicity.

优化 mRNA 设计的算法提高了稳定性和免疫原性。

DOI：
发表时间：
2023-09
期刊：
影响因子：
64.8
作者：
Zhang, He;Zhang, Liang;Lin, Ang;Xu, Congcong;Li, Ziyu;Liu, Kaibo;Liu, Boxiang;Ma, Xiaopin;Zhao, Fanfan;Jiang, Huiling;Chen, Chunxiu;Shen, Haifa;Li, Hangwen;Mathews, David H;Zhang, Yujian;Huang, Liang
通讯作者：
Huang, Liang

LazySampling and LinearSampling: fast stochastic sampling of RNA secondary structure with applications to SARS-CoV-2.

LazySampling 和 LinearSampling：RNA 二级结构的快速随机采样及其在 SARS-CoV-2 中的应用。