Single Molecule Genome Analysis of Oligodendroglioma

少突胶质细胞瘤的单分子基因组分析

基本信息

  • 批准号:
    7118998
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 44.84万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2005
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2005-09-02 至 2008-08-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

DESCRIPTION (provided by applicant): The proposed aims of this project center on constructing whole genome maps from 30 different oligodendroglioma tumor samples - a solid tumor that has confounded conventional genome analysis approaches to associate loss of heterozygosity (LOH) with a distinct set of gene(s). The research proposed reflects a multi-disciplinary collaborative effort to use a robust single molecule platform (Optical Mapping) to construct high-resolution restriction maps from a selected group of characterized tumors bearing a heterogeneous genome population. Chromosomal aberrations will be scored and classified on a whole genome basis in the absence of any hypothesis, outside of the established link between 1p/19q LOH and diagnostic purposes. Genomic aberrations in the tumor samples - deletions, insertions, translocations, tandem amplifications, and gross rearrangements - will be precisely located and characterized. Map coverage of 20-50x will ensure discernment of separate populations of chromosomal aberrations within each sample at 50 kb-500 kb genome intervals. New algorithms will be developed, based on Optical Mapping data, to identify breakpoints within a heterogeneous population of aberrant genomes based on the local alignment of single molecule barcodes, or Optical Maps, with the latest build of the human genome sequence. Aberrations will be statistically assessed to discern the percent of the tumor cell population bearing a given genomic lesion. To synergize this, a new generation of microfluidic device to incorporate cell lysis and DNA loading within the same disposable silicone fabrication will be perfected. These first-ever whole genome maps of oligodendroglioma tumor genomes and comprehensive determinations of aberrations will be entered into a customized Santa Cruz Genome Browser as additional annotation tracks. This technology provides a unique platform to decipher the complex molecular anatomy of cancer cells, on a whole genome basis, at high resolution.
描述(由申请人提供):该项目中心的拟议目的是从30种不同的少突胶质瘤肿瘤样品中构建整个基因组图 - 一种实体瘤,它使常规基因组分析方法将杂合性丧失(LOH)与一组不同的基因相关联。该研究提出的研究反映了多学科的协作努力,以使用健壮的单分子平台(光学映射)来构建具有异质基因组人群的选定特征性肿瘤的高分辨率限制图。 在没有任何假设的情况下,染色体畸变将在整个基因组基础上进行评分和分类,这是在1P/19Q LOH与诊断目的之间建立的联系之外的。肿瘤样品中的基因组畸变 - 缺失,插入,易位,串联放大和总重排 - 将精确地定位和表征。 20-50X的地图覆盖范围将确保以50 kb-500 kb的基因组间隔在每个样品中识别每个样品中单独的染色体畸变种群。 将基于光学映射数据开发新算法,以根据单分子条形码的局部比分或光学图,以最新的人体基因组序列识别异常基因组中的断点。 统计评估的畸变将被统计评估,以辨别带有给定基因组病变的肿瘤细胞群体的百分比。 为了协同化,将完善新一代的微流体装置,以结合细胞裂解和DNA载荷。 这些少突齿瘤肿瘤基因组的第一个全基因组图和对像差的全面确定将被输入定制的圣克鲁斯基因组浏览器,作为附加的注释轨道。 这项技术提供了一个独特的平台,可以在高分辨率下以整个基因组为基础破译癌细胞的复杂分子解剖结构。

项目成果

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