Mouse models for live-cell imaging of endogenous Evf2 lncRNA
用于内源性 Evf2 lncRNA 活细胞成像的小鼠模型
基本信息
- 批准号:10470134
- 负责人:
- 金额:$ 8万
- 依托单位:
- 依托单位国家:美国
- 项目类别:
- 财政年份:2021
- 资助国家:美国
- 起止时间:2021-08-16 至 2024-07-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:AdultAffectBiochemicalBiological ProcessBrainCRISPR/Cas technologyCell NucleusCell physiologyCellsChromosomesComplexDNADataDevelopmentDiseaseDosage Compensation (Genetics)EnhancersEpigenetic ProcessFutureGene ActivationGene ExpressionGene Expression RegulationGene TargetingGenesGenetic TranscriptionGenomeGoalsImageInterneuronsKnowledgeMALAT1 geneMango - dietaryMass Spectrum AnalysisMeasurementModelingModificationMolecularMovementNuclearNuclear RNANucleotidesOrganismPhenotypePlayPolycombPost-Transcriptional RegulationPredispositionProcessProsencephalonProteinsRNARNA ProcessingRegulationResolutionRibonucleoproteinsRoleSeizuresSiteSpecificityStructureStudy modelsTimeTissuesTranscriptional RegulationUntranslated RNAVisualizationX Inactivationaptamerchromatin remodelingexperimental studygene networkgene regulatory networkgene repressiongenetic regulatory proteinimaging approachimprintin vivoinsightlive cell imagingmouse modelprogenitorprotein complexrecruitscaffoldspatiotemporaltooltranscription factorwhole genome
项目摘要
Abstract
Long non-coding RNAs (lncRNAs) play critical roles in diverse cellular processes,
including transcriptional and post-transcriptional regulation. The Evf2 ultraconserved
lncRNA is a transcription regulating lncRNA transcribed from the Dlx5/6 ultraconserved
enhancer (UCE) in the developing forebrain. Unlike lncRNAs involved in imprinting, that
regulate gene expression in one direction, Evf2 positively and negatively regulates target
genes. Evf2 forms a ribonucleoprotein complex (Evf2-RNP) with 87 proteins and controls
the expression of a gene regulatory network that affects interneuron diversity and seizure
susceptibility, through mechanisms that involve the recruitment of transcription factors,
and the control of epigenetic modifications and chromosome topology.
The study of the subnuclear localization of Evf2 is key for understanding its
function. Evf2 forms one or two RNA clouds per nucleus. A subset of Evf2-RNP proteins
localize in foci (protein pools) that co-localize with the Evf2 RNA cloud. Co-localization of
the Evf2-RNP with the Dlx5/6 UCE and Evf2-regulated genes, reveals important
mechanistic information about Evf2-dependent gene regulation. Intriguingly, Evf2 is not
always retained at its site of expression (the Dlx5/6 UCE) but can interact with Evf2-
regulated targets independent of the UCE, suggesting that interactions of Evf2 with the
chromosome are dynamic.
Visualization of the Evf2-RNP at the single-cell level provides essential information
for understanding Evf2 regulatory mechanisms at spatiotemporal resolution. However,
imaging experiments utilizing fixed cells fail to reveal important information about dynamic
processes. In this proposal, we will utilize recent advances in live-cell imaging of RNAs
for the visualization of Evf2 in living cells. We will generate mouse models for the study
of Evf2 cloud formation, Evf2 cloud dynamics, and Evf2-RNP formation. This study will
answer critical questions for the advancement of knowledge about mechanisms of
transcriptional regulation by lncRNAs.
抽象的
长的非编码RNA(LNCRNA)在各种细胞过程中起关键作用,
包括转录和转录后调节。 EVF2超级保守
lncRNA是调节从DLX5/6超保守的转录的lncRNA
增强剂(UCE)在发展前脑中。与参与印迹的lncrnas不同,
EVF2在一个方向上调节基因表达
基因。 EVF2形成具有87种蛋白质和对照的核糖核蛋白复合物(EVF2-RNP)
影响间神经元多样性和癫痫发作的基因调节网络的表达
敏感性,通过涉及转录因子募集的机制,
以及对表观遗传修饰和染色体拓扑的控制。
EVF2的亚核定位的研究是理解其的关键
功能。 EVF2每个核形成一个或两个RNA云。 EVF2-RNP蛋白的子集
与EVF2 RNA云共定位的焦点(蛋白质池)。共定位
具有DLX5/6 UCE和EVF2调节的基因的EVF2-RNP揭示了重要的
有关EVF2依赖性基因调控的机械信息。有趣的是,EVF2不是
始终保留在其表达部位(DLX5/6 UCE),但可以与EVF2-相互作用
与UCE无关的规范目标,表明EVF2与
染色体是动态的。
EVF2-RNP在单细胞级别的可视化提供了必要的信息
用于理解时空分辨率下的EVF2调节机制。然而,
利用固定细胞的成像实验无法揭示有关动态的重要信息
过程。在此提案中,我们将利用最新进展
为了可视化活细胞中EVF2。我们将生成鼠标模型进行研究
EVF2云形成,EVF2云动力学和EVF2-RNP的形成。这项研究会
回答关键问题,以提高有关机制的知识
LNCRNA的转录调节。
项目成果
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