The Psychiatric Cell Map Initiative: Connecting Genomics, Subcellular Networks, and Higher Order Phenotypes

精神病学细胞图谱计划:连接基因组学、亚细胞网络和高阶表型

基本信息

项目摘要

SUMMARY The global burden of mental illness, including autism spectrum disorders (ASD), intellectual disability, epilepsy, Tourette disorder, schizophrenia and bipolar disorder, is enormous, whether measured in health care expenditures, lost productivity, or personal suffering. Unfortunately, there is a striking lack of insight into the underlying molecular biology of these syndromes. However, recent advances in gene discovery are setting the stage for a transformation in the understanding of these psychiatric disorders. Understanding pathobiology and developing novel treatments is becoming increasingly dependent on knowledge of biological networks of multiple types, including physical interactions among proteins and synthetic­lethal and epistatic interactions among genes. Here we seek support for a new effort, the Psychiatric Cell Map Initiative (PCMI, www.pcmi.ucsf.edu), aimed at comprehensively understanding these complex interactions in psychiatric disorders and how they differ between diseased and healthy states. While we will focus on ASD in this proposal, this work will establish a paradigm to investigate other psychiatric disorders in future work. The PCMI is a multi­campus initiative of the University of California, involving UC San Francisco, UC San Diego and UC Berkeley, which leverages genomics, proteomics, high­throughput sequencing, advanced network mapping, computational analysis, and research platforms developed by multiple PCMI investigators over the past decade. Thus primed, these platforms will be tuned to efficiently generate, assemble, and analyze molecular networks linked to ASD, in relevant cell types, with a view towards pathway and network­based personalized therapy. Specifically, over the next five years the PCMI will seek to catalyze major phase transitions in ASD research and therapy by (1) Comprehensively mapping the networks of physical interactions among proteins linked to ASD, revealing the protein complexes and higher­order molecular units underlying ASD in multiple cell types of the human brain; (2) Mapping the parallel networks of synthetic­lethal and epistatic interactions among ASD genes using CRISPR­based approaches; (3) Establishing the robust computational methodology, end­user software, and databases for assembly and use of ASD cell network maps in both basic and clinical modalities; (4) Translating molecular insights into an understanding of higher order phenotypes; (5) Building a critical mass of leading investigators focused on psychiatric disorders worldwide to expand PCMI into a global coordinated partnership; and (6) Training the current and next­generation of scientists in Network Biology and its applications to research focused on psychiatric disorders.
概括 全球精神疾病的烧伤,包括自闭症谱系障碍(ASD),肠道残疾,癫痫,癫痫, 无论是在医疗保健中测量的,图雷氏障碍,精神分裂症和躁郁症都是巨大的 支出,生产力失去或个人痛苦。不幸的是,罢工缺乏洞察力 这些综合征的基本分子生物学。但是,基因发现的最新进展正在设定 在理解这些精神疾病的理解中转变的阶段。 了解病理生物学和发展新颖的治疗越来越依赖 了解多种类型的生物网络,包括蛋白质之间的物理相互作用 基因之间的合成性和上皮相互作用。在这里,我们寻求支持新努力,精神病学 细胞图计划(PCMI,www.pcmi.ucsf.edu),旨在全面理解这些复杂 精神疾病的相互作用及其在患病状态和健康状态之间的差异。虽然我们会的 专注于本提案中的ASD,这项工作将建立一个范式,以调查其他精神疾病 未来的工作。 PCMI是加利福尼亚大学的一项多学院倡议,涉及加州大学旧金山加州大学, 加州大学圣地亚哥分校和加州大学伯克利分校,利用基因组学,蛋白质组学,高层测序, 高级网络映射,计算分析和研究平台由多个PCMI开发 在过去的十年中。这是启示的,这些平台将被调整以有效地生成, 在相关的细胞类型中组装和分析与ASD相关的分子网络,并观察到途径 和基于网络的个性化疗法。具体而言,在接下来的五年中,PCMI将寻求催化 (1)全面映射ASD研究和治疗中的主要相转换 与ASD相关的蛋白质之间的物理相互作用,揭示了蛋白质复合物和较高的蛋白质 人脑多种细胞类型的ASD的分子单元; (2)映射并行网络 使用基于CRISPRBRB的方法在ASD基因之间进行合成和上皮相互作用; (3) 建立可靠的计算方法论,enduser软件和数据库,用于组装和使用 基本和临床方式的ASD细胞网络图; (4)将分子见解转化为 了解高阶表型; (5)建立关注的主要研究人员 全世界的精神疾病将PCMI扩展到全球协调的伙伴关系; (6)训练 当前和下一代网络生物学的科学家及其在研究上的应用 精神疾病。

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Modeling Human Genetic Disorders with CRISPR Technologies in Xenopus.
利用 CRISPR 技术在爪蟾中模拟人类遗传疾病。
  • DOI:
    10.1101/pdb.prot106997
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Willsey HR
  • 通讯作者:
    Willsey HR
Whole-Mount RNA In Situ Hybridization and Immunofluorescence of Xenopus Embryos and Tadpoles.
  • DOI:
    10.1101/pdb.prot105635
  • 发表时间:
    2021-10-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Willsey HR
  • 通讯作者:
    Willsey HR
Xenopus leads the way: Frogs as a pioneering model to understand the human brain.
  • DOI:
    10.1002/dvg.23405
  • 发表时间:
    2021-03
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Exner CRT;Willsey HR
  • 通讯作者:
    Willsey HR
Evaluation of large language models for discovery of gene set function.
  • DOI:
    pii: rs.3.rs-3270331. doi: 10.21203/rs.3.rs-3270331/v1
  • 发表时间:
    2023-09-18
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Hu M;Alkhairy S;Lee I;Pillich RT;Bachelder R;Ideker T;Pratt D
  • 通讯作者:
    Pratt D
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Martin Kampmann其他文献

Martin Kampmann的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Martin Kampmann', 18)}}的其他基金

Systematic elucidation of endosomal trafficking as a therapeutic opportunity in AD using CRISPR-based functional genomics
使用基于 CRISPR 的功能基因组学系统阐明内体运输作为 AD 治疗机会
  • 批准号:
    10431913
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Systematic elucidation of endosomal trafficking as a therapeutic opportunity in AD using CRISPR-based functional genomics
使用基于 CRISPR 的功能基因组学系统阐明内体运输作为 AD 治疗机会
  • 批准号:
    9788222
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Systematic elucidation of endosomal trafficking as a therapeutic opportunity in AD using CRISPR-based functional genomics
使用基于 CRISPR 的功能基因组学系统阐明内体运输作为 AD 治疗机会
  • 批准号:
    10220769
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Core D: CRISPRi/a Core
核心 D:CRISPRi/a 核心
  • 批准号:
    10011935
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Stress response networks in cancer: systematic mapping and therapeutic potential
癌症中的应激反应网络:系统绘图和治疗潜力
  • 批准号:
    9315782
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Stress response networks in cancer: systematic mapping and therapeutic potential
癌症中的应激反应网络:系统绘图和治疗潜力
  • 批准号:
    9117472
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Rewiring of the human protein homeostasis network in normal and disease contexts
正常和疾病背景下人类蛋白质稳态网络的重新布线
  • 批准号:
    8954850
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Stress response networks in cancer: systematic mapping and therapeutic potential
癌症中的应激反应网络:系统绘图和治疗潜力
  • 批准号:
    9096934
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Stress response networks in cancer: systematic mapping and therapeutic potential
癌症中的应激反应网络:系统绘图和治疗潜力
  • 批准号:
    8791254
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Core D: CRISPRi/a Core
核心 D:CRISPRi/a 核心
  • 批准号:
    9791012
  • 财政年份:
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:

相似国自然基金

时空序列驱动的神经形态视觉目标识别算法研究
  • 批准号:
    61906126
  • 批准年份:
    2019
  • 资助金额:
    24.0 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
本体驱动的地址数据空间语义建模与地址匹配方法
  • 批准号:
    41901325
  • 批准年份:
    2019
  • 资助金额:
    22.0 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
大容量固态硬盘地址映射表优化设计与访存优化研究
  • 批准号:
    61802133
  • 批准年份:
    2018
  • 资助金额:
    23.0 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
IP地址驱动的多径路由及流量传输控制研究
  • 批准号:
    61872252
  • 批准年份:
    2018
  • 资助金额:
    64.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
针对内存攻击对象的内存安全防御技术研究
  • 批准号:
    61802432
  • 批准年份:
    2018
  • 资助金额:
    25.0 万元
  • 项目类别:
    青年科学基金项目

相似海外基金

Computational and neural signatures of interoceptive learning in anorexia nervosa
神经性厌食症内感受学习的计算和神经特征
  • 批准号:
    10824044
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
CRII: SHF: A Novel Address Translation Architecture for Virtualized Clouds
CRII:SHF:一种用于虚拟化云的新型地址转换架构
  • 批准号:
    2348066
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Developing a robust native extracellular matrix to improve islet function with attenuated immunogenicity for transplantation
开发强大的天然细胞外基质,以改善胰岛功能,并减弱移植的免疫原性
  • 批准号:
    10596047
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Microscopy and Image Analysis Core
显微镜和图像分析核心
  • 批准号:
    10557025
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
Research Project 2
研究项目2
  • 批准号:
    10403256
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 370.18万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了