ニホンウナギの回遊遺伝子単離に向けた分子遺伝学的研究

日本鳗鱼洄游基因分离的分子遗传学研究

• 批准号: 13J05845
• 负责人: 須藤 竜介
• 金额: $ 1.62万
• 依托单位: Tokyo University of Marine Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2013
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2013-04-01 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13J05845/
• 关键词: ニホンウナギ; 変態; レプトセファルス; 遺伝マーカー; 親子鑑定; 分子遺伝学的解析; 姉妹交配; シラスウナギ; マイクロサテライトマーカー; マルチプレックスPCR

回遊に密接に関わるレプトセファルスからシラスウナギへの変態に着目し、変態の早さに関連する遺伝マーカーの探索のための解析基盤の構築を行った。具体的には、以下の3つの研究を実施した。(1) 解析材料となる家系の作出：完全養殖第2世代のウナギの中で変態の早かった家系の姉妹交配により作出された家系を解析家系とした。変態が開始した個体は変態日数を記録し、DNA解析用にエタノール中に保存した。以上から、変態日数解析用個体77個体のサンプリングが完了した。(2) 遺伝マーカーの探索の基盤構築：解析個体からのDNA抽出はQuick geneを用いて行い、遺伝学的解析はGBS（Genotyping by sequencing）解析を適用した。解析の結果、雄親から19,386,060 reads、雌親から24,068,238 reads、子供からは平均3,586,950 readsのデータを取得した。データはCLCにてクオリティチェックおよび制限高所配列のトリミングを行った後、stacksにてアリルを探索した。その結果、742010個のアリルがコールされた。(3) 育種研究の基盤ツールである親子鑑定系の確立：雌親魚5個体と雄親魚15個体を自然交配させた集団を解析家系とし、日齢2日の153個体と日齢30日の148個体を解析に供した。ヘテロ接合度と多型情報含有値の高い8つのマイクロサテライトマーカーを選定し、マルチプレックスPCR法により全マーカーを同時に増幅させ、多型解析を実施した。計301個体のうち297個体の親子のペアを判別でき、鑑定率は98.7%と高い精度の親子鑑定法を確立できた。以上の研究を通じて、変態に関する遺伝的解析基盤の構築するとともに、育種に向けた基礎ツールの確立もできた。

针对与洄游密切相关的薄头鱼到玻璃鳗的变态过程，我们构建了分析平台，寻找与变态速度相关的遗传标记。具体来说，我们进行了以下三项研究。 (1)建立系谱作为分析材料：在全养殖的二代鳗鱼中，以早期变态系系姐妹交配产生的系谱作为分析的系谱。对于开始变态的个体，记录变态天数并储存在乙醇中用于DNA分析。至此，完成了对77个体进行变态日分析的采样。 (2)为寻找遗传标记奠定基础：使用Quick Gene从分析个体中提取DNA，并应用GBS（测序基因分型）分析进行遗传分析。分析结果是，我们从父本获得了 19,386,060 个读数，从母本获得了 24,068,238 个读数，从后代中平均获得了 3,586,950 个读数。在使用 CLC 对数据进行质量检查并修剪受限的高海拔序列后，使用堆栈搜索等位基因。结果，共调用了 742,010 个等位基因。 (3)亲子鉴定体系的建立，作为育种研究的基本工具：以自然交配的5只雌性亲鱼和15只雄性亲鱼作为分析家系，其中2日龄个体153只，30日龄个体148只个人被提交进行分析。筛选出杂合度高、多态性信息含量高的8个微卫星标记，采用多重PCR同时扩增所有标记并进行多态性分析。在301人中，我们能够识别出297人的亲子对，识别率达到98.7%，建立了高精度的亲子鉴定方法。通过上述研究，我们为变态遗传分析奠定了基础，也为育种建立了基础工具。

项目成果

DNAマーカーを用いたニホンウナギの 親子鑑定法

使用DNA标记的日本鳗鱼亲子鉴定方法

• 发表时间: 2015
• 作者: 宮尾萌莉;須藤竜介;山田祥朗;坂本崇;塚本勝巳.
• 通讯作者: 塚本勝巳.

ニホンウナギの産卵回遊開始機構における11-KTの役割

11-KT在日本鳗鱼产卵洄游启动机制中的作用

• 发表时间: 2013
• 作者: 須藤竜介;塚本勝巳
• 通讯作者: 塚本勝巳