タンパク質立体構造に基づく分子機能部位の網羅的解析と細胞機能の理解への展開

基于蛋白质三维结构的分子功能位点综合分析与开发,了解细胞功能

基本信息

  • 批准号:
    22K12240
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2.66万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 财政年份:
    2022
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2022-04-01 至 2025-03-31
  • 项目状态:
    未结题

项目摘要

タンパク質が分子機能、および分子機能に基づく細胞機能を発揮するにあたっては、その機能部位の立体構造上の位置とその相対配置が重要だと考えられる。従来、立体構造上での機能部位の議論は構造情報の少なさから困難であったが、2021年にAlphaFold2による予測構造データベースAlphaFold Structural Databaseが公開されたことから、状況が大きく変化した。そこで本研究はこうした予測DBの構造網羅性を活用し、これまで不可能であった全タンパク質の分子機能部位の立体構造解析を行う。さらに、分子機能部位の相対配置とタンパク質の細胞機能との関連性、および進化の過程での機能獲得プロセスについて、立体構造の側面から解明することを目指す。研究計画に基づき、本年度は主に機能部位の部分構造データの取得に力点を置いた。特に計画当初はAlphaFoldDBが登場した直後であったが、当時と比べAlphaFoldの予測構造を用いた2次的な解析および2次データベースが充実してきているため、そうしたデータの活用を重視した。たとえば、AlphaFold2はタンパク質の構造のみを予測し結合する低分子構造を含まないが、これを補うデータベースとしてAlphaFillが登場している。複合体構造についても、ヒトに関しては網羅的に相互作用ネットワークおよび複合体を探索した例が発表されたため、これを利用することとした。
当蛋白基于分子功能发挥分子功能和细胞功能时,人们认为其功能位点在三维结构上的位置及其相对排列很重要。传统上,由于缺乏结构信息,很难讨论三维结构中的功能站点,但是在2021年发布了Alphafold2的预测结构数据库Alphafold2之后,情况发生了巨大变化。此外,我们旨在阐明分子功能部位的相对排列与蛋白质的细胞功能与从三维结构的角度进化过程中的功能增益过程之间的关系。根据研究计划,今年我们主要致力于获取功能站点的部分结构数据。特别是,当计划刚开始启动时,它立即是在引入AlphafoldDB之后,但是与那个时间相比,使用Alphafold的预测结构进行了二次分析和次要数据库,因此我们将重点放在使用此类数据上。例如,AlphaFold2不包含仅预测和结合蛋白质结构的小分子结构,但是Alphafill似乎是补充这一点的数据库。关于复杂的结构,我们决定将其用作综合搜索人类相互作用网络和复合物的示例。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Structural characteristics of coregulated phosphorylation sites
共调控磷酸化位点的结构特征
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Tsuneoka Yousuke;Yoshihara Chihiro;Ohnishi Ryuko;Yoshida Sachine;Miyazawa Eri;Yamada Masanobu;Horiguchi Kazuhiko;Young W. Scott;Nishimori Katsuhiko;Kato Tadafumi;Kuroda Kumi O.;西 羽美
  • 通讯作者:
    西 羽美
AlphaFoldで探るタンパク質リン酸化部位の立体構造
使用 AlphaFold 探索蛋白质磷酸化位点的三维结构
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Tsuneoka Yousuke;Yoshihara Chihiro;Ohnishi Ryuko;Yoshida Sachine;Miyazawa Eri;Yamada Masanobu;Horiguchi Kazuhiko;Young W. Scott;Nishimori Katsuhiko;Kato Tadafumi;Kuroda Kumi O.;西 羽美;西 羽美
  • 通讯作者:
    西 羽美
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

西 羽美其他文献

Regulation of protein-protein binding by coupling between phosphorylati on and intrinsic disorder
通过磷酸化和内在紊乱之间的耦合调节蛋白质-蛋白质结合
  • DOI:
  • 发表时间:
    2013
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    西 羽美;Anna R. Panchenko
  • 通讯作者:
    Anna R. Panchenko
嫌気還元条件下におけるコムギの根からの酸素漏出パターンの解析
厌氧还原条件下小麦根系氧渗漏规律分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2014
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    西 羽美;古林昌憲;渕上壮太郎;木寺詔紀;顧 暁冬;西内俊策・渡邊宏太郎・安倍史高・中園幹生
  • 通讯作者:
    西内俊策・渡邊宏太郎・安倍史高・中園幹生
進化分子工学における大規模遺伝子配列解析を利用した機能タンパク質の探索.
在进化分子工程中使用大规模基因序列分析来搜索功能蛋白。
  • DOI:
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    河田 早矢;伊藤 智之;西 羽美;来見田 遥一;Nguyen Thuy Duong;中澤 光;齋藤 裕;亀田 倫史;津田 宏治;梅津 光央.
  • 通讯作者:
    梅津 光央.
機械学習を組み入れたファージライブラリー法の開発:低指向な進化情報からのプロテインマイニング.
结合机器学习的噬菌体库方法的开发:从低定向进化信息中挖掘蛋白质。
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    伊藤 智之;Thuy Duong Nguyen;齋藤 裕;来見田 遥一;中澤 光;河田 早矢;西 羽美;津田 宏治;亀田 倫史;梅津 光央.
  • 通讯作者:
    梅津 光央.
古墳時代の韓日交流
古坟时期的韩日交流
  • DOI:
  • 发表时间:
    2014
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    西 羽美;古林昌憲;渕上壮太郎;木寺詔紀;顧 暁冬;西内俊策・渡邊宏太郎・安倍史高・中園幹生;金宇大
  • 通讯作者:
    金宇大

西 羽美的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('西 羽美', 18)}}的其他基金

タンパク質構造予測・生成AIの可能性と限界の進化生物学的検証
蛋白质结构预测/生成AI的可能性和局限性的进化生物学验证
  • 批准号:
    23KK0207
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research)
Development of a molecular visualization system with virtual reality and haptic technologies
利用虚拟现实和触觉技术开发分子可视化系统
  • 批准号:
    18K11520
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
タンパク質リン酸化の細胞機能による分類とその立体構造的特徴の網羅的解析
蛋白质磷酸化的细胞功能分类及其三维结构特征综合分析
  • 批准号:
    13J03101
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
タンパク質間相互作用における相互作用面形成メカニズムの解明と複合体予測
阐明蛋白质-蛋白质相互作用中相互作用表面形成机制和复杂预测
  • 批准号:
    07J10618
  • 财政年份:
    2007
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows

相似海外基金

微生物型ロドプシンをモデル系とした、タンパク質の多様な機能発現の根本原理の解明
使用微生物视紫红质作为模型系统阐明蛋白质多种功能表达背后的基本原理
  • 批准号:
    23K21092
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
疎らに結合したアクチン結合タンパク質がアクチン線維全体の機能を調節するメカニズム
松散结合的肌动蛋白结合蛋白调节整个肌动蛋白丝功能的机制
  • 批准号:
    23K27145
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
タンパク質の機能改良のための「省データ」機械学習技術の開発
开发“数据保存”机器学习技术以改善蛋白质功能
  • 批准号:
    23K24946
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
セレノプロテインPタンパク質とmRNAの機能理解に基づく糖尿病病態の解明
基于对硒蛋白 P 蛋白和 mRNA 功能的理解阐明糖尿病病理学
  • 批准号:
    23K27649
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
ステント再狭窄における炎症と糖タンパク質Fibulin-1の動的機能と役割
炎症和糖蛋白Fibulin-1在支架再狭窄中的动态功能和作用
  • 批准号:
    24K12141
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 2.66万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了