ゲノム情報から見る日本産モグラ科哺乳類の集団形成史と分類学的再検討

从基因组信息看日本鼹鼠科哺乳动物的种群史和分类学复查

• 批准号: 22KJ0137
• 负责人: 角井 建
• 金额: $ 1.54万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ0137/
• 关键词: 系統地理; 地下性哺乳類; 全ゲノム; 第四紀; デモグラフィー; 系統地理; 地下性哺乳類; 全ゲノム; 第四紀; デモグラフィー

日本産モグラ科哺乳類を対象に、リファレンスゲノムを作成してその遺伝的な研究基盤を築き（計画1）、集団ゲノミクス解析によって第四紀環境変動や種間競争が集団形成に与えた影響を解明し、日本の哺乳類の系統地理における一つの指標とする（計画2）。またモグラ類の地下適応に関連する遺伝子を探索・解析する（計画3）。計画1および計画2について、2022年6月に10x Linked ReadsおよびOmni-C技術によるコウベモグラの全ゲノム解析をおこない、便宜的なリファレンス配列とした。MIG-seqで取得したリードデータをマッピングすることでリファレンス配列を用いない解析に比べて3倍近いSNPデータを取得することが可能となった。得られたSNPデータをもとにアズマモグラとコウベモグラ集団の遺伝的構造、および集団ごとの分岐シナリオ・分岐年代の推定をおこなった。その結果、mtDNAを用いた先行研究とは一部異なる集団構造が存在することが示され、両種の分岐シナリオに新たな知見を供することとなった。また、分岐年代に関しては先行研究とも一致する結果が得られ、アズマモグラ集団の分断化、コウベモグラの日本列島への移入などの集団分岐と地理的イベントの関連性を見出すに至った。この成果は現在論文として執筆中である。これは日本と大陸を繋ぐ陸橋が形成された時期を考察するうえで重要な情報となり得、他の哺乳類にも影響を与えたと考えられる。また、隠岐の島島後卯敷地区にて未発見のアズマモグラの集団を発見し、これを短報の形で報告した。計画3について、全ゲノム解析とともにおこなったRNA-seqをもとにした遺伝子アノテーションとリファレンス作成を報告する論文の執筆計画が進行中である。

为日本家族的哺乳动物创建了一个参考基因组，并为其遗传研究建立了遗传研究基金会（项目1），人口基因组学分析揭示了第四纪环境变化和种间竞争对种群形成的影响，使其成为日本哺乳动物系统发育的指标（项目2）。此外，将搜索和分析与痣地下适应性相关的基因（计划3）。对于计划1和2，使用10倍链接的读数和OMNI-C技术对KOW摩尔进行了整个基因组分析，并将参考序列用作方便的参考序列。通过映射使用MIG-SEQ获得的读取数据，在不使用参考序列的情况下，可以获取SNP数据的三倍，是分析的三倍。基于获得的SNP数据，我们估计了摩尔和ROE摩尔种群的遗传结构，以及每个人群的差异情景和差异。结果，结果表明，使用mtDNA的研究有一些不同的人口结构，在这两种物种的分叉场景中提供了新知识。此外，结果与以前有关差异年龄的研究一致，我们发现摩尔人群的差异之间存在联系，例如摩尔人群的碎裂与将摩尔引入日本群岛和地理事件之间。目前正在审查这项工作。这可能是重要的信息，即考虑日本和大陆的立交桥连接的时间，并被认为也对其他哺乳动物产生了影响。此外，在冲绳岛的Go-ushiki地区发现了一群未被发现的痣，并在一份简短的报告中报告了这一点。目前正在进行一项纸质写作计划，以报告基于RNA-Seq的基因注释和计划3的参考创建，并与全基因组分析一起进行。