ダウン症遺伝子病理地図の作成-遺伝病から遺伝病解明へ-

唐氏综合症遗传病理图谱制作 - 从遗传病到阐明遗传病 -

基本信息

批准号：
09878215
负责人：
添田栄一
金额：
$ 1.47万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
1997
资助国家：
日本
起止时间：
1997 至 1998
项目状态：
已结题

项目摘要

1. 我々は、まず、PACによるゲノム物理地図を直接、遺伝子発現・機能地図に転換することを目的に、1) パルスフィールド電気泳導によるレアーカッター部位からCpGアイランドにある発現遺伝子を検索する方法と、2) ショットガン法でPACの全シークエンスを完成させ、その遺伝子解析から転換する方法とを較べた。その結果、パルスフィールド電気泳導での低分解精度では1Kb以内のCpGアイランドの検索は困難であること、むしろ現在のシークエンス技術では、ショットガン法で170Kbの全シークエンスを完成できること(Genomjcs52:95-100、1998)からゲノム・シークエンスによる詳細な遺伝子解析が確実で、絶対的有利であると結論ずけた。2. ダウン症の遺伝子解析に関しては、ダウン症主要領域(DCR)のhSIM2遺伝子を含まない家系性ダウン症患者の例が報告され,むしろ、染色体21番全体の遺伝子解析からダウン症病理解明する方向がうちだされた(Cytogenet.Cell Genet.79:21-52,1997)。3. このためには、米国で定めた大規模シークエンスのためのIRB-BACライブラリー(Institutional Review Boardapproval BAC library)を導入する必要があり,かつ,BAC末端の直接シークエンスとPCRによる三次元スクーニングを併せた染色体歩行法を確立せねばならなかった。4. 本法を用いてダウン症領域に隣接するAMLl-GART-筋萎縮側鎖硬化症(ALS)領域までの3.5メガベースを BAC/PACに置き換え、APPまでの約10メガベースのゲノム物理地図を完成した。そのシークエンスは21番コンソーシアムで行われ、遺伝子解析に賦されている。

1. 首先，我们的目标是通过 PAC 直接将基因组物理图谱转换为基因表达/功能图谱 1）一种通过脉冲场电泳从稀有切割位点搜索 CpG 岛中表达基因的方法。使用鸟枪法完成整个 PAC 序列并将其从遗传分析中转换。结果我们发现，脉冲场电泳的分辨率精度较低，很难搜索到1 Kb以内的CpG岛；而以目前的测序技术，利用鸟枪法可以完成170 Kb的完整序列； (Genomjcs52:95-100, 1998)，得出的结论是使用基因组测序进行详细的遗传分析是可靠的并且绝对有利。 2. 关于唐氏综合症的基因分析，已报道一例唐氏综合症主要区域（DCR）不含有hSIM2基因的家族性唐氏综合症患者的病例，为阐明唐氏综合症的病理学提供了方向。通过对整个 21 号染色体进行遗传分析来诊断唐氏综合症。（Cytogenet. Cell Genet. 79:21-52, 1997）。 3、为此，有必要引进美国建立的用于大规模测序的IRB-BAC文库（Institutional Review Board认可的BAC文库），利用BAC末端的直接测序和PCR进行三维筛选我们必须建立一种染色体行走方法。 4.使用该方法，我们用BAC/PAC替换了与唐氏综合症区域相邻的AML1-GART-肌萎缩性侧链硬化症（ALS）区域为止的3.5兆碱基，并完成了大约10兆碱基到APP的基因组物理图谱.该序列由Consortium No. 21进行，并提交进行遗传分析。