Construction of genetic risk score evaluation method aiming at early detection of glaucoma

针对青光眼早期发现的遗传风险评分评估方法的构建

• 批准号: 22K09806
• 负责人: 布施 昇男
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09806/
• 关键词: 緑内障; 多遺伝子リスクスコア; ゲノムワイド相関解析; 一塩基多型; オミックス解析; 眼圧; 視神経乳頭; GWAS

近年、遺伝子多型のゲノムデータベースは急速に充実、インフラストラクチャーが整ってきている。失明原因の第一位である緑内障の中で、環境因子とともに多数の遺伝子バリアントが作用することで引き起こされる一般的な緑内障のリスク判定は、依然として難しい状況である。本研究課題においては、SNP情報に加え、メタボローム情報、眼科生理学的検査（眼圧、光干渉断層計（OCT）で撮影された網膜断層画像）から得られる情報を加味した多遺伝子リスクスコア（polygenic risk score：PRS）評価法の構築を目的とする。研究としては、１）基盤となる、コホート眼科データの表現型解析と大規模統合データベースの作成を開始した。OCTによる網膜層厚パラメータの性差、年齢分布に関する正常人データベースの作成を行っている。２）続けてSNP情報の整理を行い、眼科形質に関するゲノムワイド相関解析Genome-wide association study (GWAS)を施行した。緑内障に関連した因子である眼圧、視神経乳頭の大きさ（垂直乳頭直径：VDD）、視神経乳頭陥凹（VCDR）に着目しGWASを施行した。各々新規の遺伝子座が見いだされ、欧米では眼圧の高い開放隅角緑内障の頻度が高いが、本邦を含む北東アジアでは正常眼圧緑内障の頻度が極めて高いという緑内障病型の相違を考慮すると、新規の遺伝子座はPRS構築に有用であると考える。３）代謝の下流にある「血漿メタボローム」との関連解析（MGWAS）を行う準備を整えている。SNP情報に加え、メタボローム情報、眼科生理学的検査（眼圧、OCT画像）から得られる情報を加味した多遺伝子リスクスコア（PRS）評価法の構築基盤を策定している。

近年来，遗传多态性基因组数据库迅速丰富，基础设施也已到位。青光眼是导致失明的主要原因，并且仍然很难确定普通青光眼的风险，这是由众多遗传变异与环境因素相互作用引起的。在这个研究项目中，除了SNP信息之外，还引入了多基因风险评分（polygenic），目的是开发一种风险评分（PRS）评估方法。在研究方面，1）我们已经开始对队列眼科数据进行表型分析，并创建一个大规模的综合数据库，作为基础。我们正在使用 OCT 创建一个有关正常人视网膜厚度参数的性别差异和年龄分布的数据库。 2）接下来，我们整理了SNP信息，并对眼科特征进行了全基因组关联研究（GWAS）。 GWAS 的重点是与青光眼相关的因素：眼压、视盘大小（垂直盘直径：VDD）和视盘凹陷（VCDR）。考虑到青光眼疾病类型的差异，每种疾病都发现了新的基因位点：高眼压开角型青光眼在欧洲和美洲更为常见，但正常眼压性青光眼在包括日本在内的东北亚极为常见。新基因座对于 PRS 构建很有用。 3）我们正准备与代谢下游的“血浆代谢组”进行关联分析（MGWAS）。除了SNP信息之外，我们正在开发多基因风险评分（PRS）评估方法的基础，该方法考虑了代谢组信息和从眼科生理测试（眼压、OCT图像）获得的信息。