乾燥臍帯を用いたGATA1遺伝子解析－TAMの診断スコアリングシステム構築

使用干燥脐带进行GATA1基因分析-TAM诊断评分系统的构建

• 批准号: 22K07815
• 负责人: 岡本 年男
• 金额: $ 2.41万
• 依托单位: Asahikawa Medical College
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07815/
• 关键词: GATA1; 一過性骨髄異常増殖症; ダウン症候群; 一過性骨髄増殖症

一過性骨髄異常増殖症（TAM）はダウン症候群の新生児期の重要な合併症であるが，変異クローンが微量であるが故に見過ごされる症例も存在する．これらの症例でも重篤な経過を辿る場合や白血病に進展する場合があるため，新生児期にTAMを正確に診断することは極めて重要であると言える．本研究ではTAMのより正確な診断に向け，Down症候群児の乾燥臍帯を用いて次世代シーケンサーによるGATA1遺伝子検査を行いTAMを後方視的に診断し，新生児期の血液検査所見や臨床像を組み合わせた診断スコアリングシステムを構築することを目指している．当該年度では，これまでにダウン症候群の患者26名から研究参加の同意が得られた．全例の乾燥臍帯からゲノムDNAを抽出し，得られたDNAの濃度及び品質をアジレント社の Agilent 2200 TapeStation システムを用いて測定した．その結果，濃度の中央値は42.6ng/ml（範囲 6.21-206 ng/ml），DNA Integrity Number (DIN) 値の中央値は4.25（範囲 1.6-7.1）で，検体によって大きなばらつきが生じることが判明した．一方で，これらの検体を用いて従来法であるSanger法でGATA1遺伝子のエクソン2及び3の解析を行ったところ，濃度や品質に関わらずいずれの検体でも結果が得られ，TAMと臨床診断されていた症例全例でGATA1遺伝子変異を改めて同定することができた.この結果により，乾燥臍帯はTAMの後方視的診断に有用なツールとなることを証明できた．次世代シーケンサーによる解析は現在準備中で，対象患者数を一定数増やした後に解析を始める予定である．

短暂性骨髓发育不良（TAM）是唐氏综合症的重要新生儿并发症，但有些病例由于突变克隆数量较少而被忽视。即使在这些情况下，在新生儿期准确诊断 TAM 也极其重要，因为它可能发展为严重的病程或进展为白血病。在本研究中，为了更准确地诊断TAM，我们利用下一代测序仪，利用唐氏综合症患儿的干燥脐带进行GATA1基因检测，回顾性诊断TAM，并结合血液检查结果和新生儿期的临床症状我们的目标是构建一个基于 的诊断评分系统。在本财年，已有 26 名唐氏综合症患者同意参与该研究。从所有病例的干燥脐带中提取基因组DNA，并使用Agilent 2200 TapeStation系统测量获得的DNA的浓度和质量。结果，中位浓度为 42.6 ng/ml（范围 6.21-206 ng/ml），中位 DNA 完整性数 (DIN) 值为 4.25（范围 1.6-7.1），表明样品之间存在较大差异事实证明。另一方面，当使用这些样品使用常规桑格方法分析GATA1基因的外显子2和3时，无论浓度和质量如何，都获得了所有样品的结果，并且无法做出TAM的临床诊断。重新鉴定先前诊断的所有病例中的 GATA1 基因突变。这些结果表明，干燥脐带是 TAM 回顾性诊断的有用工具。目前正在准备使用下一代测序仪进行分析，计划将目标患者数量增加到一定数量后开始分析。